转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 61 / 163 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000743 Chr04 NC_080390.1:9118684-9118696promoter 内 3534-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9119151-9123253(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAAGTCAACTGG
SmilChr02G003681 Chr02 NC_080388.1:58177499-58177511promoter 内 3478-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58178022-58180943(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTA
SmilChr08G002739 Chr08 NC_080394.1:27006680-27006692promoter 内 3442-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27004195-27006133(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACAGTCAACGAA
SmilChr06G001478 Chr06 NC_080392.1:15738621-15738633promoter 内 3358-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15739264-15743082(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACTGTTGACTTTA
SmilChr07G001963 Chr07 NC_080393.1:17154686-17154698promoter 内 3354-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17155333-17158036(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGCGTTGACTAGC
SmilChr04G000547 Chr04 NC_080390.1:6084873-6084885promoter 内 3040-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6085834-6087763(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTA
SmilChr03G002483 Chr03 NC_080389.1:39468400-39468412promoter 内 3012-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39466613-39467423(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACCAG
SmilChr02G002618 Chr02 NC_080388.1:45494262-45494274promoter 内 2977-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45491760-45493250(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACAGA
SmilChr08G003036 Chr08 NC_080394.1:30538182-30538194promoter 内 2976-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30539207-30541016(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAATGGC
SmilChr05G003380 Chr05 NC_080391.1:44752426-44752438promoter 内 2790-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44753637-44759182(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTT
SmilChr04G002249 Chr04 NC_080390.1:36378586-36378598promoter 内 2590-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36371399-36377187(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACCGTTGACTACA
SmilChr03G002819 Chr03 NC_080389.1:44664021-44664033promoter 内 2424-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44659604-44662456(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTT
SmilChr02G004823 Chr02 NC_080388.1:70340343-70340355promoter 内 2387-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70334940-70338741(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTA
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50035253-50035265promoter 内 2382-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAAGTCAACTAC
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15358694-15358706promoter 内 2337-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15354434-15357042(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTA
SmilChr02G005056 Chr02 NC_080388.1:72267167-72267179promoter 内 2300-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72268868-72276167(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACAGTCAACGTG
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20165051-20165063promoter 内 2240-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20166812-20167687(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTA
SmilChr01G001971 Chr01 NC_080387.1:35109314-35109326promoter 内 2189-2201 bp + 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35104121-35107514(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTAT
SmilChr05G001871 Chr05 NC_080391.1:18871813-18871825promoter 内 2144-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18866814-18869968(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TCAGTTGACTTGT
SmilChr08G001887 Chr08 NC_080394.1:16382830-16382842promoter 内 1997-2009 bp - 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16384834-16389228(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGAAGTCAACTCC
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5450694-5450706promoter 内 1952-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5447638-5448657(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTTT
SmilChr01G005379 Chr01 NC_080387.1:71017941-71017953promoter 内 1839-1851 bp - 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71013483-71015791(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAGTTGACTTTC
SmilChr08G001342 Chr08 NC_080394.1:10717131-10717143promoter 内 1839-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10712980-10714981(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTAAGTCAACTCG
SmilChr03G004487 Chr03 NC_080389.1:62985723-62985735promoter 内 1836-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62980534-62983570(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATCAGTCAACGCT
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71920605-71920617promoter 内 1706-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71914545-71918322(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGGGTTGACTCTG
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5450694-5450706promoter 内 1650-1662 bp + 2339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5453045-5453746(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTTTA
SmilChr07G004315 Chr07 NC_080393.1:55710712-55710724promoter 内 1628-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55705273-55708351(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAAAGTCAACTAT
SmilChr07G003338 Chr07 NC_080393.1:35766976-35766988promoter 内 1592-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35758347-35764579(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GTTAGTCAACGCA
SmilChr05G002235 Chr05 NC_080391.1:23950356-23950368promoter 内 1581-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23952776-23958045(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATAGTTGACTTTA
SmilChr08G001454 Chr08 NC_080394.1:11700942-11700954promoter 内 1562-1574 bp - 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11703381-11715823(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACAGA
SmilChr05G002467 Chr05 NC_080391.1:27190466-27190478promoter 内 1551-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27192916-27196060(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGCGTTGACTAAA
SmilChr02G005365 Chr02 NC_080388.1:74348389-74348401promoter 内 1421-1433 bp - 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74350969-74352510(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GAAAGTCAACTTA
SmilChr02G000342 Chr02 NC_080388.1:4452171-4452183promoter 内 1139-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4447221-4449321(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CGAAGTCAACTCA
SmilChr02G005573 Chr02 NC_080388.1:75610789-75610801promoter 内 1079-1091 bp - 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75605921-75607879(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGCGTTGACTAAC
SmilChr05G000503 Chr05 NC_080391.1:3914811-3914823promoter 内 1063-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3917749-3920912(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGCGTTGACTCGA
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