转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 65 / 152 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002984 Chr04 NC_080390.1:46262565-46262583promoter 内 3845-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46256742-46262427(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G002985 Chr04 NC_080390.1:46262565-46262583promoter 内 3831-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46262735-46265981(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr05G000057 Chr05 NC_080391.1:269353-269371promoter 内 3824-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 269530-273117(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAAAGTGGTTGGTCGAC
SmilChr03G003204 Chr03 NC_080389.1:49584738-49584756promoter 内 3809-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49583985-49584564(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGGTTGTGGTTGAAAGGG
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5050394-5050412promoter 内 3707-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5046979-5050118(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGAGGTGGTGGGGTTGG
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12149969-12149987promoter 内 3670-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGGTAGTGGTTGTAGTGG
SmilChr05G001664 Chr05 NC_080391.1:15752652-15752670promoter 内 3635-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15753018-15759070(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G001400 Chr03 NC_080389.1:16606316-16606334promoter 内 3620-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16606697-16609108(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCCTGCAACCACCACGAT
SmilChr03G000671 Chr03 NC_080389.1:7519447-7519465promoter 内 3603-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7517664-7519067(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G000173 Chr03 NC_080389.1:1899547-1899565promoter 内 3592-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1899956-1900505(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTGAGTGGTTGGAGGCT
SmilChr02G001251 Chr02 NC_080388.1:22991881-22991899promoter 内 3551-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 22989090-22991449(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr02G004001 Chr02 NC_080388.1:62347374-62347392promoter 内 3545-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62347830-62348439(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCTCCAACCATCTCCAA
SmilChr01G003351 Chr01 NC_080387.1:52265133-52265151promoter 内 3543-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52261010-52264693(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGAAAGTAGTTGGAATAC
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:735507-735525promoter 内 3514-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 734422-735038(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCTTCCAACTAACTCAAC
SmilChr04G001433 Chr04 NC_080390.1:23368971-23368989promoter 内 3504-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23369468-23374294(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36222978-36222996promoter 内 3431-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36216486-36222426(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGTTAGTTGGAAGAA
SmilChr03G000375 Chr03 NC_080389.1:4189989-4190007promoter 内 3427-3445 bp - 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4186723-4189433(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCTTCCAACTAACTCAAC
SmilChr05G001669 Chr05 NC_080391.1:15842230-15842248promoter 内 3421-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15840798-15841668(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr05G000857 Chr05 NC_080391.1:6775052-6775070promoter 内 3383-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6771295-6774452(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr02G002202 Chr02 NC_080388.1:39235121-39235139promoter 内 3345-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39235777-39236404(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGTGTGGTTGGGATTG
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19352540-19352558promoter 内 3317-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19349623-19351874(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTTGGTTGGTTGGGGGGT
SmilChr01G004882 Chr01 NC_080387.1:66896441-66896459promoter 内 3247-3265 bp + 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66895028-66895705(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G002606 Chr03 NC_080389.1:41447430-41447448promoter 内 3224-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41444460-41446671(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGATCCAACCAACTCCAT
SmilChr04G003436 Chr04 NC_080390.1:50911687-50911705promoter 内 3168-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50912520-50916019(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTTCCAACCAATTCGTC
SmilChr03G004255 Chr03 NC_080389.1:61037061-61037079promoter 内 3136-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61037926-61042098(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G002347 Chr04 NC_080390.1:37860932-37860950promoter 内 3099-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37861834-37865129(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGGTGTGGTTGGGATCG
SmilChr02G004015 Chr02 NC_080388.1:62449826-62449844promoter 内 3083-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62450744-62453944(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr01G001664 Chr01 NC_080387.1:30721501-30721519promoter 内 3027-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30719296-30720545(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTTGGTTGGTTGGGGGGT
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71482244-71482262promoter 内 3002-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 71483243-71487460(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGTGGTGGTTGAACAAC
SmilChr01G003366 Chr01 NC_080387.1:52404157-52404175promoter 内 2933-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52401490-52403107(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTGCACAACCACCTCAAG
SmilChr03G000427 Chr03 NC_080389.1:4651520-4651538promoter 内 2905-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4652616-4653626(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTCCAACCACTCAAGG
SmilChr03G001110 Chr03 NC_080389.1:12793822-12793840promoter 内 2899-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12794924-12795595(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G001453 Chr04 NC_080390.1:23916813-23916831promoter 内 2826-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23917988-23918094(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAATCGGTGGTTGATAAGG
SmilChr04G001325 Chr04 NC_080390.1:21336359-21336377promoter 内 2805-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21337555-21343464(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr05G002694 Chr05 NC_080391.1:30680450-30680468promoter 内 2796-2814 bp - 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30681655-30683720(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr02G000380 Chr02 NC_080388.1:4773471-4773489promoter 内 2787-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4770260-4772275(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAATCCAACCACCAAAAC
SmilChr03G000482 Chr03 NC_080389.1:5132464-5132482promoter 内 2759-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5127291-5131240(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCTCAACCACCAAATT
SmilChr02G004464 Chr02 NC_080388.1:67057216-67057234promoter 内 2742-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67058475-67063551(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGCACAACCACCGCCAC
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SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4036732-4036750promoter 内 2501-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4038232-4039837(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTCGTTGGTTGGGGAGA
SmilChr01G003290 Chr01 NC_080387.1:51602120-51602138promoter 内 2446-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 51603675-51604186(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
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