转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 50 / 134 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002459 Chr02 NC_080388.1:42888028-42888042promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 42883825-42885968(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTACAAGT
SmilChr01G004478 Chr01 NC_080387.1:62886191-62886205promoter 内 1882-1896 bp - 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 62878340-62884086(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCAATAATGATTAT
SmilChr01G000333 Chr01 NC_080387.1:6777443-6777457promoter 内 1858-1872 bp + 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 6779586-6783573(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATAAT
SmilChr01G001022 Chr01 NC_080387.1:21387742-21387756promoter 内 1791-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21389952-21391214(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCTATGATGATTAC
SmilChr02G003594 Chr02 NC_080388.1:57143066-57143080promoter 内 1612-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 57145455-57146741(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTACTTTG
SmilChr03G001976 Chr03 NC_080389.1:28601172-28601186promoter 内 1599-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 28603574-28609243(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTATGTGATGATTAT
SmilChr01G001641 Chr01 NC_080387.1:30451587-30451601promoter 内 1457-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 30445686-30449057(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAATTTT
SmilChr02G001999 Chr02 NC_080388.1:36151987-36152001promoter 内 1449-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36147494-36149449(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCTATGATGATTAC
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25755336-25755350promoter 内 1407-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25757930-25762497(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGAAATGATTGC
SmilChr01G001607 Chr01 NC_080387.1:30224446-30224460promoter 内 1252-1266 bp + 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 30217707-30221711(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATACTG
SmilChr01G003321 Chr01 NC_080387.1:51918884-51918898promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 51914857-51916130(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAATATT
SmilChr01G005297 Chr01 NC_080387.1:70274262-70274276promoter 内 1074-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70277189-70277889(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAATTTT
SmilChr01G003032 Chr01 NC_080387.1:49354850-49354864promoter 内 939-953 bp + 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 49357912-49361275(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACAGCGATGATTAG
SmilChr02G003779 Chr02 NC_080388.1:59479156-59479170promoter 内 682-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 59474405-59475851(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTTAA
SmilChr01G001025 Chr01 NC_080387.1:21406288-21406302promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21400107-21402485(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATGTGC
SmilChr01G004479 Chr01 NC_080387.1:62886191-62886205promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 62890073-62893796(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTGAT
SmilChr01G004998 Chr01 NC_080387.1:68020885-68020899promoter 内 3958-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68020928-68023989(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTACAAAA
SmilChr01G000069 Chr01 NC_080387.1:1193005-1193019promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1193075-1195895(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTACTTGG
SmilChr02G005298 Chr02 NC_080388.1:73947828-73947842promoter 内 3775-3789 bp + 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73945387-73947616(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACATTT
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49188816-49188830promoter 内 3741-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49189076-49192507(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATAAT
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74263993-74264007promoter 内 3653-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATAAT
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72251202-72251216promoter 内 3609-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72251594-72258458(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAAATAATGATTAT
SmilChr02G005245 Chr02 NC_080388.1:73608407-73608421promoter 内 3572-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73605015-73607992(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTAATAATGATGAA
SmilChr01G003302 Chr01 NC_080387.1:51703660-51703674promoter 内 3478-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51701491-51703151(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTTGTAATGATTGA
SmilChr03G003083 Chr03 NC_080389.1:47878970-47878984promoter 内 3463-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47877677-47878446(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAGAGATGATTAC
SmilChr02G002338 Chr02 NC_080388.1:41071230-41071244promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 41071825-41072379(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCACATAATGATGAA
SmilChr01G006051 Chr01 NC_080387.1:76012167-76012181promoter 内 3383-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 76012785-76016993(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATATTAATGATGAT
SmilChr01G005894 Chr01 NC_080387.1:74873025-74873039promoter 内 3346-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74870989-74872384(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAAATTC
SmilChr01G004563 Chr01 NC_080387.1:63710385-63710399promoter 内 3270-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63708057-63709668(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGAAATGATTAT
SmilChr01G005895 Chr01 NC_080387.1:74873025-74873039promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74873891-74875517(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTAATGATTAT
SmilChr03G000331 Chr03 NC_080389.1:3751159-3751173promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3752101-3754476(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATAATTACTTTT
SmilChr01G000113 Chr01 NC_080387.1:1940791-1940805promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1941749-1946063(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATAATTACTTTT
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8525555-8525569promoter 内 2927-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8523336-8524495(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAGATAATGATGGT
SmilChr03G002762 Chr03 NC_080389.1:43928152-43928166promoter 内 2894-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43925523-43927059(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAGAATT
SmilChr02G000841 Chr02 NC_080388.1:14257924-14257938promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14259041-14261920(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATGGA
SmilChr01G003246 Chr01 NC_080387.1:51196028-51196042promoter 内 2771-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51197258-51198600(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTAGAT
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23946681-23946695promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACTACAATGATTAG
SmilChr03G001612 Chr03 NC_080389.1:20525864-20525878promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20523231-20524538(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAGAATT
SmilChr01G002465 Chr01 NC_080387.1:42337931-42337945promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42339358-42340635(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAGAATT
SmilChr03G000315 Chr03 NC_080389.1:3584265-3584279promoter 内 2558-2572 bp - 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3585708-3586531(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATAATTACTTTT
SmilChr02G003222 Chr02 NC_080388.1:53442858-53442872promoter 内 2450-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53444409-53444987(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAGAATT
SmilChr02G004106 Chr02 NC_080388.1:63364161-63364175promoter 内 2353-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63365809-63368238(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTACAAGT
SmilChr01G002568 Chr01 NC_080387.1:43783410-43783424promoter 内 2290-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43781518-43781713(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACATTT
SmilChr02G001487 Chr02 NC_080388.1:27842450-27842464promoter 内 2265-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27840192-27840728(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGAAATGATTGC
SmilChr01G001732 Chr01 NC_080387.1:31916326-31916340promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31914461-31914567(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGTATAATGATTGT
SmilChr01G001733 Chr01 NC_080387.1:31924833-31924847promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31922968-31923074(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGTATAATGATTGT
SmilChr02G005064 Chr02 NC_080388.1:72319506-72319520promoter 内 2132-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72321375-72327195(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATCCAA
SmilChr02G003030 Chr02 NC_080388.1:51004088-51004102promoter 内 1983-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51006106-51006841(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATGGA
SmilChr01G000968 Chr01 NC_080387.1:20520440-20520454promoter 内 1864-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20515673-20518317(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATTGAT
SmilChr01G002767 Chr01 NC_080387.1:46066796-46066810promoter 内 1800-1814 bp + 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46068997-46071935(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATGGA