转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 60 / 147 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002897 Chr02 NC_080388.1:49249079-49249093promoter 内 1769-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 49243032-49246861(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCCTTAGTTAGGTAT
SmilChr01G002373 Chr01 NC_080387.1:40952595-40952609promoter 内 3941-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 40952655-40959050(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACAAATTAGGTAT
SmilChr01G003483 Chr01 NC_080387.1:53378969-53378983promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53379390-53379461(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTAAATC
SmilChr04G000534 Chr04 NC_080390.1:5924638-5924652promoter 内 3573-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 5925066-5927924(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGCTAGGTTAGGTGC
SmilChr03G004225 Chr03 NC_080389.1:60796751-60796765promoter 内 3568-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 60797184-60800326(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTAGGGTTAGGTTA
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40962385-40962399promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 40963375-40970669(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACAAATTAGGTAT
SmilChr01G005455 Chr01 NC_080387.1:71590909-71590923promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 71588161-71589721(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACATATGC
SmilChr03G003491 Chr03 NC_080389.1:53476077-53476091promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53477312-53480377(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAGTCGAGT
SmilChr01G001697 Chr01 NC_080387.1:31263387-31263401promoter 内 2722-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 31258543-31262122(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAAAGTTTAGGTAG
SmilChr01G005722 Chr01 NC_080387.1:73394171-73394185promoter 内 2641-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 73389969-73392825(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGCCGGGTTAGGTCG
SmilChr02G001358 Chr02 NC_080388.1:25404851-25404865promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25400788-25403469(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCACCTAACCTAGCC
SmilChr03G002838 Chr03 NC_080389.1:44919772-44919786promoter 内 2498-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 44921275-44922526(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTGTCA
SmilChr04G001413 Chr04 NC_080390.1:22988894-22988908promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 22990510-22995892(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCAAAAGTTTGGCCC
SmilChr03G001464 Chr03 NC_080389.1:17503414-17503428promoter 内 2316-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 17499893-17501743(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATTACT
SmilChr03G001395 Chr03 NC_080389.1:16548990-16549004promoter 内 2314-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 16545470-16547317(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATTACT
SmilChr02G000621 Chr02 NC_080388.1:9176678-9176692promoter 内 2192-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 9172242-9174883(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGAAATTTAGGTAA
SmilChr02G005078 Chr02 NC_080388.1:72414640-72414654promoter 内 1975-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 72406534-72412628(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTAATTA
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72194513-72194527promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 72196648-72208636(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCAGCTTAGGTAG
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72216579-72216593promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 72218714-72221703(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCAGCTTAGGTAG
SmilChr03G002602 Chr03 NC_080389.1:41331274-41331288promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 41328038-41328916(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAATTTCGT
SmilChr01G005265 Chr01 NC_080387.1:70111913-70111927promoter 内 1468-1482 bp - 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70114446-70115342(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTCCTGA
SmilChr03G004224 Chr03 NC_080389.1:60796751-60796765promoter 内 1377-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 60791899-60794141(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTAGC
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57856078-57856092promoter 内 983-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 57859096-57862319(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACCTAAATTAGGTAA
SmilChr03G002002 Chr03 NC_080389.1:29856148-29856162promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 29848727-29852987(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTGAGTTAGGCCT
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25352388-25352402promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25346518-25349225(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTAGC
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64779957-64779971promoter 内 811-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 64783147-64783219(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCATATGTTAGGTTC
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10867711-10867725promoter 内 753-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 10870959-10873841(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTTGAGTTAGGTTT
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10877460-10877474promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 10880746-10883586(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTTGAGTTAGGTTT
SmilChr02G004364 Chr02 NC_080388.1:65931265-65931279promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 65934582-65938264(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAATTGTTAGGTCT
SmilChr01G001743 Chr01 NC_080387.1:32122195-32122209promoter 内 423-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 32118551-32118631(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATATTTTT
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1212500-1212514promoter 内 118-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 1205391-1208631(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGTAGGTTAGGTGA
SmilChr03G003211 Chr03 NC_080389.1:49716434-49716448promoter 内 3941-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49716494-49725592(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATTAGTAC
SmilChr04G000545 Chr04 NC_080390.1:6060541-6060555promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6060625-6065993(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGAATATTAGGTAG
SmilChr02G003652 Chr02 NC_080388.1:57912922-57912936promoter 内 3850-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57908011-57912785(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAATTCCCT
SmilChr04G000378 Chr04 NC_080390.1:3800410-3800424promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3800587-3803585(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTTAA
SmilChr03G000043 Chr03 NC_080389.1:486556-486570promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 486808-487809(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTAATTA
SmilChr03G003537 Chr03 NC_080389.1:53974456-53974470promoter 内 3732-3746 bp - 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53974725-53977434(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTAAATG
SmilChr02G000561 Chr02 NC_080388.1:7896810-7896824promoter 内 3673-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7893948-7896496(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATAATGGTTAGGTTT
SmilChr02G004813 Chr02 NC_080388.1:70287243-70287257promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70287715-70289288(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTGAGTTAGGCCT
SmilChr04G000173 Chr04 NC_080390.1:1555001-1555015promoter 内 3515-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1555487-1566128(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCAGCTTAGGTAG
SmilChr04G000142 Chr04 NC_080390.1:1212500-1212514promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1210995-1212027(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGTAGGTTAGGTGA
SmilChr02G002772 Chr02 NC_080388.1:47790330-47790344promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47788873-47789811(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCAGCTTAGGTAG
SmilChr03G000042 Chr03 NC_080389.1:486556-486570promoter 内 3378-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 481805-485947(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTAGTTAGGTTA
SmilChr01G004020 Chr01 NC_080387.1:58594238-58594252promoter 内 3329-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58591649-58593580(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTCAAGT
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9924087-9924101promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9924915-9928587(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAATGATTAGGTAA
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24507921-24507935promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24490718-24507082(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTTAA
SmilChr03G002613 Chr03 NC_080389.1:41532964-41532978promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 41530122-41532042(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAATATTAGGTAA
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37316573-37316587promoter 内 3048-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACATTCAT
SmilChr02G000117 Chr02 NC_080388.1:1477754-1477768promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1475662-1476780(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACCTATAC
SmilChr03G000985 Chr03 NC_080389.1:11160492-11160506promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11161562-11164787(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATATGTTAGGTAA