转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 70 / 160 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005463 Chr02 NC_080388.1:74932726-74932736promoter 内 3105-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 74928194-74931840(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTTTACGGTTG
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14757267-14757277promoter 内 3040-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
SmilChr05G002531 Chr05 NC_080391.1:28136860-28136870promoter 内 3014-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28130389-28135883(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAGT
SmilChr05G000700 Chr05 NC_080391.1:5281266-5281276promoter 内 3005-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5275291-5280280(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CATTACGGTTG
SmilChr01G003848 Chr01 NC_080387.1:56787603-56787613promoter 内 2974-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56780260-56786586(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr05G003756 Chr05 NC_080391.1:50738713-50738723promoter 内 2966-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 50723266-50737688(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr05G000416 Chr05 NC_080391.1:3145895-3145905promoter 内 2935-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3143893-3144839(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr05G000708 Chr05 NC_080391.1:5346523-5346533promoter 内 2933-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5347591-5351791(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAG
SmilChr06G002618 Chr06 NC_080392.1:37651055-37651065promoter 内 2896-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 37649103-37649960(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12903330-12903340promoter 内 2832-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12901317-12902171(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
SmilChr01G002776 Chr01 NC_080387.1:46200973-46200983promoter 内 2787-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 46202187-46210470(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54107401-54107411promoter 内 2732-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTCG
SmilChr08G000969 Chr08 NC_080394.1:7211116-7211126promoter 内 2686-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7208279-7209811(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63470000-63470010promoter 内 2571-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 63471430-63473427(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr08G000936 Chr08 NC_080394.1:6945632-6945642promoter 内 2427-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6947206-6948168(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CATTACGGTTG
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68780973-68780983promoter 内 2395-2405 bp - 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 68782579-68784843(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CATTACGGTTG
SmilChr05G001643 Chr05 NC_080391.1:15384786-15384796promoter 内 2378-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15382188-15383173(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACTTACGGTTG
SmilChr02G004117 Chr02 NC_080388.1:63470000-63470010promoter 内 2347-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 63462544-63468356(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41844585-41844595promoter 内 2311-2321 bp + 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41837718-41842905(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CATTACGGTTG
SmilChr01G006058 Chr01 NC_080387.1:76044362-76044372promoter 内 2269-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 76039776-76042640(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAG
SmilChr08G001018 Chr08 NC_080394.1:7700697-7700707promoter 内 2153-2163 bp - 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7698176-7698859(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
SmilChr04G003481 Chr04 NC_080390.1:51255488-51255498promoter 内 2090-2100 bp - 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 51252682-51253587(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60043446-60043456promoter 内 2043-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60033926-60041498(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CGAAACGGTTA
SmilChr01G003066 Chr01 NC_080387.1:49509100-49509110promoter 内 2033-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 49505497-49507142(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACTTACGGTTG
SmilChr06G002279 Chr06 NC_080392.1:32732481-32732491promoter 内 2009-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 32734473-32737936(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CTTTACGGTTG
SmilChr01G000905 Chr01 NC_080387.1:19140994-19141004promoter 内 1984-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19137035-19138987(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr08G002783 Chr08 NC_080394.1:27522141-27522151promoter 内 1834-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 27516875-27519984(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr01G005260 Chr01 NC_080387.1:70082212-70082222promoter 内 1828-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70084385-70087913(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr05G004077 Chr05 NC_080391.1:54651096-54651106promoter 内 1763-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54647293-54648868(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr01G005259 Chr01 NC_080387.1:70082212-70082222promoter 内 1729-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70079283-70079950(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr02G004531 Chr02 NC_080388.1:67887504-67887514promoter 内 1693-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 67880377-67885206(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr07G002822 Chr07 NC_080393.1:28274490-28274500promoter 内 1692-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28276799-28283792(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr05G002927 Chr05 NC_080391.1:35270817-35270827promoter 内 1664-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35273154-35276170(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTGA
SmilChr05G002638 Chr05 NC_080391.1:29797996-29798006promoter 内 1590-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29791790-29795595(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCAAACGGTTA
SmilChr03G003352 Chr03 NC_080389.1:51860301-51860311promoter 内 1544-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 51854711-51857854(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATG
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