转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 47 / 164 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002968 Chr05 NC_080391.1:36035459-36035473promoter 内 842-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36029094-36032314(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGAAAGTAGGTGGG
SmilChr06G000867 Chr06 NC_080392.1:8213040-8213054promoter 内 833-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8206548-8209886(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G001927 Chr08 NC_080394.1:16844947-16844961promoter 内 795-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16837641-16841755(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G004696 Chr01 NC_080387.1:65057384-65057398promoter 内 794-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65060591-65062244(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr04G002979 Chr04 NC_080390.1:46204009-46204023promoter 内 760-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46193167-46200782(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G003459 Chr05 NC_080391.1:46009664-46009678promoter 内 740-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46006346-46006417(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G001405 Chr05 NC_080391.1:12631241-12631255promoter 内 687-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12621992-12627941(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr04G003302 Chr04 NC_080390.1:49745929-49745943promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49749275-49750338(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G001592 Chr01 NC_080387.1:29995449-29995463promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29998804-30004658(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr02G002919 Chr02 NC_080388.1:49487270-49487284promoter 内 624-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49490647-49497851(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G000101 Chr07 NC_080393.1:542378-542392promoter 内 589-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 545790-547799(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAGTGGTAGGTAGA
SmilChr07G001960 Chr07 NC_080393.1:17102764-17102778promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17094769-17099299(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G000258 Chr07 NC_080393.1:1661295-1661309promoter 内 435-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1664861-1665588(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:536937-536951promoter 内 406-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 532326-533356(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G003179 Chr03 NC_080389.1:49247498-49247512promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49251104-49254743(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTAATTA
SmilChr08G002422 Chr08 NC_080394.1:23005450-23005464promoter 内 373-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23009078-23016751(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr05G000070 Chr05 NC_080391.1:352753-352767promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 348181-349137(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGCGGTAGGTGGC
SmilChr05G001970 Chr05 NC_080391.1:20327398-20327412promoter 内 343-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20331056-20333011(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr04G000831 Chr04 NC_080390.1:10452214-10452228promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10455906-10456436(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCTTCTC
SmilChr05G003312 Chr05 NC_080391.1:43392117-43392131promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43386744-43388342(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G002525 Chr07 NC_080393.1:23924741-23924755promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23928531-23929852(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGAG
SmilChr05G003867 Chr05 NC_080391.1:52275649-52275663promoter 内 176-190 bp - 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 52270079-52271838(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr07G002550 Chr07 NC_080393.1:24201507-24201521promoter 内 103-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 24196424-24197623(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGAG
SmilChr08G000508 Chr08 NC_080394.1:3706617-3706631promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3710527-3711457(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G001509 Chr07 NC_080393.1:12044582-12044596promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12038522-12040675(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43370422-43370436promoter 内 41-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAAAGGTAGGTAGA
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40674770-40674784promoter 内 37-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40668849-40670820(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G000881 Chr01 NC_080387.1:18750343-18750357promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18743230-18746388(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGACGGTAGGTGAG
SmilChr04G001971 Chr04 NC_080390.1:31931803-31931817promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31925539-31927847(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G001197 Chr07 NC_080393.1:9092886-9092900promoter 内 2514-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 9094373-9094489(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTAGGTAGGTTAG
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31894929-31894943promoter 内 1436-1450 bp + 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 31897494-31903418(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTGTGGTAGGTTGG
SmilChr04G003165 Chr04 NC_080390.1:48262386-48262400promoter 内 1274-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 48265113-48266952(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCATTGGTAGTTGGG
SmilChr02G004090 Chr02 NC_080388.1:63177679-63177693promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 63172916-63177590(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G005140 Chr02 NC_080388.1:72823739-72823753promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72823848-72828130(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATATGGTAGGTGTA
SmilChr07G002964 Chr07 NC_080393.1:30122020-30122034promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 30122514-30124392(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTTGGC
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62243154-62243168promoter 内 3348-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 62243807-62244992(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGACTAGTAGGTGGG
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