转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 45 / 131 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004247 Chr02 NC_080388.1:64657121-64657133promoter 内 2055-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64659067-64663174(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACGTTTGACTTTG
SmilChr02G003540 Chr02 NC_080388.1:56561771-56561783promoter 内 1990-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56563782-56564552(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTTG
SmilChr02G003101 Chr02 NC_080388.1:51930088-51930100promoter 内 1884-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51932205-51939510(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACTGT
SmilChr02G003727 Chr02 NC_080388.1:58906524-58906536promoter 内 1818-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58896027-58904353(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTTG
SmilChr01G004445 Chr01 NC_080387.1:62571342-62571354promoter 内 1455-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62564470-62568808(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAGTTGACTTAA
SmilChr02G000955 Chr02 NC_080388.1:16592777-16592789promoter 内 1385-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16595393-16597882(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCGTTGACTGTC
SmilChr01G005107 Chr01 NC_080387.1:68860089-68860101promoter 内 1383-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68855458-68857483(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGG
SmilChr01G000611 Chr01 NC_080387.1:13505151-13505163promoter 内 1374-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13499187-13502536(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTTCA
SmilChr01G004476 Chr01 NC_080387.1:62877838-62877850promoter 内 1345-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62872367-62875194(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATGC
SmilChr03G000684 Chr03 NC_080389.1:7632549-7632561promoter 内 1318-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7635232-7652488(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCATTTGACTTTT
SmilChr01G004447 Chr01 NC_080387.1:62571342-62571354promoter 内 1286-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62574057-62578662(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACTGT
SmilChr03G001392 Chr03 NC_080389.1:16501466-16501478promoter 内 1195-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16504272-16507413(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAGTTGACTTGA
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74019412-74019424promoter 内 1119-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74022294-74025132(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGCTTTGACTTGT
SmilChr02G003846 Chr02 NC_080388.1:60218382-60218394promoter 内 1076-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60211654-60215469(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAAGTCAACTCG
SmilChr03G000465 Chr03 NC_080389.1:4976515-4976527promoter 内 1023-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4970292-4973549(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGG
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433990-7434002promoter 内 993-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCTGTTGACTTCC
SmilChr02G000292 Chr02 NC_080388.1:3701154-3701166promoter 内 856-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3704299-3707126(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAGTTGACTTGA
SmilChr01G005250 Chr01 NC_080387.1:70023261-70023273promoter 内 802-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70026460-70028817(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTTG
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31008493-31008505promoter 内 680-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCTGTTGACTTCC
SmilChr03G001679 Chr03 NC_080389.1:22031172-22031184promoter 内 660-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 22034513-22036165(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAATGA
SmilChr01G003160 Chr01 NC_080387.1:50426933-50426945promoter 内 587-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50422740-50423531(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTGC
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71256436-71256448promoter 内 583-595 bp + 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAGTTGACTTGA
SmilChr03G001404 Chr03 NC_080389.1:16627160-16627172promoter 内 464-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16621352-16623635(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCCTTTGACTTTA
SmilChr02G003400 Chr02 NC_080388.1:55150041-55150053promoter 内 403-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55140322-55146455(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTTCA
SmilChr01G001318 Chr01 NC_080387.1:26220011-26220023promoter 内 370-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 26215736-26216392(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAATGGT
SmilChr03G001740 Chr03 NC_080389.1:23496550-23496562promoter 内 124-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23490541-23492685(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACTGT
SmilChr03G000460 Chr03 NC_080389.1:4915761-4915773promoter 内 116-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4908545-4911888(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTATC
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77205872-77205884promoter 内 16-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 77209857-77211371(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCAAGTCAACTGT
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569989-33570001promoter 内 3711-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 33570279-33572198(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACCTCC
SmilChr01G002628 Chr01 NC_080387.1:44569287-44569299promoter 内 2159-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 44571129-44591817(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACATTTGACTTTC
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52044265-52044277promoter 内 1303-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 52039649-52041579(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAATGTCAACGAT
SmilChr01G002493 Chr01 NC_080387.1:42682940-42682952promoter 内 1025-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 42676562-42679976(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAAGTCAAATGT
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34137846-34137858promoter 内 3708-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 34138139-34140145(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACCTCC
SmilChr02G001594 Chr02 NC_080388.1:29710047-29710059promoter 内 3666-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 29710382-29711865(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAAGTCAACTTT
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22726953-22726965promoter 内 2290-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 22717250-22725254(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAACAAA
SmilChr02G004233 Chr02 NC_080388.1:64514957-64514969promoter 内 1577-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 64511125-64512545(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAAGTCAAACAT
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