转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 5 / 140 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000234 Chr03 NC_080389.1:2797754-2797763promoter 内 3773-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 2794881-2797535(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G000101 Chr03 NC_080389.1:1125333-1125342promoter 内 3745-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 1122336-1125086(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G000423 Chr03 NC_080389.1:4603115-4603124promoter 内 3743-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 4600185-4602866(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2919710-2919719promoter 内 3720-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 2917171-2919438(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G002537 Chr03 NC_080389.1:40443470-40443479promoter 内 3720-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 40441379-40443198(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G000154 Chr03 NC_080389.1:1679175-1679184promoter 内 3713-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 1679463-1682183(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G001778 Chr03 NC_080389.1:24287873-24287882promoter 内 3646-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 24285567-24287527(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr01G001530 Chr01 NC_080387.1:29292771-29292780promoter 内 3594-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 29290857-29292373(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73534469-73534478promoter 内 3482-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 73532384-73533959(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G000788 Chr03 NC_080389.1:8978233-8978242promoter 内 3477-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 8978757-8979959(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr01G005485 Chr01 NC_080387.1:71811586-71811595promoter 内 3391-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 71807701-71810985(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53976287-53976296promoter 内 3289-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 53976999-53978814(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr01G003459 Chr01 NC_080387.1:53161383-53161392promoter 内 3161-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 53157546-53160552(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr02G004926 Chr02 NC_080388.1:71283401-71283410promoter 内 3139-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 71278458-71282548(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr04G000998 Chr04 NC_080390.1:13825742-13825751promoter 内 3124-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 13826619-13827179(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr02G001174 Chr02 NC_080388.1:21549397-21549406promoter 内 3100-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 21550298-21552936(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G002909 Chr03 NC_080389.1:45855052-45855061promoter 内 2999-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 45856054-45858775(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G000871 Chr03 NC_080389.1:9891473-9891482promoter 内 2939-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 9888327-9890420(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G003343 Chr03 NC_080389.1:51766485-51766494promoter 内 2933-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 51757803-51765426(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G003088 Chr03 NC_080389.1:47920848-47920857promoter 内 2698-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 47919483-47919554(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G003439 Chr02 NC_080388.1:55662233-55662242promoter 内 2687-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 55663547-55668086(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G000787 Chr03 NC_080389.1:8960136-8960145promoter 内 2673-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 8961464-8962555(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G003346 Chr03 NC_080389.1:51780277-51780286promoter 内 2615-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 51781663-51784959(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr01G002205 Chr01 NC_080387.1:38372881-38372890promoter 内 2528-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 38374354-38376882(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G001061 Chr03 NC_080389.1:12303902-12303911promoter 内 2291-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 12305612-12307042(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14054261-14054270promoter 内 2228-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr03G003213 Chr03 NC_080389.1:49746957-49746966promoter 内 2196-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 49748762-49749301(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G001357 Chr02 NC_080388.1:25351388-25351397promoter 内 2186-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 25353203-25354734(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10749865-10749874promoter 内 2125-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 10744899-10747998(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr03G003996 Chr03 NC_080389.1:59001677-59001686promoter 内 2108-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 59003570-59004740(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G003787 Chr02 NC_080388.1:59527901-59527910promoter 内 1998-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 59522829-59525907(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr01G000244 Chr01 NC_080387.1:4530085-4530094promoter 内 1981-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 4526622-4528074(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8380661-8380670promoter 内 1961-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 8382701-8383882(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr01G001831 Chr01 NC_080387.1:33277239-33277248promoter 内 1958-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 33268420-33275205(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCTC
SmilChr01G002970 Chr01 NC_080387.1:48618098-48618107promoter 内 1785-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 48613763-48615891(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
SmilChr02G003865 Chr02 NC_080388.1:60620677-60620686promoter 内 1744-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 60607721-60618429(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTGT
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