转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 61 / 141 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001404 Chr05 NC_080391.1:12617550-12617564promoter 内 3668-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12617883-12617954(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGAGTCGGTGGCCT
SmilChr08G004724 Chr08 NC_080394.1:56640296-56640310promoter 内 3608-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56640689-56643088(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATCCACCGCCACCG
SmilChr06G000423 Chr06 NC_080392.1:3492157-3492171promoter 内 3600-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3490491-3491770(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTAGAGA
SmilChr01G004187 Chr01 NC_080387.1:60296476-60296490promoter 内 3594-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60296883-60301401(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GACGCACCGACAACA
SmilChr06G001925 Chr06 NC_080392.1:23388754-23388768promoter 内 3588-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23387618-23388355(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGGCACCGACTCTG
SmilChr05G000497 Chr05 NC_080391.1:3891133-3891147promoter 内 3582-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3888529-3890728(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCACACCGACACGT
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47058324-47058338promoter 内 3571-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47056261-47057908(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGTGAGCA
SmilChr03G000029 Chr03 NC_080389.1:374839-374853promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 375275-377717(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATGCACCGACGACA
SmilChr02G000179 Chr02 NC_080388.1:2286390-2286404promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2286895-2288286(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGATT
SmilChr08G002162 Chr08 NC_080394.1:19557291-19557305promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19555575-19556684(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTAGAGA
SmilChr08G002164 Chr08 NC_080394.1:19563684-19563698promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19561968-19563077(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTAGAGA
SmilChr08G001754 Chr08 NC_080394.1:14747039-14747053promoter 内 3286-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14747754-14749570(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGCGGCGGTGGAGG
SmilChr06G000420 Chr06 NC_080392.1:3479508-3479522promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3480225-3481470(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACAATT
SmilChr06G000422 Chr06 NC_080392.1:3485833-3485847promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3486550-3487795(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACAATT
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40380336-40380350promoter 内 3229-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40377126-40379578(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGGCACCGACTCAA
SmilChr08G003017 Chr08 NC_080394.1:30298989-30299003promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30299778-30306951(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGCGTAGG
SmilChr02G000830 Chr02 NC_080388.1:14046925-14046939promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14047768-14048901(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACAATT
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51020278-51020292promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45068035-45068049promoter 内 3103-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45068933-45070075(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr08G000577 Chr08 NC_080394.1:4229403-4229417promoter 内 2940-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4230464-4233825(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42713510-42713524promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42711485-42712389(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr08G004723 Chr08 NC_080394.1:56640296-56640310promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56638096-56639169(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGATC
SmilChr04G002300 Chr04 NC_080390.1:37246205-37246219promoter 内 2783-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37247423-37251776(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGGCACCGACGTGG
SmilChr07G003365 Chr07 NC_080393.1:36227257-36227271promoter 内 2773-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 36228485-36233012(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGAAA
SmilChr08G001017 Chr08 NC_080394.1:7698955-7698969promoter 内 2752-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7691740-7697720(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGTCGGTTGAGG
SmilChr08G003371 Chr08 NC_080394.1:35333477-35333491promoter 内 2727-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35332135-35332217(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGACACCGACAAAA
SmilChr08G003388 Chr08 NC_080394.1:35630456-35630470promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35629093-35629175(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGACACCGACAAAA
SmilChr07G002818 Chr07 NC_080393.1:28235746-28235760promoter 内 2558-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 28232753-28234317(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCCACCGCCAACG
SmilChr02G002450 Chr02 NC_080388.1:42757336-42757350promoter 内 2540-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42755311-42755889(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr05G001731 Chr05 NC_080391.1:16726527-16726541promoter 内 2540-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16724502-16725080(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr07G004154 Chr07 NC_080393.1:53394823-53394837promoter 内 2540-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53396284-53396862(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41887789-41887803promoter 内 2539-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5207782-5207796promoter 内 2535-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5209248-5209817(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATACGTCGGTGGCTA
SmilChr03G003023 Chr03 NC_080389.1:47143141-47143155promoter 内 2501-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47138749-47141655(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGAGAC
SmilChr02G002348 Chr02 NC_080388.1:41257832-41257846promoter 内 2480-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41255458-41256325(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr01G005939 Chr01 NC_080387.1:75133985-75133999promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75131935-75132477(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr03G002073 Chr03 NC_080389.1:31674238-31674252promoter 内 2469-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31675770-31682506(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGACACCGACAATG
SmilChr07G004505 Chr07 NC_080393.1:57698614-57698628promoter 内 2464-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 57700151-57707122(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr02G005314 Chr02 NC_080388.1:74028349-74028363promoter 内 2393-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74029957-74031686(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr02G002339 Chr02 NC_080388.1:41099631-41099645promoter 内 2375-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41092098-41098019(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATACGTCGGTGGCTA
SmilChr03G002637 Chr03 NC_080389.1:41959162-41959176promoter 内 2343-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41954121-41957518(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCGTCGGTGATTT
SmilChr02G000578 Chr02 NC_080388.1:8322421-8322435promoter 内 2268-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8318475-8320702(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTGCTCT
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5768075-5768089promoter 内 2172-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5769904-5771013(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACGTCGGTGGGGC
SmilChr04G001785 Chr04 NC_080390.1:29275270-29275284promoter 内 2151-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29264863-29273434(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCGTCGGTGTGGC
SmilChr02G000577 Chr02 NC_080388.1:8289641-8289655promoter 内 2072-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8284708-8287726(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATACGTCGGTGGCTA
SmilChr08G002477 Chr08 NC_080394.1:23688332-23688346promoter 内 2062-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23685673-23686407(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCCACCGACATGT
SmilChr05G003688 Chr05 NC_080391.1:49997929-49997943promoter 内 2041-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49993073-49995983(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTAGCCT
SmilChr01G003748 Chr01 NC_080387.1:55800527-55800541promoter 内 1999-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55802529-55803993(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTCACCGACGGCA
SmilChr07G000431 Chr07 NC_080393.1:3015278-3015292promoter 内 1989-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3011805-3013280(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGATT
SmilChr03G003632 Chr03 NC_080389.1:54992795-54992809promoter 内 1974-1988 bp - 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54994822-54999049(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATCGCCGACAAGG