转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 74 / 121 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004157 Chr03 NC_080389.1:60342153-60342167promoter 内 1849-1863 bp - 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 60344305-60348450(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGGATT
SmilChr04G000896 Chr04 NC_080390.1:11527775-11527789promoter 内 1238-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 11522375-11525026(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGAGATCTGAA
SmilChr05G001452 Chr05 NC_080391.1:13272180-13272194promoter 内 1057-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 13264523-13269250(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTAGATCTTAA
SmilChr02G000955 Chr02 NC_080388.1:16592388-16592402promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 16595393-16597882(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGTAGATCTGCA
SmilChr01G002980 Chr01 NC_080387.1:48742288-48742302promoter 内 982-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 48734833-48739283(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAAAGT
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66353528-66353542promoter 内 797-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 66348931-66350338(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGACAAA
SmilChr04G003477 Chr04 NC_080390.1:51228828-51228842promoter 内 783-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 51232046-51234859(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTACAGATCTGTT
SmilChr01G000110 Chr01 NC_080387.1:1863634-1863648promoter 内 302-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 1867333-1868857(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAGATAGATCTGAA
SmilChr03G002382 Chr03 NC_080389.1:37599676-37599690promoter 内 104-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37603573-37604031(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTAGATCTAGGTTC
SmilChr01G003544 Chr01 NC_080387.1:54028801-54028815promoter 内 77-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 54032725-54035627(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGCATAT
SmilChr04G002756 Chr04 NC_080390.1:43274877-43274891promoter 内 60-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 43278818-43280175(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTCCTAGATCTCGA
SmilChr04G000017 Chr04 NC_080390.1:225159-225173promoter 内 3929-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 225231-226010(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGATAGATCTAAA
SmilChr04G000043 Chr04 NC_080390.1:412406-412420promoter 内 3571-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 412836-414785(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCTAGATCTCGT
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53227956-53227970promoter 内 3564-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53228393-53230198(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACCCTAGATCTGCA
SmilChr01G002417 Chr01 NC_080387.1:41585643-41585657promoter 内 3502-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41561379-41585158(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAACTAGATCTAAT
SmilChr01G001973 Chr01 NC_080387.1:35113701-35113715promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35114216-35115779(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCGAATCTGAA
SmilChr03G003058 Chr03 NC_080389.1:47475808-47475822promoter 内 3464-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47470016-47475285(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACCCTAGATCTGCA
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56211375-56211389promoter 内 3413-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGAGATCTGAA
SmilChr01G001962 Chr01 NC_080387.1:34911057-34911071promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34911672-34914031(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCGAATCTGAA
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12240770-12240784promoter 内 3382-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12241389-12243025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACCCTAGATCTGCA
SmilChr02G005515 Chr02 NC_080388.1:75263384-75263398promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75255863-75262766(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGACTTAGATCTTAG
SmilChr01G001823 Chr01 NC_080387.1:33175100-33175114promoter 内 3351-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33175750-33178273(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTACAATC
SmilChr05G000271 Chr05 NC_080391.1:2087161-2087175promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2084021-2086524(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGAACCT
SmilChr02G005471 Chr02 NC_080388.1:74980241-74980255promoter 内 3325-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 74977964-74979579(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGAGATCTGAA
SmilChr02G003389 Chr02 NC_080388.1:55015950-55015964promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55011354-55015258(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTAGAGGG
SmilChr03G001450 Chr03 NC_080389.1:17299808-17299822promoter 内 3214-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17300595-17303234(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGGGTC
SmilChr02G004710 Chr02 NC_080388.1:69365556-69365570promoter 内 3185-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69363678-69364754(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAATTTT
SmilChr02G001313 Chr02 NC_080388.1:24354289-24354303promoter 内 3175-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24351347-24353477(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCCGCG
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56723427-56723441promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGAGATCTGAA
SmilChr02G001414 Chr02 NC_080388.1:26764824-26764838promoter 内 2997-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26763248-26763834(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGGATT
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34490893-34490907promoter 内 2973-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGACTG
SmilChr02G005187 Chr02 NC_080388.1:73181615-73181629promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73182662-73184352(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCGAACCC
SmilChr01G005432 Chr01 NC_080387.1:71479200-71479214promoter 内 2911-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 71474331-71478124(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCGGGTTTT
SmilChr01G004140 Chr01 NC_080387.1:59900521-59900535promoter 内 2887-2901 bp + 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 59897665-59899421(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTGGATCTAGTTTC
SmilChr02G000985 Chr02 NC_080388.1:17338181-17338195promoter 内 2850-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17339332-17339801(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAAAATT
SmilChr03G000482 Chr03 NC_080389.1:5132382-5132396promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5127291-5131240(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCGGGATCTGAT
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62695912-62695926promoter 内 2824-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62697089-62699251(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTCACGGATCTGAG
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68249813-68249827promoter 内 2777-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCACTAGATCTGAT
SmilChr03G000661 Chr03 NC_080389.1:7401091-7401105promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7396237-7399802(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGTAGATCTGCA
SmilChr02G002152 Chr02 NC_080388.1:38742773-38742787promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38739583-38741405(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAAAACG
SmilChr03G003964 Chr03 NC_080389.1:58680827-58680841promoter 内 2611-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58682217-58682558(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACACGGGATCTGAA
SmilChr01G003597 Chr01 NC_080387.1:54519455-54519469promoter 内 2543-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54520913-54523342(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCCTCCC
SmilChr02G005472 Chr02 NC_080388.1:74980241-74980255promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 74981743-74983403(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAAACA
SmilChr02G001581 Chr02 NC_080388.1:29535695-29535709promoter 内 2488-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29531658-29534196(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGAGATCTAGAGCT
SmilChr01G003107 Chr01 NC_080387.1:49884331-49884345promoter 内 2367-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49882048-49882711(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACCCTAGATCTGCA
SmilChr04G002426 Chr04 NC_080390.1:38905208-38905222promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38899046-38903502(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGCCAT
SmilChr02G001082 Chr02 NC_080388.1:19382058-19382072promoter 内 2177-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 19378546-19380248(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATAATG
SmilChr01G000441 Chr01 NC_080387.1:8923857-8923871promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8925764-8930684(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCCGATGA
SmilChr04G001521 Chr04 NC_080390.1:25127576-25127590promoter 内 2059-2073 bp - 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25121663-25125648(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATATAGATCTAAT
SmilChr03G002876 Chr03 NC_080389.1:45445538-45445552promoter 内 2002-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45447537-45449473(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATCCGC