转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 74 / 134 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000242 Chr01 NC_080387.1:4508351-4508363promoter 内 907-919 bp - 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4501786-4505269(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr02G004218 Chr02 NC_080388.1:64405807-64405819promoter 内 906-918 bp + 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64401012-64402724(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCATATC
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59061260-59061272promoter 内 820-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59064441-59066787(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGATTGGATAATG
SmilChr02G000641 Chr02 NC_080388.1:9700179-9700191promoter 内 788-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9703392-9706749(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr02G001130 Chr02 NC_080388.1:20440347-20440359promoter 内 780-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20436674-20437138(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTATGTA
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22812298-22812310promoter 内 709-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22805990-22809018(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51607312-51607324promoter 内 702-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51610611-51610717(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCTCAGA
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:376719-376731promoter 内 678-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 371113-373408(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATA
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5864426-5864438promoter 内 659-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5867768-5915015(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTAGTGGATAACC
SmilChr03G001811 Chr03 NC_080389.1:24726076-24726088promoter 内 649-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24729428-24731395(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTAGTGGATAATA
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71517329-71517341promoter 内 587-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAATTGGATAATG
SmilChr01G005923 Chr01 NC_080387.1:75039141-75039153promoter 内 584-596 bp + 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75042558-75043921(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAATTGATAAGG
SmilChr01G003607 Chr01 NC_080387.1:54614827-54614839promoter 内 576-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54610428-54611414(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATA
SmilChr02G004844 Chr02 NC_080388.1:70567216-70567228promoter 内 553-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70570664-70571957(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTATGGATAACA
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8189652-8189664promoter 内 448-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8193205-8194763(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTCAGC
SmilChr01G001601 Chr01 NC_080387.1:30179576-30179588promoter 内 423-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30183154-30186704(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCAGTGGATAAGC
SmilChr01G000980 Chr01 NC_080387.1:20761291-20761303promoter 内 398-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20753926-20757700(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCAACA
SmilChr02G000401 Chr02 NC_080388.1:4950984-4950996promoter 内 367-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4954618-4957897(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr01G004578 Chr01 NC_080387.1:63828835-63828847promoter 内 361-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63819762-63825207(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTCGAGGATAAGA
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2429934-2429946promoter 内 357-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2425303-2426302(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTCGAG
SmilChr03G000369 Chr03 NC_080389.1:4125197-4125209promoter 内 305-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4120538-4121513(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCGATAT
SmilChr03G001699 Chr03 NC_080389.1:22527263-22527275promoter 内 294-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22522746-22523568(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTTTGT
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71893649-71893661promoter 内 284-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71888810-71889944(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTTTGT
SmilChr01G000774 Chr01 NC_080387.1:16866354-16866366promoter 内 215-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16859469-16862580(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75039141-75039153promoter 内 193-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAATTTT
SmilChr02G000453 Chr02 NC_080388.1:6036277-6036289promoter 内 186-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6028130-6032474(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATATGAGATAAGG
SmilChr01G003034 Chr01 NC_080387.1:49362927-49362939promoter 内 143-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49366785-49371200(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAATTTT
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11895742-11895754promoter 内 2906-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 11896837-11898215(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCGATT
SmilChr01G000206 Chr01 NC_080387.1:3593736-3593748promoter 内 2478-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 3595259-3598970(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr03G001331 Chr03 NC_080389.1:15546848-15546860promoter 内 3369-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 15547480-15549833(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16813977-16813989promoter 内 3221-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 16810959-16813209(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36890031-36890043promoter 内 2917-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 36885893-36888959(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATAATGATAAGG
SmilChr02G000554 Chr02 NC_080388.1:7775637-7775649promoter 内 2096-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 7773397-7773744(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCGAATT
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24505240-24505252promoter 内 1791-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 24507450-24508299(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATCGAGATAAGG
SmilChr03G001330 Chr03 NC_080389.1:15546848-15546860promoter 内 1785-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 15544519-15544644(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr01G001447 Chr01 NC_080387.1:28179346-28179358promoter 内 1391-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 28172135-28176748(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCACCAC
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