转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 73 / 148 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001329 Chr02 NC_080388.1:24752068-24752081promoter 内 3350-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24748839-24751430(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACGAATA
SmilChr04G002773 Chr04 NC_080390.1:43518238-43518251promoter 内 3201-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43519038-43526984(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGCAACACGTGG
SmilChr07G001967 Chr07 NC_080393.1:17208478-17208491promoter 内 3092-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17209387-17214480(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATCAGGCACGTGG
SmilChr05G003346 Chr05 NC_080391.1:44012753-44012766promoter 内 3082-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44010707-44011847(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAGTGCACGTGG
SmilChr04G003735 Chr04 NC_080390.1:53664248-53664261promoter 内 3072-3085 bp + 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53661609-53663332(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCGCGTGACCCACG
SmilChr08G000339 Chr08 NC_080394.1:2360518-2360531promoter 内 3033-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2361486-2366407(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCTGATC
SmilChr04G002473 Chr04 NC_080390.1:39538437-39538450promoter 内 2966-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39536451-39537415(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCGCGTGACCCACG
SmilChr04G003538 Chr04 NC_080390.1:51732851-51732864promoter 内 2949-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51733903-51736035(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATGGCTCACGTGA
SmilChr01G004491 Chr01 NC_080387.1:63054855-63054868promoter 内 2880-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63052343-63053747(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAGTTTC
SmilChr04G002474 Chr04 NC_080390.1:39536476-39536489promoter 内 2879-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39537598-39538475(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCGCGTGACCCACG
SmilChr07G004230 Chr07 NC_080393.1:54580541-54580554promoter 内 2811-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54581731-54582974(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCAATTCACGTGC
SmilChr05G002557 Chr05 NC_080391.1:28702721-28702734promoter 内 2782-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28703940-28705015(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGTTGAA
SmilChr01G005023 Chr01 NC_080387.1:68207286-68207299promoter 内 2775-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68202894-68206073(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACATTAA
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43112673-43112686promoter 内 2768-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACGAATA
SmilChr02G001122 Chr02 NC_080388.1:20268251-20268264promoter 内 2725-2738 bp + 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20269527-20272752(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATTTCACGTGG
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50825498-50825511promoter 内 2678-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50826821-50828044(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATCACCC
SmilChr05G001963 Chr05 NC_080391.1:20191635-20191648promoter 内 2658-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20192978-20194451(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTCCCGCACGTGG
SmilChr03G004360 Chr03 NC_080389.1:61839561-61839574promoter 内 2547-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 61841015-61841767(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACTTGACACGTGG
SmilChr04G000010 Chr04 NC_080390.1:166016-166029promoter 内 2529-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 154530-164557(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGGATTCACGTGG
SmilChr01G003454 Chr01 NC_080387.1:53117868-53117881promoter 内 2513-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53119356-53121561(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGATGCACGTGG
SmilChr01G003515 Chr01 NC_080387.1:53764614-53764627promoter 内 2513-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53766102-53768332(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGATGCACGTGG
SmilChr05G000345 Chr05 NC_080391.1:2579810-2579823promoter 内 2493-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2558691-2578315(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAGCCTA
SmilChr04G002685 Chr04 NC_080390.1:42291901-42291914promoter 内 2470-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42288245-42290383(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACGAGTG
SmilChr02G002965 Chr02 NC_080388.1:50166543-50166556promoter 内 2452-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50168092-50171839(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCTACA
SmilChr04G000079 Chr04 NC_080390.1:717204-717217promoter 内 2424-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 718781-719961(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGCAACACGTGG
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58525976-58525989promoter 内 2414-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTAGCTCACGTGA
SmilChr07G004231 Chr07 NC_080393.1:54590688-54590701promoter 内 2345-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54592344-54593240(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCAATTCACGTGC
SmilChr05G001294 Chr05 NC_080391.1:11113332-11113345promoter 内 2333-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11108577-11111677(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATTCGTCACGTGG
SmilChr05G001839 Chr05 NC_080391.1:18416573-18416586promoter 内 2279-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18418295-18419363(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACACAAT
SmilChr06G000701 Chr06 NC_080392.1:6257951-6257964promoter 内 2262-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6259690-6267015(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAATTACACGTGG
SmilChr04G003572 Chr04 NC_080390.1:52146621-52146634promoter 内 2215-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52148407-52148964(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGACTCTT
SmilChr01G001772 Chr01 NC_080387.1:32637331-32637344promoter 内 2201-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32630790-32635544(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGCTTCACGTGC
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59525166-59525179promoter 内 2135-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59527032-59529805(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGACGTG
SmilChr01G000004 Chr01 NC_080387.1:135494-135507promoter 内 2014-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 137481-141573(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAGTCACGTGT
SmilChr05G002866 Chr05 NC_080391.1:34258982-34258995promoter 内 1993-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34254839-34256987(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGATTGTCACGTGA
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SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39194254-39194267promoter 内 1317-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATACACC