转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 71 / 130 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000824 Chr05 NC_080391.1:6475149-6475160promoter 内 794-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6468274-6471953(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr03G001997 Chr03 NC_080389.1:29650016-29650027promoter 内 782-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29653235-29657533(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAT
SmilChr05G002646 Chr05 NC_080391.1:29847539-29847550promoter 内 746-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29843321-29844295(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGAGG
SmilChr07G004584 Chr07 NC_080393.1:58649559-58649570promoter 内 717-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58652843-58656049(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr06G002666 Chr06 NC_080392.1:38574689-38574700promoter 内 690-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38578000-38580035(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCCAC
SmilChr02G002585 Chr02 NC_080388.1:44957563-44957574promoter 内 675-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44954177-44954248(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCAAAG
SmilChr07G001700 Chr07 NC_080393.1:14421828-14421839promoter 内 619-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14425210-14425858(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr03G001726 Chr03 NC_080389.1:23195649-23195660promoter 内 596-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 23199054-23200241(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr05G002358 Chr05 NC_080391.1:25596905-25596916promoter 内 590-601 bp - 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25600316-25602477(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr01G004866 Chr01 NC_080387.1:66783184-66783195promoter 内 586-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66786599-66790422(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr07G001961 Chr07 NC_080393.1:17131273-17131284promoter 内 582-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17134692-17140056(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr08G001329 Chr08 NC_080394.1:10626728-10626739promoter 内 572-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10619952-10623310(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTCGGACCACC
SmilChr01G003755 Chr01 NC_080387.1:55928195-55928206promoter 内 533-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55931663-55934320(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr07G000660 Chr07 NC_080393.1:4461457-4461468promoter 内 533-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4456229-4458000(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGCGGTCCCATT
SmilChr03G001270 Chr03 NC_080389.1:14775247-14775258promoter 内 486-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14770163-14771743(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr03G002172 Chr03 NC_080389.1:33773497-33773508promoter 内 481-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33777017-33780060(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr06G002025 Chr06 NC_080392.1:26243491-26243502promoter 内 442-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26231641-26239943(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGGACCGCG
SmilChr04G001567 Chr04 NC_080390.1:25988112-25988123promoter 内 429-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25983405-25984551(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGAGG
SmilChr05G002485 Chr05 NC_080391.1:27486011-27486022promoter 内 417-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27489595-27493351(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr06G001150 Chr06 NC_080392.1:11650198-11650209promoter 内 407-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11653792-11654811(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45938011-45938022promoter 内 403-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGTGGTCCACAC
SmilChr02G002324 Chr02 NC_080388.1:40925246-40925257promoter 内 386-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40920720-40921642(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACG
SmilChr08G001112 Chr08 NC_080394.1:8629580-8629591promoter 内 378-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8624309-8625968(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTCGGACCACT
SmilChr01G004964 Chr01 NC_080387.1:67718143-67718154promoter 内 321-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67709037-67714474(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32247002-32247013promoter 内 312-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32242239-32243324(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCCAC
SmilChr08G003577 Chr08 NC_080394.1:38493829-38493840promoter 内 307-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38497523-38500965(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCCAC
SmilChr04G000060 Chr04 NC_080390.1:555250-555261promoter 内 293-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 548468-551553(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCGGTCCCAGG
SmilChr03G000980 Chr03 NC_080389.1:11071537-11071548promoter 内 266-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11075272-11146287(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr02G002141 Chr02 NC_080388.1:38535840-38535851promoter 内 253-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38539588-38540729(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr03G001845 Chr03 NC_080389.1:25344810-25344821promoter 内 242-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25348569-25351888(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAT
SmilChr05G003342 Chr05 NC_080391.1:43957630-43957641promoter 内 236-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43951847-43953876(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr04G003451 Chr04 NC_080390.1:50999130-50999141promoter 内 202-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51002929-51005000(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr06G001031 Chr06 NC_080392.1:10243716-10243727promoter 内 201-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10247516-10247857(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGTCCCCCT
SmilChr02G002216 Chr02 NC_080388.1:39410082-39410093promoter 内 200-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39404594-39406292(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGAGG
SmilChr02G004093 Chr02 NC_080388.1:63223657-63223668promoter 内 199-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63216526-63219866(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr06G003027 Chr06 NC_080392.1:43100980-43100991promoter 内 192-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43104789-43113473(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTTTGGACCACC
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SmilChr04G002826 Chr04 NC_080390.1:44346207-44346218promoter 内 74-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44350134-44357883(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGTGGACCACG
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SmilChr05G002339 Chr05 NC_080391.1:25325721-25325732promoter 内 2307-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 25327415-25333624(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTCGG
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