转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 48 / 151 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004220 Chr01 NC_080387.1:60576006-60576018promoter 内 1255-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 60578752-60580941(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATTTA
SmilChr05G000673 Chr05 NC_080391.1:5150316-5150328promoter 内 1247-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 5145839-5147574(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCACCTACCAAC
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57856081-57856093promoter 内 986-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAA
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18321797-18321809promoter 内 511-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTCTG
SmilChr01G003011 Chr01 NC_080387.1:49140625-49140637promoter 内 449-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49144177-49145236(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCACCTACCAAC
SmilChr04G003186 Chr04 NC_080390.1:48561361-48561373promoter 内 375-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 48556848-48557747(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCACCTACCAAC
SmilChr02G000674 Chr02 NC_080388.1:10435128-10435140promoter 内 286-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10438843-10440022(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAATTAGGTAAA
SmilChr03G002337 Chr03 NC_080389.1:36847409-36847421promoter 内 270-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 36851140-36852520(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTATTAGGTAAA
SmilChr02G002237 Chr02 NC_080388.1:39724430-39724442promoter 内 262-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 39715606-39720703(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTTAG
SmilChr03G002336 Chr03 NC_080389.1:36847409-36847421promoter 内 225-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 36842803-36843645(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATAAC
SmilChr04G002067 Chr04 NC_080390.1:33431301-33431313promoter 内 2708-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 33425626-33430020(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGTG
SmilChr05G001211 Chr05 NC_080391.1:10187613-10187625promoter 内 2115-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 10182345-10185739(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGGT
SmilChr04G002068 Chr04 NC_080390.1:33431301-33431313promoter 内 1985-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 33433317-33435846(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTTT
SmilChr03G000054 Chr03 NC_080389.1:530805-530817promoter 内 422-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 526416-527238(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATCAT
SmilChr03G003599 Chr03 NC_080389.1:54621414-54621426promoter 内 3839-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 54621576-54624266(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGCT
SmilChr03G000055 Chr03 NC_080389.1:530805-530817promoter 内 3706-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 529683-530522(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATCAT
SmilChr03G000892 Chr03 NC_080389.1:10198270-10198282promoter 内 3691-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10181406-10197972(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAATCAT
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50813907-50813919promoter 内 3491-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 50811557-50813409(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCAAGTAGGTAAC
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544426-64544438promoter 内 3346-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 64545081-64552300(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTTT
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70959513-70959525promoter 内 3089-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 70957290-70958613(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACGGTAGGTGGT
SmilChr03G000463 Chr03 NC_080389.1:4958134-4958146promoter 内 3076-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 4952720-4957221(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACCAG
SmilChr01G005820 Chr01 NC_080387.1:74205199-74205211promoter 内 2829-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 74206371-74206963(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGGGTAGGTGTG
SmilChr03G003962 Chr03 NC_080389.1:58665049-58665061promoter 内 2645-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 58658477-58663705(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACGGTAGGTGGT
SmilChr01G001453 Chr01 NC_080387.1:28213499-28213511promoter 内 2585-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28212024-28212095(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGTG
SmilChr05G001212 Chr05 NC_080391.1:10187613-10187625promoter 内 2563-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10189051-10202173(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGCT
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:992396-992408promoter 内 2264-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 989522-990671(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACACCTACCTCT
SmilChr01G001452 Chr01 NC_080387.1:28213499-28213511promoter 内 2215-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28209347-28211725(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGTG
SmilChr03G002554 Chr03 NC_080389.1:40722109-40722121promoter 内 2188-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40717137-40720308(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACGGTAGGTGGT
SmilChr04G000864 Chr04 NC_080390.1:10932705-10932717promoter 内 2017-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10934689-10937102(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTATTAGGTAAA
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70959513-70959525promoter 内 1974-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 70961540-70963494(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACCACCTACCGTT
SmilChr05G001236 Chr05 NC_080391.1:10479955-10479967promoter 内 1893-1905 bp + 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10474775-10477859(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTGTG
SmilChr04G002489 Chr04 NC_080390.1:39756234-39756246promoter 内 1478-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 39758757-39762666(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGTTAGGTAAA
SmilChr02G004890 Chr02 NC_080388.1:70959513-70959525promoter 内 1461-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 70954559-70956985(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACGGTAGGTGGT
SmilChr02G002083 Chr02 NC_080388.1:37414878-37414890promoter 内 1411-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 37404704-37412300(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGGAGTAGGTAGC
SmilChr04G002514 Chr04 NC_080390.1:40153282-40153294promoter 内 1371-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40155912-40157755(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGTTAGGTAAA
SmilChr03G000243 Chr03 NC_080389.1:2870375-2870387promoter 内 1310-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 2873066-2879271(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCGGTAGGTGGT
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