转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 55 / 121 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002682 Chr04 NC_080390.1:42246288-42246302promoter 内 487-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42237902-42242788(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGATTC
SmilChr05G000004 Chr05 NC_080391.1:5794-5808promoter 内 423-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9372-18827(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATCATC
SmilChr01G004031 Chr01 NC_080387.1:58712619-58712633promoter 内 217-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58716403-58719699(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCGGTAGATCTGGG
SmilChr03G001129 Chr03 NC_080389.1:13046392-13046406promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13050319-13053853(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTTCGGATCTGAC
SmilChr02G000909 Chr02 NC_080388.1:15720336-15720350promoter 内 3337-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 6 15716668-15719686(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTCCAGATCTGTC
SmilChr04G003451 Chr04 NC_080390.1:51001470-51001484promoter 内 2542-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 6 51002929-51005000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGATCGC
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55230568-55230582promoter 内 3499-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 5 55231070-55233619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTCCAGATCTGTC
SmilChr03G003578 Chr03 NC_080389.1:54389166-54389180promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 5 54391521-54397746(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTTGCAGATCTGCG
SmilChr02G001154 Chr02 NC_080388.1:21017076-21017090promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 5 21009999-21013963(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGAAATT
SmilChr04G000060 Chr04 NC_080390.1:554927-554941promoter 内 613-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 5 548468-551553(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGACAT
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082421-49082435promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 49083245-49091468(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATTAGATCTAAT
SmilChr03G002378 Chr03 NC_080389.1:37546350-37546364promoter 内 2986-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 37544591-37545349(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATTT
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45619747-45619761promoter 内 2770-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 45620978-45622168(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCC
SmilChr02G003632 Chr02 NC_080388.1:57669237-57669251promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 57670920-57673337(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAGCTTT
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34547954-34547968promoter 内 3734-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 34548221-34549926(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCTATAGATCTGAA
SmilChr02G002285 Chr02 NC_080388.1:40322805-40322819promoter 内 3196-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 40318377-40322014(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCC
SmilChr03G004127 Chr03 NC_080389.1:60101203-60101217promoter 内 3020-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 60102184-60105719(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTGCAGATCTGAG
SmilChr03G001783 Chr03 NC_080389.1:24392249-24392263promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 24388463-24391207(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGAAATT
SmilChr03G001430 Chr03 NC_080389.1:16969025-16969039promoter 内 2762-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 16966140-16967800(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGCCTAGATCTGCA
SmilChr01G001728 Chr01 NC_080387.1:31831831-31831845promoter 内 2597-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 31833235-31835884(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACTCCG
SmilChr03G004154 Chr03 NC_080389.1:60338093-60338107promoter 内 1675-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 60330852-60335781(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTAGATCTAGAGCT
SmilChr02G003575 Chr02 NC_080388.1:56928669-56928683promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 56932324-56935570(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGCC
SmilChr03G002379 Chr03 NC_080389.1:37546350-37546364promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 37550049-37551242(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTATA
SmilChr01G003685 Chr01 NC_080387.1:55230568-55230582promoter 内 271-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 55234298-55235568(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTCCAGATCTGTC
SmilChr03G001831 Chr03 NC_080389.1:25088378-25088392promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 25088545-25089437(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATTAGATCTCGA
SmilChr01G003175 Chr01 NC_080387.1:50555035-50555049promoter 内 3748-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50553129-50554796(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTAAA
SmilChr01G003062 Chr01 NC_080387.1:49500506-49500520promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49495889-49500098(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCATTGGATCTGAT
SmilChr02G001222 Chr02 NC_080388.1:22437923-22437937promoter 内 3558-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22435815-22437494(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAACAGATCTGAA
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49500506-49500520promoter 内 3533-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49500974-49501057(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATGGC
SmilChr05G000913 Chr05 NC_080391.1:7241037-7241051promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 7236666-7240512(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTGTCG
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26183971-26183985promoter 内 3448-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 26181239-26183432(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAACAGATCTGAA
SmilChr05G000977 Chr05 NC_080391.1:7895449-7895463promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 7891031-7894852(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTGTCG
SmilChr05G001098 Chr05 NC_080391.1:9144826-9144840promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9145475-9147912(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGCCTAGATCTGCA
SmilChr01G001754 Chr01 NC_080387.1:32264598-32264612promoter 内 3242-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32265357-32270789(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTGTT
SmilChr05G001474 Chr05 NC_080391.1:13504791-13504805promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13505661-13512527(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCGAGATCTGGA
SmilChr01G003065 Chr01 NC_080387.1:49500506-49500520promoter 内 3061-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49501446-49501588(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATGGC
SmilChr02G000237 Chr02 NC_080388.1:3019520-3019534promoter 内 2699-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3020822-3022040(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAGTTTC
SmilChr03G002087 Chr03 NC_080389.1:32160939-32160953promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32156574-32159490(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTGTCGGATCTGAA
SmilChr02G005373 Chr02 NC_080388.1:74415303-74415317promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74416780-74419529(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAATGTG
SmilChr01G000650 Chr01 NC_080387.1:14494226-14494240promoter 内 2437-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 14491531-14492676(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTATGGATCTGAC
SmilChr03G003992 Chr03 NC_080389.1:58960986-58961000promoter 内 2328-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 58957357-58959327(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCGAATC
SmilChr01G001568 Chr01 NC_080387.1:29686986-29687000promoter 内 2238-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 29683500-29685237(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATGTAGATCTCAT
SmilChr03G001161 Chr03 NC_080389.1:13385408-13385422promoter 内 2143-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13387266-13388270(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAGATGA
SmilChr04G001080 Chr04 NC_080390.1:15482510-15482524promoter 内 1953-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15484558-15486384(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGCAGG
SmilChr03G001291 Chr03 NC_080389.1:15126899-15126913promoter 内 1745-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15123689-15124657(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAGTGAT
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3019520-3019534promoter 内 1731-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3016743-3017264(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAACTAGATCTTAT
SmilChr04G001934 Chr04 NC_080390.1:31438074-31438088promoter 内 1655-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31440420-31444948(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTGTT
SmilChr02G000822 Chr02 NC_080388.1:13852155-13852169promoter 内 1142-1156 bp - 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13837220-13849310(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATTCGAGATCTGAG
SmilChr03G004123 Chr03 NC_080389.1:60089184-60089198promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60084723-60086200(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTTGCAGATCTGAG
SmilChr02G001537 Chr02 NC_080388.1:28603416-28603430promoter 内 761-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 28606656-28607825(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCATACTT