转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 51 / 142 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003018 Chr05 NC_080391.1:37563059-37563073promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37564671-37565891(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr05G003019 Chr05 NC_080391.1:37572522-37572536promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37574134-37575354(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7471691-7471705promoter 内 2279-2293 bp - 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7473413-7474540(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGGTGGTAGGTGTT
SmilChr02G004973 Chr02 NC_080388.1:71620796-71620810promoter 内 2026-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 71622771-71626876(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAAGGGTAGGTGCA
SmilChr04G002040 Chr04 NC_080390.1:33118027-33118041promoter 内 1946-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33113750-33115986(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCATTAT
SmilChr04G003552 Chr04 NC_080390.1:51869236-51869250promoter 内 1798-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51871439-51874971(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGGTGGTAGTTAGC
SmilChr04G002606 Chr04 NC_080390.1:41471336-41471350promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41467616-41469001(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGGCGGTAGGTACA
SmilChr04G002414 Chr04 NC_080390.1:38753616-38753630promoter 内 1542-1556 bp + 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38756075-38759860(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTAACCACCACCAT
SmilChr02G003648 Chr02 NC_080388.1:57872841-57872855promoter 内 1530-1544 bp - 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57854246-57870384(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCAACTACCACTCT
SmilChr05G000658 Chr05 NC_080391.1:4955986-4956000promoter 内 1530-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4951831-4953529(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTTGGTAGGTGAC
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22360923-22360937promoter 内 1503-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 22363421-22371155(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACGAGGTAGGTGAG
SmilChr04G003551 Chr04 NC_080390.1:51869236-51869250promoter 内 1496-1510 bp - 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51863397-51866745(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTAACTACCACCCT
SmilChr01G001016 Chr01 NC_080387.1:21332409-21332423promoter 内 1434-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21322126-21329856(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACGAGGTAGGTGAG
SmilChr05G004098 Chr05 NC_080391.1:54839882-54839896promoter 内 1220-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54836572-54837115(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTGAGGTAGGTGGT
SmilChr02G005092 Chr02 NC_080388.1:72511703-72511717promoter 内 1219-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72507868-72508935(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACATCAA
SmilChr03G001363 Chr03 NC_080389.1:15985879-15985893promoter 内 983-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15982216-15982875(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGAGTTAGGTGGC
SmilChr05G003749 Chr05 NC_080391.1:50625857-50625871promoter 内 928-942 bp - 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50619235-50622798(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCTACCTGCAG
SmilChr01G003891 Chr01 NC_080387.1:57217942-57217956promoter 内 899-913 bp + 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57213067-57214854(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGCAGGTAGGTGCC
SmilChr06G001490 Chr06 NC_080392.1:15927621-15927635promoter 内 771-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15922133-15924405(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACAACCACCACCAT
SmilChr03G004624 Chr03 NC_080389.1:63916601-63916615promoter 内 767-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63910298-63913381(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCATCCC
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58203134-58203148promoter 内 743-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCACAGGTAGGTGGT
SmilChr07G001040 Chr07 NC_080393.1:7624339-7624353promoter 内 233-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7618368-7620585(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCATC
SmilChr02G002129 Chr02 NC_080388.1:38144041-38144055promoter 内 3825-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 38142935-38143879(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACAACCACCAC
SmilChr03G003460 Chr03 NC_080389.1:52978450-52978464promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 52979111-52984837(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAA
SmilChr05G000503 Chr05 NC_080391.1:3917423-3917437promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 3917749-3920912(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAAATG
SmilChr04G000950 Chr04 NC_080390.1:12571728-12571742promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 12572376-12574960(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCCAAGC
SmilChr05G000502 Chr05 NC_080391.1:3917423-3917437promoter 内 3083-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 3914451-3916519(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATTTGGTAGGTGAG
SmilChr05G000379 Chr05 NC_080391.1:2852699-2852713promoter 内 3028-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 2849224-2851740(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGCCGGTAGGTGCT
SmilChr02G002751 Chr02 NC_080388.1:47535697-47535711promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 47536964-47538247(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGGGGTAGGTGAT
SmilChr03G003380 Chr03 NC_080389.1:52157273-52157287promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52144526-52155840(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGTGGTAGTTGAG
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61136777-61136791promoter 内 2384-2398 bp - 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 61132968-61135174(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTACCTACCACCCG
SmilChr01G004294 Chr01 NC_080387.1:61136777-61136791promoter 内 2363-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 61138415-61143048(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGGTGGTAGGTACC
SmilChr08G003369 Chr08 NC_080394.1:35307538-35307552promoter 内 2063-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 35304985-35305614(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACACAAA
SmilChr06G002961 Chr06 NC_080392.1:42399584-42399598promoter 内 1253-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 42396002-42396850(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCCAT
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21640704-21640718promoter 内 518-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 21635892-21637235(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGTTAAG
SmilChr05G000504 Chr05 NC_080391.1:3917423-3917437promoter 内 97-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 3921327-3926190(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAAATG
SmilChr06G002225 Chr06 NC_080392.1:31376130-31376144promoter 内 23-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 31380108-31380570(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTAGTTGTA
SmilChr02G001885 Chr02 NC_080388.1:34169300-34169314promoter 内 3901-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34169400-34171363(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTGTGGTAGTTGAG
SmilChr06G002789 Chr06 NC_080392.1:40578598-40578612promoter 内 3895-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40575138-40578506(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCCCCAA
SmilChr03G003324 Chr03 NC_080389.1:51494980-51494994promoter 内 3816-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51492990-51494809(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTCGGGTAGGTGCA
SmilChr07G002910 Chr07 NC_080393.1:29494370-29494384promoter 内 3762-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 29494609-29495284(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATTGGTAGGTAGG
SmilChr08G000713 Chr08 NC_080394.1:5293779-5293793promoter 内 3721-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5294059-5297042(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAA
SmilChr05G003975 Chr05 NC_080391.1:53542001-53542015promoter 内 3648-3662 bp - 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53538751-53541662(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGTTCT
SmilChr01G006111 Chr01 NC_080387.1:76650092-76650106promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 76650599-76651828(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCTGGGTAGGTAGA
SmilChr05G004171 Chr05 NC_080391.1:55646482-55646496promoter 内 3237-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55647246-55650657(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATCAGGTAGGTGGA
SmilChr05G000524 Chr05 NC_080391.1:4022049-4022063promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4016728-4021234(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGGGGGTAGGTAAT
SmilChr06G002916 Chr06 NC_080392.1:42013658-42013672promoter 内 3113-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42010485-42012784(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCAACTC
SmilChr01G001913 Chr01 NC_080387.1:34271796-34271810promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34267156-34270820(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAA
SmilChr06G001242 Chr06 NC_080392.1:12807974-12807988promoter 内 2919-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12809056-12809754(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCTACCATTGA
SmilChr03G004454 Chr03 NC_080389.1:62656685-62656699promoter 内 2854-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62654128-62655552(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAGAAC