转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 65 / 143 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001047 Chr07 NC_080393.1:7647215-7647226promoter 内 551-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7650665-7652889(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGAGCTGTCGG
SmilChr06G001137 Chr06 NC_080392.1:11393224-11393235promoter 内 528-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11396697-11397322(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr06G001504 Chr06 NC_080392.1:16076389-16076400promoter 内 524-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16079866-16082243(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr07G002911 Chr07 NC_080393.1:29507678-29507689promoter 内 509-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29511170-29519133(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr01G004124 Chr01 NC_080387.1:59741043-59741054promoter 内 451-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59735616-59737504(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCCAACTGTCAA
SmilChr03G002595 Chr03 NC_080389.1:41245548-41245559promoter 内 421-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41249128-41252082(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr05G003504 Chr05 NC_080391.1:46773743-46773754promoter 内 415-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 46777329-46779116(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr03G000367 Chr03 NC_080389.1:4099163-4099174promoter 内 388-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4102776-4104254(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATTACAGCTGAA
SmilChr02G000373 Chr02 NC_080388.1:4720414-4720425promoter 内 356-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4724059-4727197(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATTACAGCTGAA
SmilChr04G001685 Chr04 NC_080390.1:27885374-27885385promoter 内 349-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27874855-27881733(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr06G002670 Chr06 NC_080392.1:38617145-38617156promoter 内 327-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38609805-38613482(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATTACAGCTGAA
SmilChr04G001675 Chr04 NC_080390.1:27766137-27766148promoter 内 326-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27769812-27776766(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr01G005524 Chr01 NC_080387.1:72128798-72128809promoter 内 291-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72122213-72125099(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTTAGCTGTCAC
SmilChr05G003833 Chr05 NC_080391.1:51752897-51752908promoter 内 271-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51756627-51759971(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTGACAGCTCAA
SmilChr07G002747 Chr07 NC_080393.1:26997376-26997387promoter 内 268-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26991908-26993654(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTAAA
SmilChr02G000606 Chr02 NC_080388.1:8816613-8816624promoter 内 257-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8820357-8821866(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGACAGCTATG
SmilChr02G001860 Chr02 NC_080388.1:33830518-33830529promoter 内 210-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33825683-33826738(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTAGA
SmilChr01G005554 Chr01 NC_080387.1:72377427-72377438promoter 内 190-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72370681-72373627(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTTAGCTGTCAC
SmilChr03G001010 Chr03 NC_080389.1:11597555-11597566promoter 内 167-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11601389-11604315(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTACAGCTGGG
SmilChr07G000081 Chr07 NC_080393.1:404624-404635promoter 内 139-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 394187-400773(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr01G004592 Chr01 NC_080387.1:63917554-63917565promoter 内 120-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63921435-63922453(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTCGG
SmilChr02G000620 Chr02 NC_080388.1:9141126-9141137promoter 内 109-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9145018-9145100(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTAAT
SmilChr06G000054 Chr06 NC_080392.1:432905-432916promoter 内 93-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 436813-439893(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTAAA
SmilChr05G002199 Chr05 NC_080391.1:23444911-23444922promoter 内 54-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 23448858-23454364(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACTACAGCTGGG
SmilChr05G003139 Chr05 NC_080391.1:40008957-40008968promoter 内 1767-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 6 40004677-40006734(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGAGCTGTCTC
SmilChr05G003140 Chr05 NC_080391.1:40009264-40009275promoter 内 1492-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 6 40011773-40022714(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGACAGCTCGG
SmilChr03G003444 Chr03 NC_080389.1:52810744-52810755promoter 内 1938-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 52812807-52814357(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr03G003446 Chr03 NC_080389.1:52818866-52818877promoter 内 1938-1949 bp + 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 52820929-52822479(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr03G002914 Chr03 NC_080389.1:45902664-45902675promoter 内 1594-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 45898867-45900268(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr03G002915 Chr03 NC_080389.1:45902664-45902675promoter 内 1360-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 45905305-45905967(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGAGCTGTCGC
SmilChr04G003486 Chr04 NC_080390.1:51307614-51307625promoter 内 929-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 51310686-51313740(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTGGAGG
SmilChr01G001443 Chr01 NC_080387.1:28137774-28137785promoter 内 693-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 28133035-28134477(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr04G001494 Chr04 NC_080390.1:24498414-24498425promoter 内 429-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 24501986-24503327(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr06G002642 Chr06 NC_080392.1:38184493-38184504promoter 内 118-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 38172129-38180621(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGTAGA
SmilChr07G004229 Chr07 NC_080393.1:54572668-54572679promoter 内 1051-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 54568140-54569729(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTACAGCTGTT
SmilChr02G000802 Chr02 NC_080388.1:13392340-13392351promoter 内 1007-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 13395334-13396059(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTCTG
SmilChr04G002410 Chr04 NC_080390.1:38690698-38690709promoter 内 657-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 38685772-38687365(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCAA
SmilChr04G002399 Chr04 NC_080390.1:38535762-38535773promoter 内 358-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 38539405-38544239(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TAGACAGCTCTA
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40283198-40283209promoter 内 3558-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 40281402-40282766(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGAGCTGTCCC
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SmilChr01G003324 Chr01 NC_080387.1:51931111-51931122promoter 内 1904-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 51933208-51936060(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TAGACAGCTCTA
SmilChr04G002470 Chr04 NC_080390.1:39517808-39517819promoter 内 1648-1659 bp - 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39508606-39515466(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTGTC
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SmilChr02G001035 Chr02 NC_080388.1:18398011-18398022promoter 内 1415-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 18393809-18395436(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCGACAGCTCTG
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57520873-57520884promoter 内 1344-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 57523530-57524994(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGACAGCTCGA
SmilChr05G004381 Chr05 NC_080391.1:57307133-57307144promoter 内 1327-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 57309807-57311013(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTGTC
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65183826-65183837promoter 内 822-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 65174032-65180658(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCTACAGCTGTT