转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 62 / 123 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003226 Chr08 NC_080394.1:33165012-33165026promoter 内 2077-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 33166936-33170971(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATCCGC
SmilChr08G003524 Chr08 NC_080394.1:37855070-37855084promoter 内 1963-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 37844986-37853046(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGGAGCA
SmilChr04G002439 Chr04 NC_080390.1:39081204-39081218promoter 内 1225-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39076091-39078442(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGGGTCGGTGCC
SmilChr05G003461 Chr05 NC_080391.1:46023195-46023209promoter 内 1177-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 46019082-46020385(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGGAGGC
SmilChr03G003474 Chr03 NC_080389.1:53266340-53266354promoter 内 1011-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53269330-53273731(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGATGGCGGTGGT
SmilChr05G002303 Chr05 NC_080391.1:24900933-24900947promoter 内 516-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24895899-24897462(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAATCGC
SmilChr01G002201 Chr01 NC_080387.1:38288296-38288310promoter 内 405-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 38291892-38292689(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTCAAGC
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71646340-71646354promoter 内 184-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 71650157-71655342(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACCCCACC
SmilChr06G000463 Chr06 NC_080392.1:3789757-3789771promoter 内 3964-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3789794-3792165(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCACGTGTCGGTGAG
SmilChr05G001740 Chr05 NC_080391.1:16824158-16824172promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16815950-16824089(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACGTCA
SmilChr01G004624 Chr01 NC_080387.1:64264261-64264275promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 64264351-64266280(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAGAGAG
SmilChr08G000985 Chr08 NC_080394.1:7382845-7382859promoter 内 3760-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7381473-7382618(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGTGGA
SmilChr08G001028 Chr08 NC_080394.1:7813784-7813798promoter 内 3580-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7812416-7813377(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGTGGA
SmilChr03G000029 Chr03 NC_080389.1:374841-374855promoter 内 3567-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 375275-377717(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACGACACG
SmilChr01G005920 Chr01 NC_080387.1:75032378-75032392promoter 内 3527-3541 bp - 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75030558-75031918(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATGATTGTCGGTGAA
SmilChr07G001281 Chr07 NC_080393.1:9851680-9851694promoter 内 3470-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9847514-9851163(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAAACGTCGGTGCC
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5709275-5709289promoter 内 3424-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5706918-5708712(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCTCA
SmilChr06G000506 Chr06 NC_080392.1:4177027-4177041promoter 内 3357-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4177671-4181644(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGAGGAT
SmilChr06G002702 Chr06 NC_080392.1:38983327-38983341promoter 内 3352-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38980794-38982692(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATAATGTCGGTGAT
SmilChr05G003279 Chr05 NC_080391.1:42703946-42703960promoter 内 3302-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42702892-42703261(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGGATGGCGGTGGT
SmilChr07G004163 Chr07 NC_080393.1:53503354-53503368promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53504115-53508674(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACGGTGGT
SmilChr08G004354 Chr08 NC_080394.1:53238352-53238366promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53239139-53245384(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGGTCGGCGGTGGT
SmilChr08G003402 Chr08 NC_080394.1:35877864-35877878promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35878661-35880653(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G003396 Chr07 NC_080393.1:36826237-36826251promoter 内 3171-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36827067-36833949(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACACCAGG
SmilChr02G005503 Chr02 NC_080388.1:75165262-75165276promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75160079-75164330(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGCTTTT
SmilChr07G003629 Chr07 NC_080393.1:42842011-42842025promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42842985-42844942(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAACCCT
SmilChr08G000369 Chr08 NC_080394.1:2539340-2539354promoter 内 3006-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2540335-2542918(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACAAGACA
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:360482-360496promoter 内 2961-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 361522-363400(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATCCGC
SmilChr06G000271 Chr06 NC_080392.1:1829882-1829896promoter 内 2947-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1830936-1842636(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGCAAA
SmilChr01G003581 Chr01 NC_080387.1:54379822-54379836promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54376761-54378672(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGCGATC
SmilChr04G002762 Chr04 NC_080390.1:43370986-43371000promoter 内 2827-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43368473-43369826(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAGGCAG
SmilChr03G001273 Chr03 NC_080389.1:14867620-14867634promoter 内 2716-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 14856149-14866349(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr06G000505 Chr06 NC_080392.1:4177027-4177041promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4173027-4175698(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr07G001282 Chr07 NC_080393.1:9851680-9851694promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9853064-9855183(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACGTTTTC
SmilChr04G000323 Chr04 NC_080390.1:2938186-2938200promoter 内 2608-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2935453-2936807(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCGATTGTCGGTGAT
SmilChr08G004893 Chr08 NC_080394.1:57976125-57976139promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57971976-57974713(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAGAAAC
SmilChr06G000036 Chr06 NC_080392.1:323148-323162promoter 内 2573-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 319027-321734(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAGGGTCGGTGGC
SmilChr06G000037 Chr06 NC_080392.1:323148-323162promoter 内 2443-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 321502-321604(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGAGGGTCGGTGGC
SmilChr06G001241 Chr06 NC_080392.1:12795232-12795246promoter 内 2411-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12796822-12805597(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAACTGTCGGTGTC
SmilChr03G001601 Chr03 NC_080389.1:20333530-20333544promoter 内 2400-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20335131-20336309(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr07G003333 Chr07 NC_080393.1:35672265-35672279promoter 内 2380-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35668856-35670658(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGGTTGC
SmilChr08G001828 Chr08 NC_080394.1:15609214-15609228promoter 内 2357-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15610858-15613232(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr04G002650 Chr04 NC_080390.1:41863355-41863369promoter 内 2355-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41854998-41861723(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATCGA
SmilChr02G004541 Chr02 NC_080388.1:67981440-67981454promoter 内 2248-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67977113-67979701(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACGGTGGT
SmilChr05G002840 Chr05 NC_080391.1:33730591-33730605promoter 内 2165-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33726745-33728769(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr06G003038 Chr06 NC_080392.1:43223248-43223262promoter 内 1949-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43225300-43227427(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTGGCGGCGGTGGT
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28628017-28628031promoter 内 1939-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28621910-28625969(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAATCAT
SmilChr04G003035 Chr04 NC_080390.1:46828724-46828738promoter 内 1831-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46830894-46831911(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCTCCGTCGGTGGT
SmilChr01G004792 Chr01 NC_080387.1:66156225-66156239promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66158465-66160292(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCCTCGTCGGTGGT
SmilChr04G003188 Chr04 NC_080390.1:48580374-48580388promoter 内 1746-1760 bp - 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48577410-48578133(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCTCCGTCGGTGGT