转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 65 / 121 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002228 Chr02 NC_080388.1:39631592-39631606promoter 内 3398-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39625323-39631003(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAGCTTT
SmilChr04G002808 Chr04 NC_080390.1:44009058-44009072promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44009669-44011722(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGTAGATCTGAA
SmilChr02G000270 Chr02 NC_080388.1:3485877-3485891promoter 内 3356-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3486522-3489421(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTATATTT
SmilChr02G002438 Chr02 NC_080388.1:42583423-42583437promoter 内 3170-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42584254-42587485(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTTAT
SmilChr01G001658 Chr01 NC_080387.1:30647474-30647488promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30648328-30650655(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAGCGC
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44437606-44437620promoter 内 3119-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44438488-44441195(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAATTG
SmilChr05G001763 Chr05 NC_080391.1:17345866-17345880promoter 内 3109-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17346758-17348956(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTACTAGATCTGCT
SmilChr01G003111 Chr01 NC_080387.1:49919509-49919523promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49920471-49922006(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATATAT
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41674218-41674232promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41675214-41679124(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGGAT
SmilChr02G004586 Chr02 NC_080388.1:68353261-68353275promoter 内 2922-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68346493-68352196(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATCCTAGATCTGGC
SmilChr01G003349 Chr01 NC_080387.1:52243031-52243045promoter 内 2915-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52241483-52241959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTTAT
SmilChr03G000153 Chr03 NC_080389.1:1653009-1653023promoter 内 2915-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1654095-1654571(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTTAT
SmilChr03G004566 Chr03 NC_080389.1:63587305-63587319promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63584986-63586194(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGAGATCTAGTTTT
SmilChr03G000177 Chr03 NC_080389.1:1913986-1914000promoter 内 2847-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1915140-1916637(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAGCTAGATCTGCC
SmilChr01G005046 Chr01 NC_080387.1:68396610-68396624promoter 内 2818-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68397793-68401166(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATAGAGATCTGAT
SmilChr04G001367 Chr04 NC_080390.1:22193390-22193404promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22194628-22206378(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGACAGATCTGAT
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44397678-44397692promoter 内 2689-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44398990-44400916(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAACCAC
SmilChr01G004828 Chr01 NC_080387.1:66434791-66434805promoter 内 2674-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 66432362-66433478(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGTGCG
SmilChr02G004226 Chr02 NC_080388.1:64476991-64477005promoter 内 2627-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64478365-64486743(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGCG
SmilChr01G004830 Chr01 NC_080387.1:66434791-66434805promoter 内 2587-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 66436205-66438902(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCACTAGATCTGCA
SmilChr03G000916 Chr03 NC_080389.1:10477108-10477122promoter 内 2542-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10478567-10482359(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGGGAT
SmilChr03G002685 Chr03 NC_080389.1:42724048-42724062promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42725564-42725637(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCTTAGATCTGTG
SmilChr03G002673 Chr03 NC_080389.1:42446211-42446225promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42447729-42447802(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCTTAGATCTGTG
SmilChr01G002224 Chr01 NC_080387.1:38718993-38719007promoter 内 2461-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38720533-38723005(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTACTTCC
SmilChr04G001881 Chr04 NC_080390.1:30715265-30715279promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30716834-30716940(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCCATCT
SmilChr04G001889 Chr04 NC_080390.1:30841152-30841166promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30842721-30842827(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCCATCT
SmilChr04G001890 Chr04 NC_080390.1:30852200-30852214promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30853769-30853875(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTCCATCT
SmilChr04G003249 Chr04 NC_080390.1:49239429-49239443promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49241009-49241649(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTCTAGATCCGAC
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7965200-7965214promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7959403-7963578(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAAAGG
SmilChr04G003247 Chr04 NC_080390.1:49239429-49239443promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49237493-49237566(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCGGATCTAGAGTT
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14603052-14603066promoter 内 2042-2056 bp + 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTCCATCC
SmilChr04G001226 Chr04 NC_080390.1:19188711-19188725promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19190785-19196173(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGTTCC
SmilChr03G000900 Chr03 NC_080389.1:10293578-10293592promoter 内 1914-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10290789-10291505(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTTAT
SmilChr01G001784 Chr01 NC_080387.1:32726535-32726549promoter 内 1737-1751 bp + 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32728799-32731830(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTTAA
SmilChr03G004188 Chr03 NC_080389.1:60563236-60563250promoter 内 1689-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60565548-60569059(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAGGAGATCTGAT
SmilChr02G001556 Chr02 NC_080388.1:28860636-28860650promoter 内 1667-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28862970-28863392(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTGAGATCTGAT
SmilChr03G002465 Chr03 NC_080389.1:39106129-39106143promoter 内 1613-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39103129-39103755(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGAAACCC
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SmilChr01G002207 Chr01 NC_080387.1:38408362-38408376promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38410998-38414939(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTACTTCC
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66302652-66302666promoter 内 1359-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 66295259-66300024(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCTAGATCTTGG
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SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43790717-43790731promoter 内 1225-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 43783503-43787955(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGGCTAGATCTGAT
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SmilChr03G003829 Chr03 NC_080389.1:57398908-57398922promoter 内 1106-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57391373-57396027(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAAATTC
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SmilChr02G000187 Chr02 NC_080388.1:2344846-2344860promoter 内 1085-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2347762-2349042(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATGGGATCTGAT
SmilChr02G004916 Chr02 NC_080388.1:71179230-71179244promoter 内 977-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71182254-71185423(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGCG