转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 52 / 130 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003768 Chr02 NC_080388.1:59390697-59390708promoter 内 780-791 bp - 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59384811-59387487(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr08G001133 Chr08 NC_080394.1:8892189-8892200promoter 内 771-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8895419-8898029(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr08G001240 Chr08 NC_080394.1:9909391-9909402promoter 内 744-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9912648-9912719(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr07G000060 Chr07 NC_080393.1:278786-278797promoter 内 739-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 270185-275535(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr03G002961 Chr03 NC_080389.1:46365264-46365275promoter 内 732-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46368533-46374019(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr04G002190 Chr04 NC_080390.1:35394893-35394904promoter 内 707-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35398187-35398858(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr01G002329 Chr01 NC_080387.1:40445082-40445093promoter 内 659-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40448424-40449277(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr06G001890 Chr06 NC_080392.1:22581347-22581358promoter 内 610-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 22576200-22577967(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAC
SmilChr07G003150 Chr07 NC_080393.1:33425365-33425376promoter 内 592-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33410022-33421967(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGGACCGCT
SmilChr02G000606 Chr02 NC_080388.1:8816910-8816921promoter 内 554-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8820357-8821866(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCGCT
SmilChr02G002856 Chr02 NC_080388.1:48761334-48761345promoter 内 541-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48764794-48768703(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr05G002122 Chr05 NC_080391.1:22298585-22298596promoter 内 541-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 22302045-22303937(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr02G003285 Chr02 NC_080388.1:54142457-54142468promoter 内 533-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54145925-54149459(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr05G003417 Chr05 NC_080391.1:45399939-45399950promoter 内 464-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45395742-45396413(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr07G003542 Chr07 NC_080393.1:40943215-40943226promoter 内 463-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40946753-40948190(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCAGAC
SmilChr03G004257 Chr03 NC_080389.1:61056277-61056288promoter 内 449-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 61050749-61052736(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr03G004072 Chr03 NC_080389.1:59692682-59692693promoter 内 405-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59686845-59689097(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCCGGACCACC
SmilChr04G001116 Chr04 NC_080390.1:16014994-16015005promoter 内 378-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16009970-16011382(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGCGGTCCCAAT
SmilChr04G002458 Chr04 NC_080390.1:39395485-39395496promoter 内 378-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 39390029-39391873(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr01G001749 Chr01 NC_080387.1:32218784-32218795promoter 内 372-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 32222413-32224941(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr01G005809 Chr01 NC_080387.1:74125561-74125572promoter 内 359-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74118972-74121930(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr02G001909 Chr02 NC_080388.1:34378654-34378665promoter 内 351-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34382304-34384043(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCCAC
SmilChr01G002424 Chr01 NC_080387.1:41741871-41741882promoter 内 337-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41745535-41746849(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63270433-63270444promoter 内 299-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63263398-63266742(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr08G001241 Chr08 NC_080394.1:9909391-9909402promoter 内 277-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9913115-9913186(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr05G000986 Chr05 NC_080391.1:7982513-7982524promoter 内 275-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7986239-7989958(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCACAC
SmilChr02G003256 Chr02 NC_080388.1:53875086-53875097promoter 内 264-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53862311-53871360(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAC
SmilChr02G001895 Chr02 NC_080388.1:34255899-34255910promoter 内 183-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34249888-34252092(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCCAC
SmilChr07G001988 Chr07 NC_080393.1:17552166-17552177promoter 内 183-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17546932-17548359(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAC
SmilChr05G003880 Chr05 NC_080391.1:52452795-52452806promoter 内 177-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52446309-52448982(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr04G000424 Chr04 NC_080390.1:4504153-4504164promoter 内 121-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4496291-4500284(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr03G001614 Chr03 NC_080389.1:20526978-20526989promoter 内 96-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20530883-20533147(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr04G003646 Chr04 NC_080390.1:52979252-52979263promoter 内 90-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52974002-52975352(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr03G004198 Chr03 NC_080389.1:60620282-60620293promoter 内 85-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60624198-60627104(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGTCCCAAC
SmilChr05G004011 Chr05 NC_080391.1:54047561-54047572promoter 内 45-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54051517-54052778(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACA
SmilChr07G001610 Chr07 NC_080393.1:13480135-13480146promoter 内 910-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 13483226-13491755(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCGGTCCCACC
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SmilChr05G001027 Chr05 NC_080391.1:8424389-8424400promoter 内 3429-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 8421516-8423828(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCGGTCCCACC
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SmilChr06G002253 Chr06 NC_080392.1:31971610-31971621promoter 内 2238-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 31968864-31969858(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCGCG
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SmilChr01G005994 Chr01 NC_080387.1:75535282-75535293promoter 内 1641-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 75537642-75537748(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCGGTCCCACC
SmilChr05G001717 Chr05 NC_080391.1:16432131-16432142promoter 内 1540-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 16434592-16436748(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCGCG
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SmilChr02G002057 Chr02 NC_080388.1:37046967-37046978promoter 内 1473-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 37043521-37044450(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTCGGACCACC