转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 49 / 140 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003565 Chr03 NC_080389.1:54289593-54289602promoter 内 3191-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54290403-54295528(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G004223 Chr02 NC_080388.1:64439253-64439262promoter 内 3075-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 64440179-64441027(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G002610 Chr02 NC_080388.1:45303007-45303016promoter 内 3066-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 45300304-45302081(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G003543 Chr01 NC_080387.1:54018303-54018312promoter 内 3029-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54014397-54017340(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G002932 Chr02 NC_080388.1:49806508-49806517promoter 内 2814-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49807695-49808444(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G004795 Chr02 NC_080388.1:70148663-70148672promoter 内 2784-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 70146692-70147455(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G004773 Chr02 NC_080388.1:69894749-69894758promoter 内 2725-2734 bp + 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 69896025-69902499(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr04G000687 Chr04 NC_080390.1:8011035-8011044promoter 内 2625-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 8012411-8016481(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G003808 Chr01 NC_080387.1:56452329-56452338promoter 内 2539-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56453791-56457790(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21653532-21653541promoter 内 2493-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 21648406-21652033(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G002191 Chr01 NC_080387.1:38059863-38059872promoter 内 2398-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 38061466-38062409(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G002955 Chr02 NC_080388.1:50086956-50086965promoter 内 2310-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 50088647-50091298(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22727212-22727221promoter 内 2034-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 22717250-22725254(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G001930 Chr02 NC_080388.1:34704616-34704625promoter 内 2002-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 34701680-34702626(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr03G002252 Chr03 NC_080389.1:35446903-35446912promoter 内 1985-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 35448919-35449000(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G004933 Chr02 NC_080388.1:71312026-71312035promoter 内 1983-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 71314044-71314942(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G003167 Chr01 NC_080387.1:50462988-50462997promoter 内 1975-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 50465014-50465975(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63734334-63734343promoter 内 1745-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 63727451-63732087(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G004931 Chr02 NC_080388.1:71312026-71312035promoter 内 1621-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 71307922-71309655(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48050427-48050436promoter 内 1567-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 48052861-48056753(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G004574 Chr01 NC_080387.1:63793727-63793736promoter 内 1501-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 63789701-63791236(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70090785-70090794promoter 内 1405-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 70093381-70095030(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G002888 Chr01 NC_080387.1:47545955-47545964promoter 内 1348-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 47538029-47543311(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G004281 Chr01 NC_080387.1:61033202-61033211promoter 内 1294-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 61029608-61030504(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr03G003315 Chr03 NC_080389.1:51394583-51394592promoter 内 1230-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 51397354-51400647(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr03G003415 Chr03 NC_080389.1:52493299-52493308promoter 内 1222-1231 bp - 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 52496078-52506696(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14130665-14130674promoter 内 1218-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 14127820-14127891(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G002192 Chr01 NC_080387.1:38059863-38059872promoter 内 1159-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 38062705-38063397(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr01G001063 Chr01 NC_080387.1:21993668-21993677promoter 内 980-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 21996689-22001360(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G004794 Chr02 NC_080388.1:70148663-70148672promoter 内 872-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 70142479-70145543(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G004501 Chr02 NC_080388.1:67524823-67524832promoter 内 548-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 67517176-67521379(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37719825-37719834promoter 内 508-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 37713921-37716341(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G001869 Chr02 NC_080388.1:33985192-33985201promoter 内 470-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 33979922-33981670(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G001040 Chr01 NC_080387.1:21632620-21632629promoter 内 467-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 21636154-21637788(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr01G003868 Chr01 NC_080387.1:56914276-56914285promoter 内 439-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56917838-56919766(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
SmilChr02G002576 Chr02 NC_080388.1:44813746-44813755promoter 内 432-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 44817315-44817967(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
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SmilChr02G001929 Chr02 NC_080388.1:34704616-34704625promoter 内 256-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 34697622-34700880(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTGC
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SmilChr03G002813 Chr03 NC_080389.1:44594291-44594300promoter 内 3073-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44595219-44596953(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG
SmilChr02G004025 Chr02 NC_080388.1:62534424-62534433promoter 内 3002-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62535423-62536604(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GCAGATTCTG