转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 58 / 142 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003153 Chr03 NC_080389.1:48897974-48897988promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48898747-48899844(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCGTGGTAGTTGCC
SmilChr03G003154 Chr03 NC_080389.1:48907516-48907530promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48908289-48909386(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCGTGGTAGTTGCC
SmilChr03G003604 Chr03 NC_080389.1:54682677-54682691promoter 内 3204-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54683474-54684649(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAAAGGTAGGTGGA
SmilChr03G003625 Chr03 NC_080389.1:54921568-54921582promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54922436-54923545(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAAAGGTAGGTGGA
SmilChr05G002688 Chr05 NC_080391.1:30555464-30555478promoter 内 3100-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30556365-30557294(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTAGA
SmilChr03G003151 Chr03 NC_080389.1:48868711-48868725promoter 内 3076-3090 bp + 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48866855-48867800(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCGTGGTAGTTGCC
SmilChr08G002978 Chr08 NC_080394.1:29871265-29871279promoter 内 3066-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 29868195-29870344(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTATGGGTAGGTGCA
SmilChr08G001814 Chr08 NC_080394.1:15292535-15292549promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15293505-15298971(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACATT
SmilChr02G001789 Chr02 NC_080388.1:32658225-32658239promoter 内 2965-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32659261-32659334(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGAGCT
SmilChr03G001948 Chr03 NC_080389.1:27809906-27809920promoter 内 2958-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27810949-27815999(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAA
SmilChr06G000019 Chr06 NC_080392.1:259384-259398promoter 内 2952-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 253716-258349(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCAAAAC
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44533769-44533783promoter 内 2855-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCATATC
SmilChr07G003785 Chr07 NC_080393.1:46438865-46438879promoter 内 2854-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46440012-46445600(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATTTGTTAGGTGGA
SmilChr06G001562 Chr06 NC_080392.1:17036268-17036282promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 17032232-17035106(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAGGGTAGGTGGA
SmilChr02G001790 Chr02 NC_080388.1:32658225-32658239promoter 内 2723-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32659503-32661425(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCGAGCT
SmilChr05G001657 Chr05 NC_080391.1:15680783-15680797promoter 内 2698-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15682086-15685553(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACCCG
SmilChr08G001413 Chr08 NC_080394.1:11320317-11320331promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11317648-11318982(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGGTAGGTGGT
SmilChr02G004913 Chr02 NC_080388.1:71127308-71127322promoter 内 2626-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 71123696-71125947(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTGGTTAGGTGGG
SmilChr08G001486 Chr08 NC_080394.1:11970666-11970680promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11963684-11969303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCGC
SmilChr08G000452 Chr08 NC_080394.1:3216377-3216391promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3210853-3215002(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGAAGTAGGTGGA
SmilChr03G002849 Chr03 NC_080389.1:45040141-45040155promoter 内 2611-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45041531-45047348(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGTTAGT
SmilChr04G003666 Chr04 NC_080390.1:53104740-53104754promoter 内 2549-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53100117-53103302(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACACTGA
SmilChr02G005194 Chr02 NC_080388.1:73210647-73210661promoter 内 2507-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 73208114-73209167(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATAGGTAGGTGGA
SmilChr06G001247 Chr06 NC_080392.1:12960978-12960992promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12962485-12967212(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCACAT
SmilChr07G003784 Chr07 NC_080393.1:46429996-46430010promoter 内 2409-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46427057-46428418(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACAAATC
SmilChr06G000021 Chr06 NC_080392.1:259384-259398promoter 内 2276-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 261109-262558(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTTGGTAGGTACA
SmilChr01G003285 Chr01 NC_080387.1:51540130-51540144promoter 内 2254-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51535512-51538397(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCACATT
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55560129-55560143promoter 内 2252-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55553418-55558394(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCAGTGTTAGGTGGA
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37464459-37464473promoter 内 2209-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACTACCACACC
SmilChr07G000351 Chr07 NC_080393.1:2403920-2403934promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2405763-2406776(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTAGGTAGGTGTG
SmilChr05G004107 Chr05 NC_080391.1:54930330-54930344promoter 内 2157-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54926705-54928500(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTCGGTAGGTGAA
SmilChr06G003257 Chr06 NC_080392.1:45239147-45239161promoter 内 1970-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45228062-45237130(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCATAGC
SmilChr02G004784 Chr02 NC_080388.1:70018433-70018447promoter 内 1936-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70015359-70016382(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGTTAGTAGGTGAG
SmilChr05G002715 Chr05 NC_080391.1:31269034-31269048promoter 内 1777-1791 bp - 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31271258-31272844(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTAGTAGGTGAG
SmilChr02G001788 Chr02 NC_080388.1:32658225-32658239promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32653735-32655985(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCTCGGTAGGTGAA
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