转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 5 / 142 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000070 Chr05 NC_080391.1:352753-352767promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 348181-349137(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGCGGTAGGTGGC
SmilChr05G000209 Chr05 NC_080391.1:1656760-1656774promoter 内 3194-3208 bp + 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 1657567-1663092(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCAACCACCAT
SmilChr01G004099 Chr01 NC_080387.1:59453294-59453308promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 59454122-59456655(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCAACCACCAA
SmilChr01G005452 Chr01 NC_080387.1:71575597-71575611promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 71570016-71574319(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGGTGGA
SmilChr05G002843 Chr05 NC_080391.1:33860031-33860045promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 33861325-33870252(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGCTGGTAGGTGGG
SmilChr05G001552 Chr05 NC_080391.1:14251478-14251492promoter 内 2065-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 14244209-14249556(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCAACCACCAA
SmilChr04G002955 Chr04 NC_080390.1:45889593-45889607promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 45876801-45887644(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCAAC
SmilChr01G005968 Chr01 NC_080387.1:75381930-75381944promoter 内 2005-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 75378514-75379948(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCAACCACCAT
SmilChr01G005971 Chr01 NC_080387.1:75381930-75381944promoter 内 60-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 75385871-75386831(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGGTGGA
SmilChr03G000286 Chr03 NC_080389.1:3258961-3258975promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 3256730-3258861(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGCGGTAGGTGCA
SmilChr01G004751 Chr01 NC_080387.1:65687484-65687498promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 65684443-65686426(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G004876 Chr01 NC_080387.1:66852444-66852458promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66853549-66854501(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGA
SmilChr08G001935 Chr08 NC_080394.1:16986610-16986624promoter 内 2522-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 16988089-16989165(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGCGGTAGGTGCA
SmilChr03G000287 Chr03 NC_080389.1:3261996-3262010promoter 内 2406-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3263591-3264484(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGCCAC
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59305434-59305448promoter 内 1726-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71496262-71496276promoter 内 1485-1499 bp + 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 71491638-71493760(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGCGGTAGGTGCA
SmilChr03G003935 Chr03 NC_080389.1:58409707-58409721promoter 内 1469-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 58412239-58412667(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGCCAC
SmilChr07G004494 Chr07 NC_080393.1:57560526-57560540promoter 内 912-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57563615-57569980(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAGGTAGGTGGG
SmilChr03G002795 Chr03 NC_080389.1:44438913-44438927promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44434064-44435176(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGTCGGTAGGTGGA
SmilChr03G001826 Chr03 NC_080389.1:25017650-25017664promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 6 25017995-25018642(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55962250-55962264promoter 内 1727-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 55964524-55966188(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G004082 Chr04 NC_080390.1:55864827-55864841promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 55866031-55873695(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G001031 Chr07 NC_080393.1:7528725-7528739promoter 内 1422-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 7522045-7526160(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G004615 Chr01 NC_080387.1:64129731-64129745promoter 内 1018-1032 bp + 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 64132714-64138099(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr08G004672 Chr08 NC_080394.1:56213951-56213965promoter 内 827-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 56217125-56219337(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G004080 Chr04 NC_080390.1:55861015-55861029promoter 内 513-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 55855346-55857541(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43779214-43779228promoter 内 3594-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 43776311-43778821(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G004281 Chr07 NC_080393.1:55351877-55351891promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 55345649-55349102(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G002722 Chr07 NC_080393.1:26710702-26710716promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 26706457-26707788(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G002723 Chr07 NC_080393.1:26716166-26716180promoter 内 265-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 26719902-26721853(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr08G000800 Chr08 NC_080394.1:5871777-5871791promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5872326-5872779(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr08G004034 Chr08 NC_080394.1:48791431-48791445promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 48791992-48794702(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr06G002072 Chr06 NC_080392.1:27333800-27333814promoter 内 3383-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 27334418-27335066(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr05G003563 Chr05 NC_080391.1:47562335-47562349promoter 内 3366-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47562970-47563805(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34126531-34126545promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 34127505-34128953(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G004076 Chr07 NC_080393.1:52217409-52217423promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 52213855-52216430(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr04G002808 Chr04 NC_080390.1:44008629-44008643promoter 内 2961-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44009669-44011722(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G002552 Chr02 NC_080388.1:44415773-44415787promoter 内 2762-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44412869-44414548(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr05G001864 Chr05 NC_080391.1:18692134-18692148promoter 内 2512-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18693623-18697592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACGGC
SmilChr06G000089 Chr06 NC_080392.1:633763-633777promoter 内 2470-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 635294-636451(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42661926-42661940promoter 内 2356-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTCCAC
SmilChr04G000257 Chr04 NC_080390.1:2344395-2344409promoter 内 2200-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2341092-2342608(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G002946 Chr02 NC_080388.1:49992801-49992815promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49990033-49990962(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr03G001098 Chr03 NC_080389.1:12651449-12651463promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12653366-12654334(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGGTGGT
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71364914-71364928promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G001172 Chr04 NC_080390.1:17539837-17539851promoter 内 1921-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 17541917-17543133(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr03G004050 Chr03 NC_080389.1:59462564-59462578promoter 内 1727-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 59464838-59465778(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71364914-71364928promoter 内 1638-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 71360734-71362565(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr08G000801 Chr08 NC_080394.1:5871777-5871791promoter 内 1301-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5874477-5875664(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr01G000647 Chr01 NC_080387.1:14452519-14452533promoter 内 1031-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14448406-14449563(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC