转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 68 / 119 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000466 Chr01 NC_080387.1:9572765-9572775promoter 内 797-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 9566464-9569571(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G002314 Chr01 NC_080387.1:40128869-40128879promoter 内 587-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 40123925-40125465(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAC
SmilChr02G001192 Chr02 NC_080388.1:21899434-21899444promoter 内 355-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 21893830-21895798(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGT
SmilChr02G002468 Chr02 NC_080388.1:43065482-43065492promoter 内 293-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 43069190-43072353(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTAAG
SmilChr01G004009 Chr01 NC_080387.1:58503997-58504007promoter 内 51-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 58507947-58510160(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTTGACTTTC
SmilChr01G003618 Chr01 NC_080387.1:54714698-54714708promoter 内 3951-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54714748-54718095(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAAAA
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51458680-51458690promoter 内 3937-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52983383-52983393promoter 内 3929-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 52980938-52983321(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAAAA
SmilChr01G003339 Chr01 NC_080387.1:52136678-52136688promoter 内 3854-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 52135124-52136541(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr02G002061 Chr02 NC_080388.1:37130347-37130357promoter 内 3800-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37130548-37136485(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr02G001883 Chr02 NC_080388.1:34157895-34157905promoter 内 3787-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34152231-34157691(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTTGACTTTC
SmilChr01G002988 Chr01 NC_080387.1:48816728-48816738promoter 内 3784-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 48814174-48816521(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTTGACTTTC
SmilChr01G001713 Chr01 NC_080387.1:31600850-31600860promoter 内 3762-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31598249-31600621(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAAAA
SmilChr01G001845 Chr01 NC_080387.1:33400046-33400056promoter 内 3678-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33400369-33405408(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G003109 Chr01 NC_080387.1:49905499-49905509promoter 内 3654-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49905846-49911205(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G004775 Chr01 NC_080387.1:65935851-65935861promoter 内 3617-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65931885-65935477(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001693 Chr01 NC_080387.1:31147328-31147338promoter 内 3544-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31147785-31148333(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37594242-37594252promoter 内 3540-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37594703-37595305(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTAGTCAACA
SmilChr01G004198 Chr01 NC_080387.1:60452233-60452243promoter 内 3357-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60452877-60464940(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73336847-73336857promoter 内 3348-3358 bp + 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 73337500-73338856(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATTAGTCAACA
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32244064-32244074promoter 内 3251-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 32242239-32243324(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55066308-55066318promoter 内 3217-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55061660-55065534(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAAAA
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53043137-53043147promoter 内 3211-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGTTGACTAAG
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72803500-72803510promoter 内 3189-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72804312-72805047(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr02G004032 Chr02 NC_080388.1:62604427-62604437promoter 内 3097-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62605331-62622002(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGT
SmilChr01G002165 Chr01 NC_080387.1:37735323-37735333promoter 内 3086-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37730155-37734418(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001401 Chr01 NC_080387.1:27524191-27524201promoter 内 3026-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27518943-27523226(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ACAAGTCAAAA
SmilChr01G000069 Chr01 NC_080387.1:1192031-1192041promoter 内 2957-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1193075-1195895(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CTTTGACTTCC
SmilChr01G000981 Chr01 NC_080387.1:20788668-20788678promoter 内 2956-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 20789713-20791896(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56584728-56584738promoter 内 2893-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56585836-56587390(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G004374 Chr01 NC_080387.1:61938899-61938909promoter 内 2888-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61940012-61941773(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G002740 Chr01 NC_080387.1:45714037-45714047promoter 内 2832-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45711168-45712878(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAC
SmilChr01G004464 Chr01 NC_080387.1:62746617-62746627promoter 内 2804-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62743094-62745430(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr02G003713 Chr02 NC_080388.1:58738181-58738191promoter 内 2776-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 58732871-58736966(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTTTGACTTTC
SmilChr01G000217 Chr01 NC_080387.1:3794799-3794809promoter 内 2769-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3792740-3793577(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
SmilChr01G003323 Chr01 NC_080387.1:51931775-51931785promoter 内 2763-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51929249-51930547(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTGG
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