转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 54 / 135 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002848 Chr02 NC_080388.1:48654481-48654490promoter 内 282-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 48658200-48662685(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr03G001596 Chr03 NC_080389.1:20257677-20257686promoter 内 262-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 20261416-20264053(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAA
SmilChr01G003364 Chr01 NC_080387.1:52391704-52391713promoter 内 240-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 52385154-52387952(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGC
SmilChr03G004428 Chr03 NC_080389.1:62427538-62427547promoter 内 235-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 62420524-62423781(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGA
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63874405-63874414promoter 内 226-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45861225-45861234promoter 内 174-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 45856219-45857407(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAA
SmilChr05G002362 Chr05 NC_080391.1:25651634-25651643promoter 内 132-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 25655503-25657209(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr02G003085 Chr02 NC_080388.1:51749888-51749897promoter 内 118-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 51753771-51754938(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGTC
SmilChr01G001196 Chr01 NC_080387.1:24112699-24112708promoter 内 82-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 24116618-24118251(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr05G001437 Chr05 NC_080391.1:13118075-13118084promoter 内 64-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 13111503-13114147(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr02G000601 Chr02 NC_080388.1:8705908-8705917promoter 内 48-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 8709861-8722322(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37319581-37319590promoter 内 45-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGA
SmilChr04G003734 Chr04 NC_080390.1:53647806-53647815promoter 内 4-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 53651803-53652784(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGC
SmilChr02G004135 Chr02 NC_080388.1:63596504-63596513promoter 内 2-11 bp - 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 63600503-63600976(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCA
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947342promoter 内 2448-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 69943037-69945789(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGC
SmilChr02G004778 Chr02 NC_080388.1:69947333-69947342promoter 内 822-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 69950512-69956552(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGT
SmilChr04G004106 Chr04 NC_080390.1:56020296-56020305promoter 内 3030-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 56016397-56019334(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr02G005088 Chr02 NC_080388.1:72481871-72481880promoter 内 2484-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 72483388-72484959(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr03G000681 Chr03 NC_080389.1:7599707-7599716promoter 内 2096-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 7601612-7614503(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr05G002709 Chr05 NC_080391.1:31163334-31163343promoter 内 1879-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 31165456-31167424(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr02G005086 Chr02 NC_080388.1:72481871-72481880promoter 内 1715-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 72478046-72479594(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr03G004613 Chr03 NC_080389.1:63852436-63852445promoter 内 1179-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 63845222-63849623(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63852436-63852445promoter 内 1153-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 63839534-63849597(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr02G001895 Chr02 NC_080388.1:34252221-34252230promoter 内 3863-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 34249888-34252092(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66648378-66648387promoter 内 3749-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 66645360-66648135(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCA
SmilChr03G003434 Chr03 NC_080389.1:52698018-52698027promoter 内 3389-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52698630-52700360(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr03G003867 Chr03 NC_080389.1:57771603-57771612promoter 内 3349-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 57772255-57776059(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGGT
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22018854-22018863promoter 内 3314-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 22019541-22023684(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr01G000960 Chr01 NC_080387.1:20315459-20315468promoter 内 3213-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 20316247-20317386(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr04G000256 Chr04 NC_080390.1:2324656-2324665promoter 内 3172-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 2325485-2326075(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr03G002249 Chr03 NC_080389.1:35420635-35420644promoter 内 2858-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 35421778-35425099(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCCA
SmilChr02G000959 Chr02 NC_080388.1:16698427-16698436promoter 内 2747-2756 bp + 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 16699681-16700841(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCCCACGTGG
SmilChr03G002320 Chr03 NC_080389.1:36557162-36557171promoter 内 2629-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 36553323-36555799(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACCCACGTGC
SmilChr04G001964 Chr04 NC_080390.1:31864872-31864881promoter 内 1956-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 31859525-31862836(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CCACGTGGGG
SmilChr01G001833 Chr01 NC_080387.1:33285599-33285608promoter 内 1752-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 33278872-33283359(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGGCACGTGA
SmilChr02G002002 Chr02 NC_080388.1:36168034-36168043promoter 内 1437-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 36170598-36172024(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGGCACGTGA
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