转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 56 / 136 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71263691-71263701promoter 内 121-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71267571-71269699(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr05G000559 Chr05 NC_080391.1:4210084-4210094promoter 内 109-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4204943-4206202(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr08G000822 Chr08 NC_080394.1:6083256-6083266promoter 内 94-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6076485-6079359(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr04G002143 Chr04 NC_080390.1:34443202-34443212promoter 内 93-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34447110-34449426(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr08G003688 Chr08 NC_080394.1:41207346-41207356promoter 内 84-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41200216-41203439(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGGC
SmilChr06G002803 Chr06 NC_080392.1:40749518-40749528promoter 内 63-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40741892-40745590(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCT
SmilChr01G004720 Chr01 NC_080387.1:65407993-65408003promoter 内 50-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 65399256-65404052(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TACGCTGAGGG
SmilChr02G003875 Chr02 NC_080388.1:60800369-60800379promoter 内 34-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60804336-60805807(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGTA
SmilChr05G003186 Chr05 NC_080391.1:40764255-40764265promoter 内 21-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40768235-40775102(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGTT
SmilChr07G001198 Chr07 NC_080393.1:9099708-9099718promoter 内 6-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9103703-9105418(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGGC
SmilChr05G003248 Chr05 NC_080391.1:41850577-41850587promoter 内 3632-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 7 41850946-41854642(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGCT
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1323886-1323896promoter 内 2711-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 1318684-1322606(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGCT
SmilChr06G001208 Chr06 NC_080392.1:12361483-12361493promoter 内 3336-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 12362148-12366041(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCC
SmilChr05G000292 Chr05 NC_080391.1:2235714-2235724promoter 内 3249-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2233175-2234972(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCC
SmilChr07G004343 Chr07 NC_080393.1:55972015-55972025promoter 内 3191-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 55970074-55971215(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr07G004344 Chr07 NC_080393.1:55981566-55981576promoter 内 3191-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 55979625-55980766(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr02G001377 Chr02 NC_080388.1:26053763-26053773promoter 内 3052-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 26054712-26057441(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCT
SmilChr07G001985 Chr07 NC_080393.1:17488304-17488314promoter 内 2885-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 17485428-17487198(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGCT
SmilChr07G001393 Chr07 NC_080393.1:10807173-10807183promoter 内 2883-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 10793567-10806065(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAACT
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20504944-20504954promoter 内 2881-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 20506064-20515359(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr08G000357 Chr08 NC_080394.1:2457852-2457862promoter 内 2826-2836 bp - 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2454240-2456687(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGTCAGCGCC
SmilChr08G001409 Chr08 NC_080394.1:11297642-11297652promoter 内 2821-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 11294836-11296472(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr07G000407 Chr07 NC_080393.1:2814267-2814277promoter 内 2812-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2809795-2813088(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTTCAGCGCG
SmilChr05G003255 Chr05 NC_080391.1:42063771-42063781promoter 内 2462-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42061631-42062242(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGCC
SmilChr02G001000 Chr02 NC_080388.1:17627359-17627369promoter 内 2430-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 17628930-17629774(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr04G000853 Chr04 NC_080390.1:10795750-10795760promoter 内 2338-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 10797413-10801269(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGCC
SmilChr08G001410 Chr08 NC_080394.1:11297642-11297652promoter 内 2330-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 11299313-11299925(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCC
SmilChr05G002463 Chr05 NC_080391.1:27142708-27142718promoter 内 2266-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 27144443-27148428(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTT
SmilChr06G002794 Chr06 NC_080392.1:40627561-40627571promoter 内 2023-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 40629539-40631772(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCC
SmilChr02G004318 Chr02 NC_080388.1:65501260-65501270promoter 内 1886-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 65503375-65507356(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTG
SmilChr02G002683 Chr02 NC_080388.1:46481814-46481824promoter 内 1498-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46474207-46479321(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCCC
SmilChr02G004894 Chr02 NC_080388.1:70963205-70963215promoter 内 1456-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70965750-70969187(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGAC
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70963205-70963215promoter 内 1403-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 70959676-70960617(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGCC
SmilChr04G001204 Chr04 NC_080390.1:18594998-18595008promoter 内 1363-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18589429-18592370(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCT
SmilChr06G001961 Chr06 NC_080392.1:24458965-24458975promoter 内 1253-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 24454882-24456227(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACG
SmilChr02G002670 Chr02 NC_080388.1:46278163-46278173promoter 内 1108-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46281056-46282147(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTTCAGCGCG
SmilChr05G002462 Chr05 NC_080391.1:27142708-27142718promoter 内 959-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 27138411-27139676(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTG
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29475324-29475334promoter 内 778-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 29470400-29472111(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACG
SmilChr06G001242 Chr06 NC_080392.1:12805423-12805433promoter 内 368-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 12809056-12809754(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr07G004481 Chr07 NC_080393.1:57361988-57361998promoter 内 199-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 57365790-57369594(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGTT
SmilChr05G002370 Chr05 NC_080391.1:25954835-25954845promoter 内 3984-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25954852-25955773(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGCC
SmilChr01G004953 Chr01 NC_080387.1:67606506-67606516promoter 内 3951-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 67606556-67615522(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr02G002351 Chr02 NC_080388.1:41300211-41300221promoter 内 3946-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41299216-41300166(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr01G004334 Chr01 NC_080387.1:61469545-61469555promoter 内 3920-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61469626-61470144(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr01G003522 Chr01 NC_080387.1:53856436-53856446promoter 内 3913-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53856524-53861726(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGTCAGCGCC
SmilChr08G004692 Chr08 NC_080394.1:56350106-56350116promoter 内 3867-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56349327-56349982(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTGCTGAGCT
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43585917-43585927promoter 内 3777-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43580843-43585703(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACG
SmilChr03G002756 Chr03 NC_080389.1:43812632-43812642promoter 内 3772-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43808536-43812413(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACG
SmilChr02G002820 Chr02 NC_080388.1:48292002-48292012promoter 内 3728-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48291014-48291739(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGGCTGAGCT
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53489759-53489769promoter 内 3727-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53484523-53489495(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTG