转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 73 / 139 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001768 Chr01 NC_080387.1:32512083-32512094promoter 内 2763-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 32513321-32516105(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGGAT
SmilChr04G000508 Chr04 NC_080390.1:5576093-5576104promoter 内 2729-2740 bp - 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5568927-5574832(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCCGACGTGGA
SmilChr05G000054 Chr05 NC_080391.1:253058-253069promoter 内 2716-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 254343-255586(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr03G003894 Chr03 NC_080389.1:58045581-58045592promoter 内 2695-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58046887-58050554(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCAC
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31082994-31083005promoter 内 2684-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGGAT
SmilChr02G005404 Chr02 NC_080388.1:74575049-74575060promoter 内 2658-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74576392-74579080(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTATCACGTGGC
SmilChr03G004534 Chr03 NC_080389.1:63373406-63373417promoter 内 2611-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63374796-63378309(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGAT
SmilChr03G001371 Chr03 NC_080389.1:16109259-16109270promoter 内 2553-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16096314-16107822(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTTGG
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75074437-75074448promoter 内 2534-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75075904-75082376(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACCGACGTGGT
SmilChr02G005415 Chr02 NC_080388.1:74622300-74622311promoter 内 2421-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74623880-74624549(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTATCACGTGGC
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70896572-70896583promoter 内 2412-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70892558-70894994(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCAC
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59286083-59286094promoter 内 2369-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr01G004448 Chr01 NC_080387.1:62578956-62578967promoter 内 2292-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62580665-62584244(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38807144-38807155promoter 内 2225-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38804041-38805379(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCGACACGTGGC
SmilChr02G004947 Chr02 NC_080388.1:71416058-71416069promoter 内 2187-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71411893-71414255(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCAC
SmilChr04G002371 Chr04 NC_080390.1:38208679-38208690promoter 内 2128-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38201250-38206817(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGGAT
SmilChr04G001014 Chr04 NC_080390.1:14124981-14124992promoter 内 2071-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14126911-14128089(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGTC
SmilChr02G004624 Chr02 NC_080388.1:68739924-68739935promoter 内 2038-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 68741887-68742788(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGGTT
SmilChr03G002899 Chr03 NC_080389.1:45706874-45706885promoter 内 2006-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45703259-45704890(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr04G003393 Chr04 NC_080390.1:50478402-50478413promoter 内 2000-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50471863-50476412(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGTC
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74599288-74599299promoter 内 1986-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74595786-74597284(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGATAA
SmilChr03G002898 Chr03 NC_080389.1:45706874-45706885promoter 内 1930-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45700987-45704814(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGAGACGTGGG
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:856786-856797promoter 内 1893-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 852972-854689(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGGGACGTGGG
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49259600-49259611promoter 内 1869-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49256691-49257479(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGTT
SmilChr04G002080 Chr04 NC_080390.1:33565726-33565737promoter 内 1863-1874 bp + 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33567864-33568617(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCAAGACGTGGG
SmilChr02G003356 Chr02 NC_080388.1:54722069-54722080promoter 内 1811-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54724259-54726747(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCCCCG
SmilChr04G002885 Chr04 NC_080390.1:45053306-45053317promoter 内 1794-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 45055513-45056951(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCAC
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70073080-70073091promoter 内 1738-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTCGA
SmilChr02G005416 Chr02 NC_080388.1:74622300-74622311promoter 内 1710-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74624591-74625604(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTATCACGTGGC
SmilChr03G004597 Chr03 NC_080389.1:63783279-63783290promoter 内 1701-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63779217-63780990(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTCTC
SmilChr04G001679 Chr04 NC_080390.1:27796344-27796355promoter 内 1697-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27798648-27800093(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGAT
SmilChr02G003597 Chr02 NC_080388.1:57158729-57158740promoter 内 1639-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57161091-57168412(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTAGC
SmilChr01G001943 Chr01 NC_080387.1:34613495-34613506promoter 内 1621-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34615875-34620087(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTTGC
SmilChr04G000297 Chr04 NC_080390.1:2764008-2764019promoter 内 1616-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2766393-2768271(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGAGACGTGGG
SmilChr02G005490 Chr02 NC_080388.1:75074437-75074448promoter 内 1520-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75070422-75071967(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCGGTT
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7727658-7727669promoter 内 1451-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGAGACGTGGA
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SmilChr01G000160 Chr01 NC_080387.1:2690321-2690332promoter 内 908-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2693414-2698173(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGAGACGTGGG
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SmilChr02G004462 Chr02 NC_080388.1:67040964-67040975promoter 内 866-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67036686-67037840(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGAA