转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 73 / 121 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004057 Chr02 NC_080388.1:62884818-62884832promoter 内 1387-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62878150-62882218(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTAC
SmilChr03G004697 Chr03 NC_080389.1:64309688-64309702promoter 内 1346-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64305673-64307047(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGTTTT
SmilChr02G005382 Chr02 NC_080388.1:74491982-74491996promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74486327-74489228(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGTAAGA
SmilChr02G000882 Chr02 NC_080388.1:15217576-15217590promoter 内 1203-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15213888-15214792(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCTGAATCTGAA
SmilChr01G000560 Chr01 NC_080387.1:11661147-11661161promoter 内 1165-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11649337-11658325(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAGATT
SmilChr04G000505 Chr04 NC_080390.1:5508434-5508448promoter 内 1164-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5511271-5516428(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGTCGCG
SmilChr02G003400 Chr02 NC_080388.1:55149288-55149302promoter 内 1154-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55140322-55146455(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCTAGATCTTGG
SmilChr03G003118 Chr03 NC_080389.1:48332718-48332732promoter 内 1135-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48326502-48329866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATAAAT
SmilChr02G001703 Chr02 NC_080388.1:31333583-31333597promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31328881-31330710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAGATT
SmilChr03G004023 Chr03 NC_080389.1:59194838-59194852promoter 内 1111-1125 bp - 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59197728-59199496(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTAGTTTT
SmilChr01G000522 Chr01 NC_080387.1:10656797-10656811promoter 内 1099-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10659699-10665472(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTAAG
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6827463-6827477promoter 内 1090-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCGCCAGATCTGCG
SmilChr04G000102 Chr04 NC_080390.1:923878-923892promoter 内 1076-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 915162-920967(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAATAGATCTGAT
SmilChr01G003118 Chr01 NC_080387.1:49987260-49987274promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49990192-49990330(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAAGTT
SmilChr02G004573 Chr02 NC_080388.1:68231515-68231529promoter 内 993-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68234523-68238842(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTTGT
SmilChr03G002075 Chr03 NC_080389.1:31723160-31723174promoter 内 984-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31726177-31727992(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTGAGATCTGGA
SmilChr02G000974 Chr02 NC_080388.1:17039572-17039586promoter 内 926-940 bp - 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17034660-17036511(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTGAGATCTGGA
SmilChr02G001999 Chr02 NC_080388.1:36152575-36152589promoter 内 861-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36147494-36149449(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGCGTG
SmilChr04G002653 Chr04 NC_080390.1:41945935-41945949promoter 内 839-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41941658-41942787(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAGATCTAGCTTC
SmilChr01G003455 Chr01 NC_080387.1:53119097-53119111promoter 内 771-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53122327-53123880(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTTTAGATCTCAT
SmilChr04G001908 Chr04 NC_080390.1:31151172-31151186promoter 内 755-769 bp - 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31154418-31156576(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGATCA
SmilChr02G001951 Chr02 NC_080388.1:35216102-35216116promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35211877-35212786(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGGAATAC
SmilChr02G004858 Chr02 NC_080388.1:70723891-70723905promoter 内 651-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70719282-70720555(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGGGTT
SmilChr03G004588 Chr03 NC_080389.1:63733437-63733451promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63722991-63730020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGCTTA
SmilChr01G000069 Chr01 NC_080387.1:1189622-1189636promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1193075-1195895(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTGTGGATCTGAT
SmilChr01G004750 Chr01 NC_080387.1:65678760-65678774promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65682294-65684219(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCGAGATCTGCT
SmilChr04G001989 Chr04 NC_080390.1:32185523-32185537promoter 内 385-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32189139-32202262(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGTTATT
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22904065-22904079promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr04G000910 Chr04 NC_080390.1:11853769-11853783promoter 内 286-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11845520-11850068(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr01G000896 Chr01 NC_080387.1:19003433-19003447promoter 内 170-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 19007264-19008454(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAAAGGC
SmilChr05G000856 Chr05 NC_080391.1:6764996-6765010promoter 内 168-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6768829-6771109(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGTACG
SmilChr01G003172 Chr01 NC_080387.1:50531866-50531880promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50522332-50527980(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGTGAA
SmilChr03G003316 Chr03 NC_080389.1:51397810-51397824promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51401717-51409726(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGTTTT
SmilChr01G001240 Chr01 NC_080387.1:24794756-24794770promoter 内 65-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24798692-24798797(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACTAGATCTATG
SmilChr01G005447 Chr01 NC_080387.1:71542681-71542695promoter 内 65-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71546617-71547534(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAGATGT
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24794756-24794770promoter 内 55-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24788419-24790824(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGTTGT
SmilChr04G000037 Chr04 NC_080390.1:343518-343532promoter 内 22-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 337825-339553(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCAATTG
SmilChr01G004143 Chr01 NC_080387.1:59927338-59927352promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59931320-59935459(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAGAAAT
SmilChr01G004435 Chr01 NC_080387.1:62444677-62444691promoter 内 673-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 4 62448005-62450804(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACCCTAGATCTCAG
SmilChr05G000588 Chr05 NC_080391.1:4447241-4447255promoter 内 3576-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 4447666-4447801(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCGGTCA
SmilChr01G005859 Chr01 NC_080387.1:74519950-74519964promoter 内 2210-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 74514983-74518173(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCACAG
SmilChr03G002321 Chr03 NC_080389.1:36562992-36563006promoter 内 2096-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 36558267-36561101(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCAGC
SmilChr05G001504 Chr05 NC_080391.1:13787950-13787964promoter 内 1599-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 13790352-13796926(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTCCTAGATCTGAA
SmilChr01G002981 Chr01 NC_080387.1:48742288-48742302promoter 内 3799-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 48742490-48744446(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTTTTAGATCTAAT
SmilChr01G000891 Chr01 NC_080387.1:18955547-18955561promoter 内 3564-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 18955984-18963499(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATATAGATCTAGA
SmilChr01G000112 Chr01 NC_080387.1:1908401-1908415promoter 内 3335-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 1909067-1909139(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAAAGT
SmilChr01G000011 Chr01 NC_080387.1:243174-243188promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 242443-242515(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAAAGT
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22008600-22008614promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 22002683-22007546(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATCCTAGATCTGCA
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36154975-36154989promoter 内 2320-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 36156656-36164001(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACTGCGGATCTGAA
SmilChr02G000904 Chr02 NC_080388.1:15601391-15601405promoter 内 2099-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15591795-15599503(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGAATGAGATCTGAA