转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 62 / 142 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005612 Chr01 NC_080387.1:72656014-72656028promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72656181-72657800(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGGCAGTAGGTGAA
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64863620-64863634promoter 内 3766-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64860208-64863399(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATATT
SmilChr01G005453 Chr01 NC_080387.1:71581189-71581203promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71575679-71580910(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr01G002212 Chr01 NC_080387.1:38445898-38445912promoter 内 3691-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38440856-38445602(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATATT
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25621422-25621436promoter 内 3691-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTAGCA
SmilChr05G001098 Chr05 NC_080391.1:9145076-9145090promoter 内 3602-3616 bp - 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9145475-9147912(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr02G002490 Chr02 NC_080388.1:43317257-43317271promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43317695-43323564(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCATCAT
SmilChr05G001196 Chr05 NC_080391.1:10049284-10049298promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10044965-10048842(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTAACT
SmilChr01G002580 Chr01 NC_080387.1:43941360-43941374promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43928311-43940892(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31394385-31394399promoter 内 3473-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31389619-31393871(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCGCTAA
SmilChr04G000497 Chr04 NC_080390.1:5432500-5432514promoter 内 3359-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5422966-5431872(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTCTT
SmilChr05G000444 Chr05 NC_080391.1:3377976-3377990promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3375357-3377177(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAATGGGTAGGTGGA
SmilChr02G001609 Chr02 NC_080388.1:29955994-29956008promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29956860-29957405(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTGGCCC
SmilChr07G002484 Chr07 NC_080393.1:23492516-23492530promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23493490-23498038(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGAGAGTAGGTGGG
SmilChr05G002654 Chr05 NC_080391.1:30043454-30043468promoter 内 2950-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30039136-30042417(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCAGCAT
SmilChr01G003427 Chr01 NC_080387.1:52933414-52933428promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52929091-52932352(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCACTAG
SmilChr07G001241 Chr07 NC_080393.1:9510040-9510054promoter 内 2863-2877 bp - 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9511178-9512872(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGGTAGTAGGTGGC
SmilChr05G001152 Chr05 NC_080391.1:9675574-9675588promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9676795-9679167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCTTCTT
SmilChr05G004297 Chr05 NC_080391.1:56694512-56694526promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56691114-56693287(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGAGGTTAGGTGGA
SmilChr03G001998 Chr03 NC_080389.1:29672589-29672603promoter 内 2599-2613 bp - 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29673991-29677766(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGCCAGTAGGTGTG
SmilChr03G002081 Chr03 NC_080389.1:32019681-32019695promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32014229-32018005(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGCCAGTAGGTGTG
SmilChr02G001538 Chr02 NC_080388.1:28619289-28619303promoter 内 2261-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28607906-28617563(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCATTGGTAGGTGAA
SmilChr07G004739 Chr07 NC_080393.1:60243340-60243354promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60245107-60248788(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCTAGGTAGGTAGG
SmilChr06G003069 Chr06 NC_080392.1:43575582-43575596promoter 内 2183-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43577400-43578756(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATTGGTAGGTGGT
SmilChr03G003083 Chr03 NC_080389.1:47880508-47880522promoter 内 1925-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47877677-47878446(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTGCTG
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72017481-72017495promoter 内 1828-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72019654-72023823(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATATT
SmilChr01G000186 Chr01 NC_080387.1:3185132-3185146promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3181788-3182959(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACCAAAC
SmilChr06G002477 Chr06 NC_080392.1:35606399-35606413promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35600335-35604205(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGGGGTAGGTAAG
SmilChr07G002538 Chr07 NC_080393.1:24085283-24085297promoter 内 1753-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24079147-24083049(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTTCTC
SmilChr08G001939 Chr08 NC_080394.1:17026781-17026795promoter 内 1694-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17023351-17024488(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAAAGGTAGGTGGA
SmilChr07G001528 Chr07 NC_080393.1:12333077-12333091promoter 内 1662-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12335416-12336362(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATCAGTTAGGTGGG
SmilChr01G005980 Chr01 NC_080387.1:75460498-75460512promoter 内 1657-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75453629-75458168(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTAAGT
SmilChr08G002056 Chr08 NC_080394.1:18413370-18413384promoter 内 1649-1663 bp + 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18415722-18420797(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCAGCTT
SmilChr02G002148 Chr02 NC_080388.1:38627260-38627274promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38623208-38624912(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCAGTTT
SmilChr05G001311 Chr05 NC_080391.1:11299402-11299416promoter 内 1448-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11301955-11304810(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGTTGGT
SmilChr03G000796 Chr03 NC_080389.1:9103565-9103579promoter 内 1410-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9106156-9111638(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGTTGGT
SmilChr03G003634 Chr03 NC_080389.1:55026839-55026853promoter 内 1395-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55022605-55024247(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGTTGAC
SmilChr08G002362 Chr08 NC_080394.1:22395309-22395323promoter 内 1391-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22383561-22392713(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAACTACCACAAT
SmilChr04G002953 Chr04 NC_080390.1:45861621-45861635promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45851075-45858987(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATATT
SmilChr05G001310 Chr05 NC_080391.1:11299402-11299416promoter 内 1244-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11294713-11296659(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCAACTACCACATT
SmilChr04G000969 Chr04 NC_080390.1:13018245-13018259promoter 内 1083-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13021163-13023931(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTACCCG
SmilChr08G003243 Chr08 NC_080394.1:33313932-33313946promoter 内 972-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33316961-33317434(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCGATAGTAGGTGGG
SmilChr07G001079 Chr07 NC_080393.1:7915347-7915361promoter 内 826-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7918522-7922319(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATATT
SmilChr01G001793 Chr01 NC_080387.1:32785603-32785617promoter 内 815-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32788789-32792051(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCATCTG
SmilChr07G003152 Chr07 NC_080393.1:33453488-33453502promoter 内 756-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33456733-33460956(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCAACTACCACATT
SmilChr04G001439 Chr04 NC_080390.1:23494526-23494540promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23497797-23504823(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGGTAGTAGGTGGC
SmilChr05G003083 Chr05 NC_080391.1:39016762-39016776promoter 内 556-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39020207-39022077(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr07G002483 Chr07 NC_080393.1:23492516-23492530promoter 内 541-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23483584-23489070(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCTC
SmilChr07G002794 Chr07 NC_080393.1:27848034-27848048promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27840381-27844565(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCACTT
SmilChr05G002630 Chr05 NC_080391.1:29660288-29660302promoter 内 507-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29663782-29665604(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATATGGTAGGTGAA