转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 73 / 152 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002997 Chr02 NC_080388.1:50660919-50660937promoter 内 344-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50655176-50657280(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTTTTCCTTTTTTGGGGG
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339144-55339162promoter 内 276-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55342869-55345759(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTACCATTTTCGGAGA
SmilChr04G003436 Chr04 NC_080390.1:50908776-50908794promoter 内 257-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50912520-50916019(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATACGAAAATGGAAAGAA
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42038720-42038738promoter 内 188-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42029806-42034925(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTCCAAAAAAAGAAATTT
SmilChr04G002826 Chr04 NC_080390.1:44346170-44346188promoter 内 37-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44350134-44357883(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CATTTTCCATTTTAAGTAA
SmilChr04G000145 Chr04 NC_080390.1:1272596-1272614promoter 内 2742-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 1260934-1271355(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCCAAAAATAGTAATGT
SmilChr04G001899 Chr04 NC_080390.1:31033543-31033561promoter 内 2065-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 31035479-31039870(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCCAAAATGGAAGTGA
SmilChr06G000376 Chr06 NC_080392.1:2917249-2917267promoter 内 1350-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2911820-2914616(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGATTCTATTTTTGGTAA
SmilChr04G000175 Chr04 NC_080390.1:1583992-1584010promoter 内 231-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 1574599-1580240(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCTTTTTTGGGTTT
SmilChr04G004041 Chr04 NC_080390.1:55643728-55643746promoter 内 3676-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55644053-55647001(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TACACAAAAATGGAAAAAC
SmilChr05G003388 Chr05 NC_080391.1:44908217-44908235promoter 内 2782-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 44909436-44910312(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTTTCATTTTTGGATA
SmilChr04G000177 Chr04 NC_080390.1:1583992-1584010promoter 内 1728-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1586265-1587756(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAACCCAAAAAAGAAAAAA
SmilChr04G000146 Chr04 NC_080390.1:1272596-1272614promoter 内 634-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1275963-1281253(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACATTACTATTTTTGGAAA
SmilChr04G000178 Chr04 NC_080390.1:1583992-1584010promoter 内 202-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1587791-1589203(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AAACCCAAAAAAGAAAAAA
SmilChr04G000188 Chr04 NC_080390.1:1676237-1676255promoter 内 3965-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1664960-1676219(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TACTTTCCATTTTAAGATA
SmilChr05G001711 Chr05 NC_080391.1:16357046-16357064promoter 内 3886-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16355215-16356949(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACTCAAAACGGAAAAAA
SmilChr05G002787 Chr05 NC_080391.1:32574859-32574877promoter 内 3786-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 32568062-32574662(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTTTTTCCATTTAGAGCAA
SmilChr02G000626 Chr02 NC_080388.1:9353862-9353880promoter 内 3774-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9350353-9353653(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTACTAAAAATGGAAATAG
SmilChr03G004686 Chr03 NC_080389.1:64259493-64259511promoter 内 3754-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 64259740-64261677(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTACCTGAAAAAGAAAAAA
SmilChr05G004223 Chr05 NC_080391.1:56077212-56077230promoter 内 3743-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56077470-56083095(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTTCTTTTTTTGTTAA
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64956720-64956738promoter 内 3704-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CATTTCCTCTTTTTGGCAA
SmilChr04G000022 Chr04 NC_080390.1:255313-255331promoter 内 3663-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 255651-258098(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTTTACTATTTTTGGTGA
SmilChr05G000392 Chr05 NC_080391.1:2954943-2954961promoter 内 3651-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2955293-2956192(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTTCTGAAAATGGCAAAAG
SmilChr01G000973 Chr01 NC_080387.1:20590306-20590324promoter 内 3632-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20590675-20594808(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTTCTCTTTTTGGTTT
SmilChr06G002008 Chr06 NC_080392.1:25783047-25783065promoter 内 3614-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 25783434-25787258(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTACTAAAAATGGAAATAG
SmilChr05G003592 Chr05 NC_080391.1:48022255-48022273promoter 内 3500-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48020752-48021772(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CATCTTCTTCTTTTGGTAA
SmilChr02G003767 Chr02 NC_080388.1:59373867-59373885promoter 内 3486-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59368358-59373370(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTGTGTCCACATTTGGTAA
SmilChr06G000284 Chr06 NC_080392.1:1953956-1953974promoter 内 3396-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1950068-1953369(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTATTTCTATATTTGGTAA
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15128198-15128216promoter 内 3335-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15127478-15127550(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCCTTTCCATTTACGTCAA
SmilChr04G003011 Chr04 NC_080390.1:46512025-46512043promoter 内 3213-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46507061-46511255(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCACCGCAAATGGAAAAAA
SmilChr01G005390 Chr01 NC_080387.1:71184677-71184695promoter 内 3117-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71185561-71189268(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTTTGCCATTTTGGGGTG
SmilChr04G003205 Chr04 NC_080390.1:48884090-48884108promoter 内 3104-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48884987-48889838(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCACCGCAAATGGAAAAAA
SmilChr06G002913 Chr06 NC_080392.1:41978879-41978897promoter 内 3045-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41979835-41996589(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACACCCAAAATGGAAATGT
SmilChr02G000978 Chr02 NC_080388.1:17150029-17150047promoter 内 3002-3020 bp - 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 17151028-17160868(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATCCAGAAATGGAAATTT
SmilChr05G004192 Chr05 NC_080391.1:55804591-55804609promoter 内 2803-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55801152-55803411(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTCCCAAAATGGAAGTGA
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