转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 65 / 131 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000797 Chr03 NC_080389.1:9125655-9125664promoter 内 420-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 9121977-9122083(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr03G000799 Chr03 NC_080389.1:9147129-9147138promoter 内 420-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 9143451-9143557(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr02G001257 Chr02 NC_080388.1:23080906-23080915promoter 内 396-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 23074913-23077310(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr01G005250 Chr01 NC_080387.1:70022726-70022735promoter 内 267-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70026460-70028817(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr01G002223 Chr01 NC_080387.1:38659247-38659256promoter 内 228-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 38663020-38663538(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74051121-74051130promoter 内 196-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 74044426-74047325(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr01G000582 Chr01 NC_080387.1:12590711-12590720promoter 内 3837-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 12588195-12590556(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G000828 Chr02 NC_080388.1:14040546-14040555promoter 内 3783-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14040764-14042516(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr01G000764 Chr01 NC_080387.1:16766528-16766537promoter 内 3716-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 16766813-16767244(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20209519-20209528promoter 内 3593-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20209927-20213471(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr01G002222 Chr01 NC_080387.1:38659247-38659256promoter 内 3544-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38659704-38661064(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr03G000906 Chr03 NC_080389.1:10373210-10373219promoter 内 3510-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10373701-10375206(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr02G003958 Chr02 NC_080388.1:61749486-61749495promoter 内 3448-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61746960-61748942(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G000829 Chr02 NC_080388.1:14046930-14046939promoter 内 3396-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14045221-14046334(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G002928 Chr02 NC_080388.1:49677431-49677440promoter 内 3395-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49676011-49676834(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr01G004006 Chr01 NC_080387.1:58443284-58443293promoter 内 3368-3377 bp + 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58443917-58449671(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G004125 Chr02 NC_080388.1:63515743-63515752promoter 内 3362-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63509295-63515113(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G004679 Chr02 NC_080388.1:69133847-69133856promoter 内 3280-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 69130958-69133135(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr01G002558 Chr01 NC_080387.1:43714295-43714304promoter 内 3271-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43703415-43713574(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G005317 Chr02 NC_080388.1:74051121-74051130promoter 内 3261-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74047416-74050390(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr02G005175 Chr02 NC_080388.1:73049115-73049124promoter 内 3249-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73049867-73053673(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr02G003225 Chr02 NC_080388.1:53504784-53504793promoter 内 3150-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53502682-53503942(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G004875 Chr02 NC_080388.1:70833458-70833467promoter 内 3091-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70834368-70838535(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71482318-71482327promoter 内 3076-3085 bp - 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71483243-71487460(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TGGTGTCGGC
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21444714-21444723promoter 内 3038-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G002527 Chr02 NC_080388.1:43974623-43974632promoter 内 3006-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43975618-43981979(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr01G000313 Chr01 NC_080387.1:6049675-6049684promoter 内 2882-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6045768-6048565(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr02G003692 Chr02 NC_080388.1:58335968-58335977promoter 内 2823-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58332437-58334799(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48506164-48506173promoter 内 2816-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr01G000189 Chr01 NC_080387.1:3237871-3237880promoter 内 2805-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3239067-3240349(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr03G000449 Chr03 NC_080389.1:4804407-4804416promoter 内 2649-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4805759-4809772(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr02G004556 Chr02 NC_080388.1:68102594-68102603promoter 内 2296-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68098347-68100898(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr01G005959 Chr01 NC_080387.1:75303896-75303905promoter 内 2254-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75305643-75308359(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
SmilChr01G003671 Chr01 NC_080387.1:55157142-55157151promoter 内 2228-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55153174-55155378(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATT
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48965462-48965471promoter 内 2164-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48957194-48963634(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACACCA
SmilChr01G006165 Chr01 NC_080387.1:77074748-77074757promoter 内 2121-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 77071735-77072877(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGT
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