转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 48 / 130 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9876302-9876310promoter 内 3397-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9876906-9879740(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G001146 Chr01 NC_080387.1:23422848-23422856promoter 内 3396-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23423453-23426160(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G004701 Chr02 NC_080388.1:69322453-69322461promoter 内 3390-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69323064-69328271(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G005537 Chr02 NC_080388.1:75408796-75408804promoter 内 3388-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75404654-75408191(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G000100 Chr02 NC_080388.1:1291992-1292000promoter 内 3387-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1292606-1292941(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G001858 Chr02 NC_080388.1:33786463-33786471promoter 内 3385-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33787079-33790216(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G001742 Chr01 NC_080387.1:32105761-32105769promoter 内 3384-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32106378-32108368(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G003167 Chr02 NC_080388.1:52703068-52703076promoter 内 3378-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52701137-52702453(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G003791 Chr02 NC_080388.1:59568459-59568467promoter 内 3374-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59569086-59572242(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51362445-51362453promoter 内 3373-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51363073-51369146(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10782414-10782422promoter 内 3364-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49186670-49186678promoter 内 3363-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49185492-49186040(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr03G000430 Chr03 NC_080389.1:4668901-4668909promoter 内 3355-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4666578-4668263(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39778066-39778074promoter 内 3353-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G003297 Chr01 NC_080387.1:51654471-51654479promoter 内 3353-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51655119-51658323(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71029074-71029082promoter 内 3350-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71029725-71030812(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58877116-58877124promoter 内 3347-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G001549 Chr01 NC_080387.1:29477540-29477548promoter 内 3337-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29472855-29476884(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G002706 Chr01 NC_080387.1:45343523-45343531promoter 内 3337-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45324190-45342867(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G002707 Chr01 NC_080387.1:45343523-45343531promoter 内 3335-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45344189-45344260(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G004700 Chr02 NC_080388.1:69316545-69316553promoter 内 3330-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69317216-69319888(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75065317-75065325promoter 内 3327-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G003279 Chr02 NC_080388.1:54083010-54083018promoter 内 3312-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54083699-54084713(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G001824 Chr01 NC_080387.1:33187783-33187791promoter 内 3311-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33184536-33187101(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G004947 Chr02 NC_080388.1:71414937-71414945promoter 内 3311-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71411893-71414255(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr03G000082 Chr03 NC_080389.1:965979-965987promoter 内 3282-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 966698-968401(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G002084 Chr01 NC_080387.1:36782836-36782844promoter 内 3281-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36778082-36782124(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr01G000217 Chr01 NC_080387.1:3794290-3794298promoter 内 3280-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3792740-3793577(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G002718 Chr01 NC_080387.1:45460951-45460959promoter 内 3274-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45457532-45460232(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G005785 Chr01 NC_080387.1:73944231-73944239promoter 内 3264-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73940626-73943502(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G000646 Chr01 NC_080387.1:14445807-14445815promoter 内 3258-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14446550-14447300(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64246231-64246239promoter 内 3245-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G000584 Chr02 NC_080388.1:8398202-8398210promoter 内 3243-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8398960-8401155(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59810724-59810732promoter 内 3243-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59811482-59814508(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G004728 Chr01 NC_080387.1:65462116-65462124promoter 内 3239-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65459020-65461362(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34547457-34547465promoter 内 3237-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34548221-34549926(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
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