转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 66 / 143 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005530 Chr02 NC_080388.1:75365919-75365938promoter 内 1276-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 75359946-75363213(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAAACGACAAACAATTT
SmilChr08G003268 Chr08 NC_080394.1:33696344-33696363promoter 内 1175-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33690699-33693537(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATATTTGTCGTTTATCA
SmilChr08G002914 Chr08 NC_080394.1:29113611-29113630promoter 内 1173-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29116439-29121444(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGGACACGACAAAATCCTA
SmilChr01G000122 Chr01 NC_080387.1:2048274-2048293promoter 内 1161-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2051114-2052985(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAGGAGACAAAAAGAAA
SmilChr04G002785 Chr04 NC_080390.1:43651930-43651949promoter 内 1156-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43654775-43655403(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGATAAACGACAAATATGAT
SmilChr06G000405 Chr06 NC_080392.1:3288032-3288051promoter 内 1138-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3290895-3308856(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCAAGACAACAAAAATCAA
SmilChr08G002918 Chr08 NC_080394.1:29202812-29202831promoter 内 1136-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29205677-29210996(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGGACACGACAAAATCCTA
SmilChr04G004093 Chr04 NC_080390.1:55918209-55918228promoter 内 1095-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55921115-55930003(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGATAACAACAAAAAAGTG
SmilChr04G003478 Chr04 NC_080390.1:51243508-51243527promoter 内 1093-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51246416-51246990(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGATAAACGACAAATATGAT
SmilChr07G004049 Chr07 NC_080393.1:51793602-51793621promoter 内 1090-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51796513-51798344(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGACGACAACTAACGT
SmilChr04G003042 Chr04 NC_080390.1:46922950-46922969promoter 内 1089-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46925862-46927268(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGTTAACGACAAAGACACT
SmilChr07G001211 Chr07 NC_080393.1:9252077-9252096promoter 内 1068-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9255010-9256751(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATATTTGTCGTTTATCA
SmilChr04G000925 Chr04 NC_080390.1:12070574-12070593promoter 内 1009-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12073566-12076750(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGGAGACGACAAAAATGTC
SmilChr04G002926 Chr04 NC_080390.1:45543735-45543754promoter 内 908-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45536303-45540661(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAACAAGACAAAAGAGAG
SmilChr06G002296 Chr06 NC_080392.1:33140263-33140282promoter 内 899-918 bp + 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33143365-33147033(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTGTTTTGTCTGTTTACT
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3299996-3300015promoter 内 898-917 bp + 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3303099-3307437(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGATTTTTTGTCATCTTTTG
SmilChr06G001411 Chr06 NC_080392.1:14813431-14813450promoter 内 894-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14808143-14810343(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATATTTGTCGTTTATCA
SmilChr03G004286 Chr03 NC_080389.1:61270795-61270814promoter 内 786-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61274010-61275939(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGACGACAACTAACGT
SmilChr05G003737 Chr05 NC_080391.1:50453878-50453897promoter 内 770-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50445181-50450666(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATATTTGTCGTTTATCA
SmilChr03G002989 Chr03 NC_080389.1:46714894-46714913promoter 内 718-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46707875-46711630(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGAAACACGACAAAAGCTAT
SmilChr03G002422 Chr03 NC_080389.1:38472430-38472449promoter 内 710-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38475721-38477405(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACTCCTTTGTCGTTTATCG
SmilChr03G003704 Chr03 NC_080389.1:55990875-55990894promoter 内 706-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55984765-55987599(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGACGACAACTAACGT
SmilChr02G004360 Chr02 NC_080388.1:65884762-65884781promoter 内 661-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65880094-65881441(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGACGACAACTAACGT
SmilChr04G003837 Chr04 NC_080390.1:54409112-54409131promoter 内 659-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54404811-54405789(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATATTTTTGTTGTTTTTTG
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50696865-50696884promoter 内 657-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50690724-50693540(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTCTTTTTGTCGTTTGTTT
SmilChr07G001592 Chr07 NC_080393.1:13204091-13204110promoter 内 655-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13207437-13210164(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGGAGAAGACAAAATGAAT
SmilChr05G001468 Chr05 NC_080391.1:13463771-13463790promoter 内 634-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 13457852-13460423(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAGATTTTGTCCTGTTTTG
SmilChr07G002082 Chr07 NC_080393.1:18922191-18922210promoter 内 632-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18925560-18928273(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAAAACAAAAAGAAA
SmilChr02G002171 Chr02 NC_080388.1:38916781-38916800promoter 内 609-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38920173-38920694(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTTTTTTTGTTGTTTTATT
SmilChr08G001876 Chr08 NC_080394.1:16229371-16229390promoter 内 575-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16232797-16235573(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAGAGACAAAAATGAA
SmilChr08G004965 Chr08 NC_080394.1:58446627-58446646promoter 内 567-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58450061-58458190(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGAATAAAGACAAAAATCAA
SmilChr07G000849 Chr07 NC_080393.1:6052029-6052048promoter 内 529-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6055501-6059166(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTAAAAAAGACAAAAAAAAC
SmilChr08G000732 Chr08 NC_080394.1:5430439-5430458promoter 内 529-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5422072-5426986(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGTTAGTTGTCGTCTTCCG
SmilChr07G002291 Chr07 NC_080393.1:21185378-21185397promoter 内 528-547 bp + 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21188851-21193200(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATATTTGTCGTTTATCA
SmilChr05G003746 Chr05 NC_080391.1:50584745-50584764promoter 内 526-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50579835-50581289(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGACGACAACTAACGT
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