靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008328-RA_Salv |
SmilChr07G002075 |
C2H2 | XP_057773918.1 |
MP00485 |
TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG |
8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 66 / 143 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G005530 |
Chr02 | NC_080388.1:75365919-75365938promoter 内 1276-1295 bp |
+ | 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 75359946-75363213(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CTAAAAACGACAAACAATTT |
SmilChr08G003268 |
Chr08 | NC_080394.1:33696344-33696363promoter 内 1175-1194 bp |
- | 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 33690699-33693537(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ATCATATTTGTCGTTTATCA |
SmilChr08G002914 |
Chr08 | NC_080394.1:29113611-29113630promoter 内 1173-1192 bp |
- | 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 29116439-29121444(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AAGGACACGACAAAATCCTA |
SmilChr01G000122 |
Chr01 | NC_080387.1:2048274-2048293promoter 内 1161-1180 bp |
- | 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 2051114-2052985(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CAAAAGGAGACAAAAAGAAA |
SmilChr04G002785 |
Chr04 | NC_080390.1:43651930-43651949promoter 内 1156-1175 bp |
- | 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 43654775-43655403(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TGATAAACGACAAATATGAT |
SmilChr06G000405 |
Chr06 | NC_080392.1:3288032-3288051promoter 内 1138-1157 bp |
- | 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 3290895-3308856(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AGCAAGACAACAAAAATCAA |
SmilChr08G002918 |
Chr08 | NC_080394.1:29202812-29202831promoter 内 1136-1155 bp |
- | 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 29205677-29210996(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AAGGACACGACAAAATCCTA |
SmilChr04G004093 |
Chr04 | NC_080390.1:55918209-55918228promoter 内 1095-1114 bp |
- | 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 55921115-55930003(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGATAACAACAAAAAAGTG |
SmilChr04G003478 |
Chr04 | NC_080390.1:51243508-51243527promoter 内 1093-1112 bp |
- | 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 51246416-51246990(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TGATAAACGACAAATATGAT |
SmilChr07G004049 |
Chr07 | NC_080393.1:51793602-51793621promoter 内 1090-1109 bp |
- | 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 51796513-51798344(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGAAGACGACAACTAACGT |
SmilChr04G003042 |
Chr04 | NC_080390.1:46922950-46922969promoter 内 1089-1108 bp |
- | 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 46925862-46927268(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGTTAACGACAAAGACACT |
SmilChr07G001211 |
Chr07 | NC_080393.1:9252077-9252096promoter 内 1068-1087 bp |
+ | 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 9255010-9256751(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ATCATATTTGTCGTTTATCA |
SmilChr04G000925 |
Chr04 | NC_080390.1:12070574-12070593promoter 内 1009-1028 bp |
- | 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 12073566-12076750(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ACGGAGACGACAAAAATGTC |
SmilChr04G002926 |
Chr04 | NC_080390.1:45543735-45543754promoter 内 908-927 bp |
+ | 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 45536303-45540661(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AATAACAAGACAAAAGAGAG |
SmilChr06G002296 |
Chr06 | NC_080392.1:33140263-33140282promoter 内 899-918 bp |
+ | 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 33143365-33147033(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TTTTGTTTTGTCTGTTTACT |
SmilChr02G000258 |
Chr02 | NC_080388.1:3299996-3300015promoter 内 898-917 bp |
+ | 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 3303099-3307437(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
GGATTTTTTGTCATCTTTTG |
SmilChr06G001411 |
Chr06 | NC_080392.1:14813431-14813450promoter 内 894-913 bp |
- | 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 14808143-14810343(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ATCATATTTGTCGTTTATCA |
SmilChr03G004286 |
Chr03 | NC_080389.1:61270795-61270814promoter 内 786-805 bp |
- | 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 61274010-61275939(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGAAGACGACAACTAACGT |
SmilChr05G003737 |
Chr05 | NC_080391.1:50453878-50453897promoter 内 770-789 bp |
- | 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 50445181-50450666(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ATCATATTTGTCGTTTATCA |
SmilChr03G002989 |
Chr03 | NC_080389.1:46714894-46714913promoter 内 718-737 bp |
+ | 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 46707875-46711630(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TGAAACACGACAAAAGCTAT |
SmilChr03G002422 |
Chr03 | NC_080389.1:38472430-38472449promoter 内 710-729 bp |
+ | 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 38475721-38477405(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AACTCCTTTGTCGTTTATCG |
SmilChr03G003704 |
Chr03 | NC_080389.1:55990875-55990894promoter 内 706-725 bp |
+ | 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 55984765-55987599(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGAAGACGACAACTAACGT |
SmilChr02G004360 |
Chr02 | NC_080388.1:65884762-65884781promoter 内 661-680 bp |
+ | 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 65880094-65881441(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CGGAAGACGACAACTAACGT |
SmilChr04G003837 |
Chr04 | NC_080390.1:54409112-54409131promoter 内 659-678 bp |
- | 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 54404811-54405789(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AATATTTTTGTTGTTTTTTG |
SmilChr02G003005 |
Chr02 | NC_080388.1:50696865-50696884promoter 内 657-676 bp |
- | 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 50690724-50693540(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TGTCTTTTTGTCGTTTGTTT |
SmilChr07G001592 |
Chr07 | NC_080393.1:13204091-13204110promoter 内 655-674 bp |
- | 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 13207437-13210164(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AAGGAGAAGACAAAATGAAT |
SmilChr05G001468 |
Chr05 | NC_080391.1:13463771-13463790promoter 内 634-653 bp |
- | 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 13457852-13460423(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
CTAGATTTTGTCCTGTTTTG |
SmilChr07G002082 |
Chr07 | NC_080393.1:18922191-18922210promoter 内 632-651 bp |
- | 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 18925560-18928273(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AAGAAAAAAACAAAAAGAAA |
SmilChr02G002171 |
Chr02 | NC_080388.1:38916781-38916800promoter 内 609-628 bp |
+ | 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 38920173-38920694(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TCTTTTTTTGTTGTTTTATT |
SmilChr08G001876 |
Chr08 | NC_080394.1:16229371-16229390promoter 内 575-594 bp |
- | 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 16232797-16235573(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
AAAAAAGAGACAAAAATGAA |
SmilChr08G004965 |
Chr08 | NC_080394.1:58446627-58446646promoter 内 567-586 bp |
- | 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 58450061-58458190(+) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
TGAATAAAGACAAAAATCAA |
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- | 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 6055501-6059166(+) |
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- | 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 5422072-5426986(-) |
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MP00485 |
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MP00485 |
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+ | 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 50579835-50581289(-) |
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MP00485 |
CCTAGTTTTGTCTTATACTT |
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+ | 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 6527828-6532813(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ATCATAACGACAAAAACTCT |
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- | 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 39217716-39225183(-) |
SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
ACGTTAGTTGTCGTCTTCCG |
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AATTTTTTTGTCCTCTTTAG |
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MP00485 |
ATTTTATTTGTCGTCATTTT |
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SMil_00008328-RA_Salv |
MP00485 |
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+ | 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 7003118-7007212(+) |
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MP00485 |
TCACTTCTTGTCGTTTATCG |
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SMil_00008328-RA_Salv |
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SmilChr01G001584 |
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+ | 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 37867241-37868083(-) |
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SmilChr06G003270 |
Chr06 | NC_080392.1:45315090-45315109promoter 内 125-144 bp |
+ | 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.6/ 100 | 1 | 45310171-45311233(-) |
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