转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 56 / 149 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002087 Chr02 NC_080388.1:37455021-37455029promoter 内 2749-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 37456273-37458321(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G001061 Chr01 NC_080387.1:21923485-21923493promoter 内 2738-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 21924748-21926213(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr02G003260 Chr02 NC_080388.1:53894408-53894416promoter 内 2718-2726 bp - 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 53895691-53899274(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003901 Chr02 NC_080388.1:61109762-61109770promoter 内 2690-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61105430-61108459(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26704862-26704870promoter 内 2683-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 26706180-26709397(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G003058 Chr01 NC_080387.1:49478686-49478694promoter 内 2672-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49480015-49481680(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G000576 Chr04 NC_080390.1:6419890-6419898promoter 内 2631-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6421260-6422212(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G002649 Chr02 NC_080388.1:45899368-45899376promoter 内 2610-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45900759-45903568(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57025919-57025927promoter 内 2608-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G004265 Chr01 NC_080387.1:60914305-60914313promoter 内 2578-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60911850-60912890(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10455141-10455149promoter 内 2536-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 10456606-10459868(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr03G002737 Chr03 NC_080389.1:43499379-43499387promoter 内 2449-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 43500931-43503338(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50302753-50302761promoter 内 2423-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003514 Chr02 NC_080388.1:56336441-56336449promoter 内 2419-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56329508-56334867(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr03G002904 Chr03 NC_080389.1:45780212-45780220promoter 内 2373-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45781840-45784500(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G001927 Chr04 NC_080390.1:31377263-31377271promoter 内 2372-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 31378892-31380915(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr03G003434 Chr03 NC_080389.1:52696985-52696993promoter 内 2356-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 52698630-52700360(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62279322-62279330promoter 内 2353-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62259906-62277682(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr04G000759 Chr04 NC_080390.1:9260676-9260684promoter 内 2347-2355 bp - 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9256773-9259030(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G003502 Chr03 NC_080389.1:53647713-53647721promoter 内 2312-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 53645310-53646032(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G004023 Chr02 NC_080388.1:62520821-62520829promoter 内 2281-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62518392-62519109(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G001350 Chr01 NC_080387.1:26787982-26787990promoter 内 2278-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 26782969-26786267(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G001191 Chr01 NC_080387.1:24065348-24065356promoter 内 2276-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 24058282-24063631(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60247229-60247237promoter 内 2263-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G000777 Chr04 NC_080390.1:9520355-9520363promoter 内 2263-2271 bp + 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9516582-9518625(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G002763 Chr02 NC_080388.1:47699190-47699198promoter 内 2255-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47693642-47697452(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6886959-6886967promoter 内 2241-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6883782-6885207(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G004663 Chr03 NC_080389.1:64110204-64110212promoter 内 2232-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 64105728-64108443(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G000956 Chr03 NC_080389.1:10807374-10807382promoter 内 2188-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 10809187-10810392(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G000297 Chr03 NC_080389.1:3407997-3408005promoter 内 2180-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3403910-3406184(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51557557-51557565promoter 内 2135-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 51559423-51561003(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G000642 Chr01 NC_080387.1:14418513-14418521promoter 内 2118-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14420396-14424491(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G000893 Chr04 NC_080390.1:11478222-11478230promoter 内 2117-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11473334-11476346(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr02G002221 Chr02 NC_080388.1:39486637-39486645promoter 内 2114-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 39488524-39489384(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr02G004568 Chr02 NC_080388.1:68194575-68194583promoter 内 2090-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 68196486-68200550(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003443 Chr02 NC_080388.1:55708450-55708458promoter 内 2083-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 55704768-55706540(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G003871 Chr02 NC_080388.1:60723912-60723920promoter 内 2078-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60725835-60728328(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr02G004817 Chr02 NC_080388.1:70308390-70308398promoter 内 2060-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70310331-70311582(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr04G000461 Chr04 NC_080390.1:4916069-4916077promoter 内 2046-2054 bp - 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4906099-4914122(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G000969 Chr04 NC_080390.1:13019206-13019214promoter 内 2044-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 13021163-13023931(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G002751 Chr01 NC_080387.1:45831074-45831082promoter 内 2011-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45827404-45829092(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G004294 Chr01 NC_080387.1:61136413-61136421promoter 内 1999-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 61138415-61143048(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G000529 Chr02 NC_080388.1:7288020-7288028promoter 内 1990-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7290031-7295241(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr03G000721 Chr03 NC_080389.1:8070631-8070639promoter 内 1978-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8072654-8074023(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4290294-4290302promoter 内 1969-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4292326-4293199(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64353910-64353918promoter 内 1967-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr02G004350 Chr02 NC_080388.1:65759013-65759021promoter 内 1939-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 65761075-65764167(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr01G006168 Chr01 NC_080387.1:77172791-77172799promoter 内 1926-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 77167156-77170724(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAA
SmilChr01G005176 Chr01 NC_080387.1:69501184-69501192promoter 内 1902-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 69503283-69504078(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG
SmilChr04G003012 Chr04 NC_080390.1:46521772-46521780promoter 内 1886-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 46518724-46519665(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGG