转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 67 / 162 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001880 Chr06 NC_080392.1:22406847-22406856promoter 内 932-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22409916-22412297(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr03G004554 Chr03 NC_080389.1:63513263-63513272promoter 内 903-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63516361-63526829(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25352317-25352326promoter 内 900-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G000080 Chr01 NC_080387.1:1460316-1460325promoter 内 892-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1457111-1457216(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G003311 Chr01 NC_080387.1:51796678-51796687promoter 内 854-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51791498-51793540(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr06G000303 Chr06 NC_080392.1:2180265-2180274promoter 内 839-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2183427-2185901(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr06G000867 Chr06 NC_080392.1:8213044-8213053promoter 内 834-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8206548-8209886(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G002409 Chr07 NC_080393.1:22448178-22448187promoter 内 815-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22444126-22445001(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCC
SmilChr07G003410 Chr07 NC_080393.1:37136999-37137008promoter 内 808-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37124678-37133815(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr01G004807 Chr01 NC_080387.1:66263383-66263392promoter 内 787-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66266597-66270367(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr04G002979 Chr04 NC_080390.1:46204013-46204022promoter 内 761-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46193167-46200782(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr05G003459 Chr05 NC_080391.1:46009668-46009677promoter 内 741-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46006346-46006417(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr03G000168 Chr03 NC_080389.1:1835947-1835956promoter 内 714-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1839234-1840592(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr05G001405 Chr05 NC_080391.1:12631242-12631251promoter 内 691-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12621992-12627941(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25630226-25630235promoter 内 665-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr04G003302 Chr04 NC_080390.1:49745930-49745939promoter 内 656-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49749275-49750338(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr01G001592 Chr01 NC_080387.1:29995450-29995459promoter 内 647-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29998804-30004658(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr03G003405 Chr03 NC_080389.1:52403608-52403617promoter 内 637-646 bp + 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52406972-52407911(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G002919 Chr02 NC_080388.1:49487271-49487280promoter 内 625-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49490647-49497851(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G003391 Chr02 NC_080388.1:55031445-55031454promoter 内 583-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55034863-55037431(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G006170 Chr01 NC_080387.1:77212379-77212388promoter 内 567-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 77205882-77208954(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr01G002177 Chr01 NC_080387.1:37857135-37857144promoter 内 546-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37860590-37862542(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr07G001960 Chr07 NC_080393.1:17102768-17102777promoter 内 523-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17094769-17099299(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40577350-40577359promoter 内 518-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr06G000710 Chr06 NC_080392.1:6393435-6393444promoter 内 499-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6396937-6401290(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr04G003266 Chr04 NC_080390.1:49382320-49382329promoter 内 469-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49377857-49378797(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr01G000328 Chr01 NC_080387.1:6695892-6695901promoter 内 459-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6699434-6701465(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G004531 Chr02 NC_080388.1:67888756-67888765promoter 内 442-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 67880377-67885206(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr07G000258 Chr07 NC_080393.1:1661296-1661305promoter 内 436-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1664861-1665588(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr04G001628 Chr04 NC_080390.1:27034348-27034357promoter 内 429-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 27037920-27040165(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:536938-536947promoter 内 410-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 532326-533356(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21480814-21480823promoter 内 386-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr05G002634 Chr05 NC_080391.1:29721036-29721045promoter 内 369-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29724668-29725425(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr05G001970 Chr05 NC_080391.1:20327399-20327408promoter 内 344-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 20331056-20333011(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr02G003113 Chr02 NC_080388.1:52114568-52114577promoter 内 290-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52118279-52132077(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39238728-39238737promoter 内 276-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr04G003618 Chr04 NC_080390.1:52692688-52692697promoter 内 255-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52685126-52688951(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr01G004774 Chr01 NC_080387.1:65932498-65932507promoter 内 250-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 65926426-65928756(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr03G004171 Chr03 NC_080389.1:60458871-60458880promoter 内 238-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 60451762-60455117(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCC
SmilChr06G001339 Chr06 NC_080392.1:13929202-13929211promoter 内 225-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 13932978-13936487(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTG
SmilChr05G003312 Chr05 NC_080391.1:43392121-43392130promoter 内 213-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43386744-43388342(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr05G003867 Chr05 NC_080391.1:52275650-52275659promoter 内 180-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52270079-52271838(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr07G002079 Chr07 NC_080393.1:18903478-18903487promoter 内 167-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18898457-18899653(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr05G001002 Chr05 NC_080391.1:8180975-8180984promoter 内 166-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8184810-8189177(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGT
SmilChr05G000904 Chr05 NC_080391.1:7171337-7171346promoter 内 161-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7164771-7167506(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAA
SmilChr01G002623 Chr01 NC_080387.1:44500389-44500398promoter 内 157-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44504233-44507820(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCC
SmilChr02G002767 Chr02 NC_080388.1:47724731-47724740promoter 内 157-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47728575-47730018(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT
SmilChr07G003918 Chr07 NC_080393.1:49467343-49467352promoter 内 149-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 49460715-49463500(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAACCTACCC
SmilChr03G002001 Chr03 NC_080389.1:29775985-29775994promoter 内 119-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29770411-29772112(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTA
SmilChr08G000508 Chr08 NC_080394.1:3706618-3706627promoter 内 92-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3710527-3711457(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ACACCTACCT