转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 57 / 126 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000490 Chr06 NC_080392.1:4016612-4016626promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4017233-4019027(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTACGGT
SmilChr04G003787 Chr04 NC_080390.1:54026844-54026858promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54021630-54026160(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr05G004320 Chr05 NC_080391.1:56860314-56860328promoter 内 2959-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56856445-56859286(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAACACGACGTGGCA
SmilChr08G004881 Chr08 NC_080394.1:57905098-57905112promoter 内 2883-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57906216-57906659(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCTACCACGTGGCG
SmilChr08G004844 Chr08 NC_080394.1:57693580-57693594promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57694701-57695144(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCTACCACGTGGCG
SmilChr06G002838 Chr06 NC_080392.1:41149999-41150013promoter 内 2579-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 41147600-41148591(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCATCCGACGTGGCA
SmilChr04G004079 Chr04 NC_080390.1:55856104-55856118promoter 内 2549-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55848981-55854666(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCAGATCACGTGGCT
SmilChr03G004360 Chr03 NC_080389.1:61839562-61839576promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 61841015-61841767(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACTTGACACGTGGCT
SmilChr08G000376 Chr08 NC_080394.1:2620058-2620072promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2621514-2622773(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATTTCG
SmilChr02G003761 Chr02 NC_080388.1:59288398-59288412promoter 内 2530-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59289869-59293995(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAAACTT
SmilChr01G001630 Chr01 NC_080387.1:30365139-30365153promoter 内 2519-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30366621-30368468(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCCAACACGTGGCA
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45067378-45067392promoter 内 2446-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45068933-45070075(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr08G003079 Chr08 NC_080394.1:30989719-30989733promoter 内 2382-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30991338-30999256(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATGGCAGACGTGGCT
SmilChr07G001714 Chr07 NC_080393.1:14564546-14564560promoter 内 2208-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14551315-14562767(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGTTTTC
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59004172-59004186promoter 内 2187-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59005986-59006474(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGACTTTG
SmilChr05G001144 Chr05 NC_080391.1:9561105-9561119promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9563005-9568744(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATAACACGTGTCA
SmilChr04G003698 Chr04 NC_080390.1:53348196-53348210promoter 内 2095-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53350102-53352148(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAAATGACGTGGCG
SmilChr01G005928 Chr01 NC_080387.1:75074456-75074470promoter 内 2051-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75076406-75077641(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr07G001733 Chr07 NC_080393.1:14733689-14733703promoter 内 2035-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14727904-14731737(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGAGTGACGTGGCC
SmilChr07G004154 Chr07 NC_080393.1:53394166-53394180promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53396284-53396862(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr07G004188 Chr07 NC_080393.1:53908716-53908730promoter 内 1669-1683 bp - 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53903475-53906398(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCATCTCACGTGGCA
SmilChr07G001417 Chr07 NC_080393.1:11019431-11019445promoter 内 1651-1665 bp - 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11021781-11024859(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr02G001883 Chr02 NC_080388.1:34160140-34160154promoter 内 1538-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34152231-34157691(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATTCCG
SmilChr01G004524 Chr01 NC_080387.1:63443429-63443443promoter 内 1486-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63439237-63440928(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTACCGACGTGGCG
SmilChr01G001319 Chr01 NC_080387.1:26221692-26221706promoter 内 1352-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26216407-26219057(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr03G003632 Chr03 NC_080389.1:54992139-54992153promoter 内 1318-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54994822-54999049(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr02G005360 Chr02 NC_080388.1:74316376-74316390promoter 内 1314-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 74319063-74320542(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATTATG
SmilChr08G003004 Chr08 NC_080394.1:30110567-30110581promoter 内 1262-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30102901-30107842(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr06G001718 Chr06 NC_080392.1:19802673-19802687promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 19796347-19799908(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTAGTTGACGTGGCA
SmilChr03G000856 Chr03 NC_080389.1:9792016-9792030promoter 内 1145-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9788275-9789174(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CTTGTCGACGTGGCA
SmilChr02G004445 Chr02 NC_080388.1:66808622-66808636promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66804618-66805710(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAGTTAG
SmilChr05G000777 Chr05 NC_080391.1:6079959-6079973promoter 内 1061-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6074624-6077033(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTATACACGTGGCA
SmilChr08G004882 Chr08 NC_080394.1:57905098-57905112promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57908117-57910710(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCTACCACGTGGCG
SmilChr04G002821 Chr04 NC_080390.1:44270119-44270133promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44266637-44267112(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGAAATGACGTGGCA
SmilChr03G001200 Chr03 NC_080389.1:13835800-13835814promoter 内 953-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13838848-13840439(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATTCCG
SmilChr05G002331 Chr05 NC_080391.1:25172387-25172401promoter 内 950-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25163997-25169350(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACTAG
SmilChr05G002327 Chr05 NC_080391.1:25106179-25106193promoter 内 938-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25097661-25103130(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACTAG
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SmilChr07G003143 Chr07 NC_080393.1:33327831-33327845promoter 内 252-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33323194-33324096(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGGTTGC
SmilChr07G003123 Chr07 NC_080393.1:33148112-33148126promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33143461-33144363(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGGTTGC
SmilChr02G001884 Chr02 NC_080388.1:34160140-34160154promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34163940-34164729(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGGAATGACGTGGCA
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SmilChr01G002238 Chr01 NC_080387.1:38933516-38933530promoter 内 3644-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 38926252-38933173(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTTCTG
SmilChr03G002049 Chr03 NC_080389.1:31023104-31023118promoter 内 3461-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 31023644-31030584(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAATATCACGTGGCC
SmilChr01G003912 Chr01 NC_080387.1:57387282-57387296promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 57388259-57389337(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAGAACCACGTGGCA
SmilChr03G001305 Chr03 NC_080389.1:15282910-15282924promoter 内 2430-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 15280207-15281353(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTAACCGACGTGGCA