靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00025905-RA_Salv |
SmilChr05G003285 |
RAV | XP_057810127.1 |
MP00024 |
TATGTTGC |
9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 68 / 129 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G000015 |
Chr02 | NC_080388.1:110979-110986promoter 内 1031-1038 bp |
+ | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 113949-117234(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G000878 |
Chr01 | NC_080387.1:18663813-18663820promoter 内 1028-1035 bp |
+ | 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 18659187-18660847(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr01G002353 |
Chr01 | NC_080387.1:40703900-40703907promoter 内 1026-1033 bp |
- | 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 40680169-40700932(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G004569 |
Chr02 | NC_080388.1:68209333-68209340promoter 内 1020-1027 bp |
+ | 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 68201051-68206359(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr01G001093 |
Chr01 | NC_080387.1:22376726-22376733promoter 内 1004-1011 bp |
+ | 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 22379723-22397006(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G001968 |
Chr02 | NC_080388.1:35609556-35609563promoter 内 998-1005 bp |
- | 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 35612559-35613464(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G002032 |
Chr02 | NC_080388.1:36617783-36617790promoter 内 994-1001 bp |
+ | 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 36620790-36622199(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G002917 |
Chr01 | NC_080387.1:47888701-47888708promoter 内 989-996 bp |
+ | 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 47891713-47901820(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G002101 |
Chr01 | NC_080387.1:37046799-37046806promoter 内 982-989 bp |
+ | 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 37049818-37054190(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G000890 |
Chr02 | NC_080388.1:15337594-15337601promoter 内 979-986 bp |
+ | 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 15331595-15334579(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G004635 |
Chr02 | NC_080388.1:68823125-68823132promoter 内 974-981 bp |
+ | 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 68818426-68820105(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr01G000417 |
Chr01 | NC_080387.1:8436861-8436868promoter 内 962-969 bp |
+ | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 8432765-8433829(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G003530 |
Chr02 | NC_080388.1:56449107-56449114promoter 内 950-957 bp |
+ | 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 56452158-56455371(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G004972 |
Chr02 | NC_080388.1:71611443-71611450promoter 内 947-954 bp |
- | 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 71605631-71608396(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G004197 |
Chr02 | NC_080388.1:64308516-64308523promoter 内 944-951 bp |
+ | 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 64303365-64305466(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G004976 |
Chr02 | NC_080388.1:71647099-71647106promoter 内 943-950 bp |
+ | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 71650157-71655342(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G001879 |
Chr01 | NC_080387.1:33822861-33822868promoter 内 937-944 bp |
- | 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 33816167-33819804(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G003306 |
Chr02 | NC_080388.1:54332338-54332345promoter 内 931-938 bp |
+ | 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 54325880-54329275(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G003584 |
Chr02 | NC_080388.1:57002205-57002212promoter 内 925-932 bp |
+ | 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 57005281-57007063(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G001463 |
Chr02 | NC_080388.1:27323482-27323489promoter 内 923-930 bp |
+ | 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 27326560-27327765(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G005839 |
Chr01 | NC_080387.1:74397187-74397194promoter 内 922-929 bp |
- | 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 74392759-74394115(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G000859 |
Chr01 | NC_080387.1:18504815-18504822promoter 内 917-924 bp |
+ | 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 18507899-18512555(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G002950 |
Chr01 | NC_080387.1:48379536-48379543promoter 内 913-920 bp |
- | 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 48373487-48376455(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G004870 |
Chr01 | NC_080387.1:66830032-66830039promoter 内 906-913 bp |
- | 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 66825406-66826944(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G002842 |
Chr02 | NC_080388.1:48543983-48543990promoter 内 904-911 bp |
+ | 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 48539710-48540893(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G000294 |
Chr02 | NC_080388.1:3717715-3717722promoter 内 900-907 bp |
+ | 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 3720816-3723614(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G000809 |
Chr02 | NC_080388.1:13562298-13562305promoter 内 895-902 bp |
- | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 13556601-13559199(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G004730 |
Chr02 | NC_080388.1:69533398-69533405promoter 内 886-893 bp |
- | 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 69529517-69530290(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G002449 |
Chr01 | NC_080387.1:42089373-42089380promoter 内 885-892 bp |
- | 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 42081671-42086264(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G001722 |
Chr02 | NC_080388.1:31692181-31692188promoter 内 883-890 bp |
- | 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 31687898-31689070(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G003885 |
Chr01 | NC_080387.1:57165015-57165022promoter 内 879-886 bp |
- | 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 57168137-57170921(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr01G003048 |
Chr01 | NC_080387.1:49447779-49447786promoter 内 877-884 bp |
- | 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 49450903-49452158(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
SmilChr02G004406 |
Chr02 | NC_080388.1:66390789-66390796promoter 内 873-880 bp |
- | 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 66385204-66387668(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G005394 |
Chr01 | NC_080387.1:71214449-71214456promoter 内 858-865 bp |
- | 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 71211241-71211313(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G000535 |
Chr01 | NC_080387.1:10898792-10898799promoter 内 857-864 bp |
- | 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 10891586-10895655(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G000027 |
Chr01 | NC_080387.1:534316-534323promoter 内 855-862 bp |
+ | 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 537462-541378(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
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- | 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 54752170-54757040(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GCAACATC |
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+ | 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 49058969-49064452(+) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr02G001498 |
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- | 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 27933258-27936513(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
GATGTTGC |
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- | 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 13854850-13858119(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
MP00024 |
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+ | 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 14419060-14422020(+) |
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MP00024 |
GATGTTGC |
SmilChr01G001722 |
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- | 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 31731928-31733705(+) |
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+ | 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 43211530-43214311(+) |
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MP00024 |
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MP00024 |
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+ | 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 38142935-38143879(-) |
SMil_00025905-RA_Salv |
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MP00024 |
GATGTTGC |
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+ | 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 56939348-56940329(-) |
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+ | 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.7/ 100 | 1 | 5319783-5321495(-) |
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GCAACATC |