转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 68 / 129 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000015 Chr02 NC_080388.1:110979-110986promoter 内 1031-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 113949-117234(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000878 Chr01 NC_080387.1:18663813-18663820promoter 内 1028-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 18659187-18660847(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40703900-40703907promoter 内 1026-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004569 Chr02 NC_080388.1:68209333-68209340promoter 内 1020-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 68201051-68206359(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22376726-22376733promoter 内 1004-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 22379723-22397006(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001968 Chr02 NC_080388.1:35609556-35609563promoter 内 998-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 35612559-35613464(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36617783-36617790promoter 内 994-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 36620790-36622199(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47888701-47888708promoter 内 989-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 47891713-47901820(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37046799-37046806promoter 内 982-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000890 Chr02 NC_080388.1:15337594-15337601promoter 内 979-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15331595-15334579(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68823125-68823132promoter 内 974-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 68818426-68820105(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G000417 Chr01 NC_080387.1:8436861-8436868promoter 内 962-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 8432765-8433829(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G003530 Chr02 NC_080388.1:56449107-56449114promoter 内 950-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 56452158-56455371(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004972 Chr02 NC_080388.1:71611443-71611450promoter 内 947-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71605631-71608396(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004197 Chr02 NC_080388.1:64308516-64308523promoter 内 944-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 64303365-64305466(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71647099-71647106promoter 内 943-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71650157-71655342(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001879 Chr01 NC_080387.1:33822861-33822868promoter 内 937-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 33816167-33819804(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G003306 Chr02 NC_080388.1:54332338-54332345promoter 内 931-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 54325880-54329275(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G003584 Chr02 NC_080388.1:57002205-57002212promoter 内 925-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 57005281-57007063(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001463 Chr02 NC_080388.1:27323482-27323489promoter 内 923-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 27326560-27327765(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74397187-74397194promoter 内 922-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 74392759-74394115(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18504815-18504822promoter 内 917-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002950 Chr01 NC_080387.1:48379536-48379543promoter 内 913-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 48373487-48376455(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66830032-66830039promoter 内 906-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 66825406-66826944(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48543983-48543990promoter 内 904-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G000294 Chr02 NC_080388.1:3717715-3717722promoter 内 900-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3720816-3723614(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G000809 Chr02 NC_080388.1:13562298-13562305promoter 内 895-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 13556601-13559199(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69533398-69533405promoter 内 886-893 bp - 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002449 Chr01 NC_080387.1:42089373-42089380promoter 内 885-892 bp - 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 42081671-42086264(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31692181-31692188promoter 内 883-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 31687898-31689070(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G003885 Chr01 NC_080387.1:57165015-57165022promoter 内 879-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 57168137-57170921(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49447779-49447786promoter 内 877-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 49450903-49452158(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004406 Chr02 NC_080388.1:66390789-66390796promoter 内 873-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 66385204-66387668(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71214449-71214456promoter 内 858-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000535 Chr01 NC_080387.1:10898792-10898799promoter 内 857-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 10891586-10895655(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000027 Chr01 NC_080387.1:534316-534323promoter 内 855-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 537462-541378(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
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