转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 62 / 140 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003899 Chr03 NC_080389.1:58091871-58091885promoter 内 1441-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 58086218-58089325(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGGTG
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10324454-10324468promoter 内 1247-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 10327208-10331622(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTCAGT
SmilChr03G001824 Chr03 NC_080389.1:24981693-24981707promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 24984463-24988402(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGCACCAAATTTTT
SmilChr01G005221 Chr01 NC_080387.1:69765382-69765396promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 69768191-69768685(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCTAACTAATTTGA
SmilChr02G002699 Chr02 NC_080388.1:46772706-46772720promoter 内 1003-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 46775704-46776824(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCAACCTAATTTCA
SmilChr03G003659 Chr03 NC_080389.1:55413799-55413813promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55416844-55418325(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTAAATTAGTTAAGC
SmilChr03G003913 Chr03 NC_080389.1:58219322-58219336promoter 内 620-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 58222703-58223794(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAATTTAGGTGCGA
SmilChr01G005208 Chr01 NC_080387.1:69734853-69734867promoter 内 511-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 69730847-69731377(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAATTAGTTAGAA
SmilChr01G003999 Chr01 NC_080387.1:58399861-58399875promoter 内 487-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 58395409-58396361(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTAAATTAGTTGAGG
SmilChr03G002304 Chr03 NC_080389.1:36269617-36269631promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36273383-36273455(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTGCGG
SmilChr02G002506 Chr02 NC_080388.1:43544042-43544056promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43544059-43544187(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGCAGTAGGTGAAC
SmilChr02G002509 Chr02 NC_080388.1:43564806-43564820promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43564823-43564951(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGCAGTAGGTGAAC
SmilChr03G003831 Chr03 NC_080389.1:57410366-57410380promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 57410418-57417373(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCGACCTAATTTAT
SmilChr01G001890 Chr01 NC_080387.1:34021481-34021495promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34019078-34021430(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTACTTCCT
SmilChr03G000190 Chr03 NC_080389.1:2118080-2118094promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2115677-2118029(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTACTTCCT
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34544711-34544725promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34541585-34544654(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTACACCTAACATCA
SmilChr02G003860 Chr02 NC_080388.1:60436856-60436870promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60433766-60436757(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTAATTTCT
SmilChr03G000295 Chr03 NC_080389.1:3391872-3391886promoter 内 3881-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3388576-3391766(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGAATTAGGTGTAT
SmilChr03G000294 Chr03 NC_080389.1:3382952-3382966promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3379657-3382845(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGAATTAGGTGTAT
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72267298-72267312promoter 内 3876-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72259312-72267187(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCACCTACGTTCG
SmilChr02G000759 Chr02 NC_080388.1:12387152-12387166promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12387290-12390391(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCGACCTAATTTAC
SmilChr03G003090 Chr03 NC_080389.1:47925743-47925757promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47923075-47925530(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAATTAGGTAACG
SmilChr01G003133 Chr01 NC_080387.1:50146303-50146317promoter 内 3722-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50146582-50147477(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTAAAATCT
SmilChr02G003746 Chr02 NC_080388.1:59119479-59119493promoter 内 3627-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59117599-59119119(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTTAACTAATTTAA
SmilChr03G000463 Chr03 NC_080389.1:4957628-4957642promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4952720-4957221(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTAATTAGGTTGAC
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76052699-76052713promoter 内 3382-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGTTGTTAGGTGGCT
SmilChr02G004528 Chr02 NC_080388.1:67868482-67868496promoter 内 3367-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 67869116-67873893(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTTAACTAATTTAA
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5208512-5208526promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5209248-5209817(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGTTGACC
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17653327-17653341promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAACTTAGGTGGGA
SmilChr02G000994 Chr02 NC_080388.1:17457742-17457756promoter 内 3138-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17458605-17462223(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATCACCTAATTAAT
SmilChr02G000890 Chr02 NC_080388.1:15335606-15335620promoter 内 2960-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15331595-15334579(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCTAACTAATTTTA
SmilChr01G002851 Chr01 NC_080387.1:47087429-47087443promoter 内 2841-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47088589-47089658(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCCACCTAATGTTT
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76052699-76052713promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGTTGTTAGGTGGCT
SmilChr01G004165 Chr01 NC_080387.1:60157871-60157885promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60151027-60156557(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACTAAAG
SmilChr02G004949 Chr02 NC_080388.1:71438553-71438567promoter 内 2609-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71429678-71437175(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACTACCTAATTTTA
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