转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 52 / 135 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005017 Chr01 NC_080387.1:68172106-68172120promoter 内 1749-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 68167299-68169868(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTAATA
SmilChr02G003119 Chr02 NC_080388.1:52214281-52214295promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52210869-52212002(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTAATT
SmilChr02G001297 Chr02 NC_080388.1:23980600-23980614promoter 内 1622-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 23982979-23983085(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGTTTAA
SmilChr02G004672 Chr02 NC_080388.1:69083168-69083182promoter 内 1314-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 69085855-69090129(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGTGTTC
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17297221-17297235promoter 内 1271-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 17293506-17294505(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGATG
SmilChr03G001442 Chr03 NC_080389.1:17196398-17196412promoter 内 976-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 17190121-17193387(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACAATGTA
SmilChr02G004145 Chr02 NC_080388.1:63777315-63777329promoter 内 910-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 63770923-63774238(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGCTCCCTTATCCAC
SmilChr02G002363 Chr02 NC_080388.1:41415669-41415683promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 41410794-41412558(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAGATAAGGAGTTT
SmilChr01G004983 Chr01 NC_080387.1:67891420-67891434promoter 内 670-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 67882168-67888103(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATTTCTTATCCTT
SmilChr03G002571 Chr03 NC_080389.1:40902246-40902260promoter 内 627-641 bp - 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40896814-40898886(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCATT
SmilChr01G000706 Chr01 NC_080387.1:15837806-15837820promoter 内 525-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 15833440-15834344(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGCTTCTTATCCCC
SmilChr03G000362 Chr03 NC_080389.1:4048844-4048858promoter 内 492-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 4052353-4053830(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACCTTATCAAC
SmilChr02G004283 Chr02 NC_080388.1:65076629-65076643promoter 内 370-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 65071183-65073012(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACCTTATCAAC
SmilChr01G004813 Chr01 NC_080387.1:66317152-66317166promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 66320823-66324495(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGACCAG
SmilChr03G001914 Chr03 NC_080389.1:26792969-26792983promoter 内 321-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 26781481-26789303(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGTGCTC
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57688990-57689004promoter 内 281-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 57677485-57685284(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTACCTTATCATA
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3960334-3960348promoter 内 192-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 3953502-3956539(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTACCTTATCATA
SmilChr02G000415 Chr02 NC_080388.1:5299588-5299602promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 5294334-5295726(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGATG
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34127442-34127456promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34127505-34128953(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGTGCCTTATCCAT
SmilChr02G004713 Chr02 NC_080388.1:69400207-69400221promoter 内 3894-3908 bp - 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69400314-69401812(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGCAAAG
SmilChr01G005018 Chr01 NC_080387.1:68172106-68172120promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68172254-68178732(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTACCTTATCTCT
SmilChr02G002712 Chr02 NC_080388.1:46967605-46967619promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46967811-46970940(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTAATA
SmilChr01G001693 Chr01 NC_080387.1:31147483-31147497promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31147785-31148333(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATCTTATCCAA
SmilChr02G000226 Chr02 NC_080388.1:2946849-2946863promoter 内 3698-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2945403-2946560(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGACTTGG
SmilChr02G000419 Chr02 NC_080388.1:5321790-5321804promoter 内 3692-3706 bp - 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5319783-5321495(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTACCTTATCATA
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037444-28037458promoter 内 3634-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGCGGAA
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66585841-66585855promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 66586220-66589870(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTAATA
SmilChr01G004630 Chr01 NC_080387.1:64349371-64349385promoter 内 3543-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64342412-64348927(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAAATTT
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67065490-67065504promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67057716-67064971(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCCCTTATCCTA
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:653184-653198promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 653764-653844(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGTGGTG
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2215417-2215431promoter 内 3421-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2214771-2214851(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGTGGTG
SmilChr03G001580 Chr03 NC_080389.1:19960904-19960918promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 19957268-19960302(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGCTGCG
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57555193-57555207promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57551499-57554570(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTAATA
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61727319-61727333promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61726229-61726660(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGCAGTA
SmilChr03G002826 Chr03 NC_080389.1:44749846-44749860promoter 内 3252-3266 bp + 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44748438-44749111(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGAAATA
SmilChr02G003635 Chr02 NC_080388.1:57699199-57699213promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57700102-57700797(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTACCTTATCATA
SmilChr01G000593 Chr01 NC_080387.1:12922850-12922864promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12914528-12921843(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACCTTATCAAC
SmilChr02G001410 Chr02 NC_080388.1:26727012-26727026promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26728062-26730872(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAAATTT
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SmilChr01G003053 Chr01 NC_080387.1:49472707-49472721promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49470939-49471022(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTACCTTATCTCT