转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 69 / 144 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003924 Chr03 NC_080389.1:58326544-58326556promoter 内 1977-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58320326-58324532(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACAAT
SmilChr02G004959 Chr02 NC_080388.1:71524638-71524650promoter 内 1923-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71526716-71534791(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr04G002427 Chr04 NC_080390.1:38909757-38909769promoter 内 1899-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38905700-38907667(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr02G003101 Chr02 NC_080388.1:51930088-51930100promoter 内 1884-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51932205-51939510(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGT
SmilChr04G000782 Chr04 NC_080390.1:9589636-9589648promoter 内 1784-1796 bp - 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9584641-9587431(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAGAGTCAACCAT
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55074239-55074251promoter 内 1781-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55063768-55072031(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACGTTGACCCTA
SmilChr03G002264 Chr03 NC_080389.1:35647071-35647083promoter 内 1760-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35641720-35644842(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGGTTGACTATT
SmilChr04G001074 Chr04 NC_080390.1:15420287-15420299promoter 内 1615-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15422673-15426627(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAGTTGACTTGC
SmilChr01G004445 Chr01 NC_080387.1:62571342-62571354promoter 内 1455-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62564470-62568808(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAGTTGACTTAA
SmilChr01G004447 Chr01 NC_080387.1:62571342-62571354promoter 内 1286-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62574057-62578662(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGT
SmilChr03G000195 Chr03 NC_080389.1:2183789-2183801promoter 内 1286-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2178065-2181086(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70188757-70188769promoter 内 1276-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70191482-70192438(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACTAG
SmilChr03G003674 Chr03 NC_080389.1:55577433-55577445promoter 内 1218-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55571864-55574662(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAAGTCAACCTA
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63008497-63008509promoter 内 1162-1174 bp + 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63011336-63014466(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACAGC
SmilChr03G004000 Chr03 NC_080389.1:59032150-59032162promoter 内 1111-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59035040-59038488(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAATGCG
SmilChr02G003846 Chr02 NC_080388.1:60218382-60218394promoter 内 1076-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60211654-60215469(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACTCG
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36153642-36153654promoter 内 987-999 bp + 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36156656-36164001(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGGTCAACGAC
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40703938-40703950promoter 内 983-995 bp + 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAGGTTGACTATT
SmilChr04G000808 Chr04 NC_080390.1:10120605-10120617promoter 内 974-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10114692-10117590(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTG
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55404821-55404833promoter 内 909-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACTTT
SmilChr03G000227 Chr03 NC_080389.1:2719367-2719379promoter 内 887-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2714835-2716265(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACAAT
SmilChr01G003926 Chr01 NC_080387.1:57527921-57527933promoter 内 873-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57511064-57524805(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAT
SmilChr03G001062 Chr03 NC_080389.1:12335150-12335162promoter 内 859-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12331670-12332020(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TCAGTTGACTCTT
SmilChr01G003189 Chr01 NC_080387.1:50642463-50642475promoter 内 856-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50638009-50639330(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTG
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56628490-56628502promoter 内 733-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56631758-56633259(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAGTTGACTTCA
SmilChr02G003642 Chr02 NC_080388.1:57776797-57776809promoter 内 727-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57770884-57773535(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCGTTGACCCTC
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4564337-4564349promoter 内 726-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACAAT
SmilChr04G000492 Chr04 NC_080390.1:5369021-5369033promoter 内 669-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5364503-5365701(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAAGTCAACCTC
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32821369-32821381promoter 内 523-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32824847-32825280(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAT
SmilChr03G001404 Chr03 NC_080389.1:16627160-16627172promoter 内 464-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16621352-16623635(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCCTTTGACTTTA
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30845743-30845755promoter 内 437-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30849307-30850327(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCAAGTCAACCAA
SmilChr01G004981 Chr01 NC_080387.1:67862086-67862098promoter 内 396-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67855820-67858493(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTGG
SmilChr02G000145 Chr02 NC_080388.1:1934792-1934804promoter 内 384-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1938409-1944296(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTG
SmilChr03G001740 Chr03 NC_080389.1:23496550-23496562promoter 内 124-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23490541-23492685(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTGT
SmilChr04G000809 Chr04 NC_080390.1:10120605-10120617promoter 内 55-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10124551-10128751(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAGTA
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58368357-58368369promoter 内 1926-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 58365116-58366294(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTCT
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58381850-58381862promoter 内 903-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 58377911-58378764(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTCT
SmilChr03G001137 Chr03 NC_080389.1:13093703-13093715promoter 内 1947-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 13095757-13096290(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTTGGTCAACGGT
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SmilChr01G002403 Chr01 NC_080387.1:41385114-41385126promoter 内 756-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 41388359-41392010(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AGTGTTGACTTGC
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SmilChr01G001949 Chr01 NC_080387.1:34720246-34720258promoter 内 3732-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 34720515-34720586(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAGTTGACTGTG
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SmilChr03G004446 Chr03 NC_080389.1:62598668-62598680promoter 内 3634-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 62594368-62598313(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCGTTGACTCAG