转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 65 / 146 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54613804-54613817promoter 内 1598-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54610428-54611414(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGATAGTCAACTCT
SmilChr01G005762 Chr01 NC_080387.1:73727479-73727492promoter 内 1583-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73722201-73725074(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGGAAGTCAAAGGC
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68558906-68558919promoter 内 1509-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68550983-68556427(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGTTGACTTAAT
SmilChr03G002505 Chr03 NC_080389.1:39905194-39905207promoter 内 1454-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39900186-39902660(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACATTGACTTTTG
SmilChr01G005969 Chr01 NC_080387.1:75378285-75378298promoter 内 1315-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75380971-75383380(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACTTTGACTTATT
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56797666-56797679promoter 内 1278-1291 bp - 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56800389-56800970(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAACAGTCAACGAG
SmilChr03G003862 Chr03 NC_080389.1:57706346-57706359promoter 内 1259-1272 bp - 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57699908-57703617(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACGTTGACATTTC
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64014291-64014304promoter 内 1205-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTG
SmilChr03G001112 Chr03 NC_080389.1:12827090-12827103promoter 内 1191-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12819542-12824293(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAAAGC
SmilChr03G002965 Chr03 NC_080389.1:46395422-46395435promoter 内 1188-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46398235-46400041(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGTTGACTTATG
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26816255-26816268promoter 内 927-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26811190-26813194(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTTGCC
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13875252-13875265promoter 内 863-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGAGTTGACTTCAA
SmilChr04G002753 Chr04 NC_080390.1:43242546-43242559promoter 内 849-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43228900-43239407(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAAGTCAAAGTT
SmilChr01G002709 Chr01 NC_080387.1:45353190-45353203promoter 内 838-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45349054-45350040(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAGTTGACTTGGA
SmilChr03G003266 Chr03 NC_080389.1:50588773-50588786promoter 内 834-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50591940-50592010(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACGTTGACCATTA
SmilChr02G000996 Chr02 NC_080388.1:17498247-17498260promoter 内 723-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17491781-17494982(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACTTTGACTTTCC
SmilChr04G000099 Chr04 NC_080390.1:897014-897027promoter 内 701-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 900314-904543(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGTTTGACTTTTG
SmilChr03G000512 Chr03 NC_080389.1:5508487-5508500promoter 内 690-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5511798-5516423(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATGTTGACTTTCC
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32821369-32821382promoter 内 523-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32824847-32825280(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAGTTGACTTATG
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30845742-30845755promoter 内 436-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30849307-30850327(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCAAGTCAACCAA
SmilChr02G001642 Chr02 NC_080388.1:30498237-30498250promoter 内 383-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30501855-30503404(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGTTTGACTTTTC
SmilChr03G004201 Chr03 NC_080389.1:60632456-60632469promoter 内 336-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60636121-60638293(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGAGTTGACTTCAA
SmilChr03G004553 Chr03 NC_080389.1:63485386-63485399promoter 内 291-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63489096-63492937(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAATTT
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48174646-48174659promoter 内 282-295 bp + 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTG
SmilChr03G004550 Chr03 NC_080389.1:63485386-63485399promoter 内 238-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63476045-63481636(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTG
SmilChr03G001097 Chr03 NC_080389.1:12646763-12646776promoter 内 159-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12650605-12651730(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATATAGTCAACCTC
SmilChr01G001675 Chr01 NC_080387.1:30898960-30898973promoter 内 122-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30902839-30904718(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACCTATT
SmilChr01G002378 Chr01 NC_080387.1:40987490-40987503promoter 内 56-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40982041-40983558(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCAAGTCAACTGT
SmilChr04G000281 Chr04 NC_080390.1:2582367-2582380promoter 内 25-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2586343-2586736(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTTGGG
SmilChr03G000089 Chr03 NC_080389.1:1012457-1012470promoter 内 2677-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 1013781-1017093(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAGTTGACTTAAT
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22726953-22726966promoter 内 2289-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 22717250-22725254(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAACAAA
SmilChr04G000227 Chr04 NC_080390.1:2029833-2029846promoter 内 1405-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 2025420-2027250(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTAGGC
SmilChr03G003442 Chr03 NC_080389.1:52799486-52799499promoter 内 717-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 52802770-52803940(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCAAGTCAACTCG
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64873534-64873547promoter 内 3898-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64873637-64876958(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTTAT
SmilChr03G004155 Chr03 NC_080389.1:60337008-60337021promoter 内 3840-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60337169-60341245(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAAAGTA
SmilChr03G000221 Chr03 NC_080389.1:2587914-2587927promoter 内 3831-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2585687-2587757(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAGTTGACTTCTC
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