转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 56 / 162 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003494 Chr08 NC_080394.1:37544335-37544349promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37542363-37543754(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACAGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G001449 Chr07 NC_080393.1:11261180-11261194promoter 内 3405-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11261776-11264240(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATTGGCTTTTGCTG
SmilChr07G003273 Chr07 NC_080393.1:34501140-34501154promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34496729-34500539(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCTAAAAGCCAAAT
SmilChr07G001965 Chr07 NC_080393.1:17179150-17179164promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17179823-17179904(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTCTCAAG
SmilChr05G003880 Chr05 NC_080391.1:52449645-52449659promoter 内 3324-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52446309-52448982(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTGAGAAGCCAAAA
SmilChr07G003266 Chr07 NC_080393.1:34423920-34423934promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34423106-34423239(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr07G003490 Chr07 NC_080393.1:39486653-39486667promoter 内 3277-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39487377-39489796(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr05G001710 Chr05 NC_080391.1:16353074-16353088promoter 内 3257-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16353818-16357064(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTTGAA
SmilChr07G003829 Chr07 NC_080393.1:47358577-47358591promoter 内 3257-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47359321-47360697(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGGAAAAGCCAAAA
SmilChr04G003953 Chr04 NC_080390.1:55082411-55082425promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55083174-55083254(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCCTT
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26823831-26823845promoter 内 3236-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAGGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G003578 Chr07 NC_080393.1:41837848-41837862promoter 内 3233-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41838616-41841085(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr03G003133 Chr03 NC_080389.1:48555957-48555971promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48554101-48555190(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr01G000692 Chr01 NC_080387.1:15536291-15536305promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15537074-15537938(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr07G004121 Chr07 NC_080393.1:52884965-52884979promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52881909-52884195(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr06G002879 Chr06 NC_080392.1:41605594-41605608promoter 内 3215-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41606380-41609245(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4585495-4585509promoter 内 3183-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGATGGCTTTTGATT
SmilChr08G004371 Chr08 NC_080394.1:53455982-53455996promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53456809-53457486(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr06G001497 Chr06 NC_080392.1:16025039-16025053promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16013166-16024210(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr02G001580 Chr02 NC_080388.1:29521132-29521146promoter 内 3155-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29518751-29520300(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr02G001733 Chr02 NC_080388.1:31862151-31862165promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31863001-31863504(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61273051-61273065promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61266207-61272189(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTTGAA
SmilChr06G001590 Chr06 NC_080392.1:17561787-17561801promoter 内 3121-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17562667-17568253(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGGGAAAAGCCATTT
SmilChr05G002155 Chr05 NC_080391.1:22755452-22755466promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22753431-22754573(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr01G001404 Chr01 NC_080387.1:27661118-27661132promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27652810-27660237(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTGAAAAGCCAGGT
SmilChr02G000337 Chr02 NC_080388.1:4306598-4306612promoter 内 3102-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4304631-4305713(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr04G001085 Chr04 NC_080390.1:15562296-15562310promoter 内 3099-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15563198-15572536(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCCAGAAGCCAAAG
SmilChr04G001017 Chr04 NC_080390.1:14171256-14171270promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14172161-14173707(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608982-63608996promoter 内 3092-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCCTT
SmilChr07G003265 Chr07 NC_080393.1:34423920-34423934promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34422867-34423000(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr08G003843 Chr08 NC_080394.1:44766858-44766872promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44767804-44768708(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr04G002357 Chr04 NC_080390.1:38057106-38057120promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38058063-38062819(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATCAAAAGCCACGA
SmilChr03G001624 Chr03 NC_080389.1:20835587-20835601promoter 内 3043-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20836545-20837898(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr04G002417 Chr04 NC_080390.1:38783847-38783861promoter 内 3010-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38784838-38786411(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTTCTGGGT
SmilChr02G003873 Chr02 NC_080388.1:60774507-60774521promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60771051-60773525(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTCTCAAG
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