转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 72 / 119 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005487 Chr01 NC_080387.1:71813302-71813311promoter 内 187-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 71817116-71820099(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G001967 Chr02 NC_080388.1:35611483-35611492promoter 内 3289-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 35609110-35610780(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr01G004609 Chr01 NC_080387.1:64065394-64065403promoter 内 3242-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 64061550-64064644(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35782495-35782504promoter 内 3114-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 35779820-35781617(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr01G005110 Chr01 NC_080387.1:68891040-68891049promoter 内 2943-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 68892098-68897551(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15589198-15589207promoter 内 2885-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 15590314-15592030(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G002778 Chr01 NC_080387.1:46248315-46248324promoter 内 2858-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 46249458-46250993(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACG
SmilChr01G002779 Chr01 NC_080387.1:46252563-46252572promoter 内 2858-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 46253706-46255241(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACG
SmilChr01G003355 Chr01 NC_080387.1:52298531-52298540promoter 内 2693-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 52299839-52302820(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr02G003631 Chr02 NC_080388.1:57658551-57658560promoter 内 2305-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 57650555-57656864(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr01G004902 Chr01 NC_080387.1:67086646-67086655promoter 内 2304-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 67088343-67092059(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr01G000173 Chr01 NC_080387.1:2834631-2834640promoter 内 2195-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 2836437-2840730(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27189947-27189956promoter 内 2105-2114 bp - 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 27187377-27188060(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001833 Chr01 NC_080387.1:33285276-33285285promoter 内 2075-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 33278872-33283359(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
SmilChr01G004827 Chr01 NC_080387.1:66427612-66427621promoter 内 2067-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 66429546-66432850(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr02G001628 Chr02 NC_080388.1:30233679-30233688promoter 内 2016-2025 bp - 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 30235664-30237252(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACG
SmilChr02G002141 Chr02 NC_080388.1:38537413-38537422promoter 内 1826-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 38539588-38540729(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35071452-35071461promoter 内 1551-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 35073902-35076549(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G004438 Chr01 NC_080387.1:62470463-62470472promoter 内 1455-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 62466956-62467926(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001209 Chr01 NC_080387.1:24309550-24309559promoter 内 1370-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24312181-24321725(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr02G002204 Chr02 NC_080388.1:39262584-39262593promoter 内 1300-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 39257977-39259892(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001556 Chr01 NC_080387.1:29583527-29583536promoter 内 1257-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 29586271-29592615(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr01G002547 Chr01 NC_080387.1:43560807-43560816promoter 内 1140-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 43563668-43565932(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30097821-30097830promoter 内 1097-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 30093211-30094926(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
SmilChr02G002247 Chr02 NC_080388.1:39905868-39905877promoter 内 1016-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 39908853-39912236(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G002110 Chr02 NC_080388.1:37804765-37804774promoter 内 916-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 37789698-37801689(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G001961 Chr02 NC_080388.1:35396701-35396710promoter 内 836-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 35399866-35402061(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31470194-31470203promoter 内 811-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 31473384-31473543(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68779326-68779335promoter 内 748-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 68782579-68784843(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63567756-63567765promoter 内 629-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 63571128-63574750(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G001035 Chr02 NC_080388.1:18398889-18398898promoter 内 539-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 18393809-18395436(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACA
SmilChr02G003864 Chr02 NC_080388.1:60601136-60601145promoter 内 508-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 60604629-60606214(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACG
SmilChr02G002073 Chr02 NC_080388.1:37322400-37322409promoter 内 445-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 37325956-37330395(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G001118 Chr02 NC_080388.1:20158168-20158177promoter 内 383-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 20154472-20154559(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TGTTGATTGG
SmilChr02G003121 Chr02 NC_080388.1:52220349-52220358promoter 内 218-227 bp + 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 52224132-52225238(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22359588-22359597promoter 内 168-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 22363421-22371155(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CGTTGATTGG
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