转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 76 / 146 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001708 Chr04 NC_080390.1:28207129-28207142promoter 内 764-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28210366-28214226(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAATGTCAACGAC
SmilChr03G001907 Chr03 NC_080389.1:26687560-26687573promoter 内 755-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26690806-26691552(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGATTTGACTTTAG
SmilChr02G003018 Chr02 NC_080388.1:50887001-50887014promoter 内 697-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50876103-50883710(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCTTTGACTTCTG
SmilChr03G002783 Chr03 NC_080389.1:44282543-44282556promoter 内 629-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44275773-44279184(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTTAAT
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517981-71517994promoter 内 552-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGGTTGACTTAGT
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167119-49167132promoter 内 548-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTCTC
SmilChr04G000340 Chr04 NC_080390.1:3130119-3130132promoter 内 542-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3133578-3137664(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATGGG
SmilChr04G000339 Chr04 NC_080390.1:3130119-3130132promoter 内 541-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3123846-3126672(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCATTGACTTTTT
SmilChr02G004273 Chr02 NC_080388.1:64937948-64937961promoter 内 477-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64941472-64943380(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCTTTGACTTATT
SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50309554-50309567promoter 内 476-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50305301-50306042(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGAGTCAACGAC
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2580335-2580348promoter 内 359-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGAAGTCAACAAT
SmilChr01G002184 Chr01 NC_080387.1:37969172-37969185promoter 内 347-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37965046-37965531(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAGAGTCAACTCG
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4034575-4034588promoter 内 344-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4038232-4039837(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAGAGTCAACCCA
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69074086-69074099promoter 内 298-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTATTTGACTTTGT
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53856102-53856115promoter 内 292-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGTAGTCAACTCT
SmilChr03G000627 Chr03 NC_080389.1:6950922-6950935promoter 内 230-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6945909-6947164(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCTTTGACTTAAT
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73450202-73450215promoter 内 173-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGTTTGACTTTTT
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20138893-20138906promoter 内 147-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGAGTCAACACG
SmilChr04G000052 Chr04 NC_080390.1:458380-458393promoter 内 36-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 462345-464873(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACATTGACTTTGT
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075475-6075488promoter 内 2-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGAAGTCAACAAT
SmilChr02G000265 Chr02 NC_080388.1:3424356-3424369promoter 内 1588-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 3426769-3427796(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAATTTGACTTTGT
SmilChr04G002740 Chr04 NC_080390.1:43071491-43071504promoter 内 1087-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 43068506-43068590(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACTTTGACTTCGC
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22378609-22378622promoter 内 2887-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 22379723-22397006(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAGTTGACTATGA
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27904861-27904874promoter 内 2629-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 27902189-27903502(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTATAT
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467296-49467309promoter 内 2228-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 49460707-49465536(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCATTGACTTTAC
SmilChr04G003738 Chr04 NC_080390.1:53704614-53704627promoter 内 2141-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 53699217-53702767(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTATT
SmilChr04G003739 Chr04 NC_080390.1:53704614-53704627promoter 内 1657-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 53706958-53713237(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATAAGTCAACAAT
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27904861-27904874promoter 内 1267-1280 bp - 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 27900496-27902140(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTATAT
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10867904-10867917promoter 内 946-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10870959-10873841(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAGTTGACTTGAG
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48264436-48264449promoter 内 931-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 48267506-48270483(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAGTTGACTTGAG
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10877653-10877666promoter 内 908-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 10880746-10883586(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAGTTGACTTGAG
SmilChr02G003938 Chr02 NC_080388.1:61486131-61486144promoter 内 3966-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 61486166-61488919(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATGA
SmilChr01G004892 Chr01 NC_080387.1:66984019-66984032promoter 内 3863-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 66983066-66983894(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGGTTGACTTGAG
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49420481-49420494promoter 内 3768-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49416026-49420261(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAATTTGACTTTGT
SmilChr02G004801 Chr02 NC_080388.1:70200958-70200971promoter 内 3586-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 70197661-70200556(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCTAGGTCAACGTA
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40368068-40368081promoter 内 3459-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 40367090-40367539(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCATGGTCAACGTT
SmilChr01G002124 Chr01 NC_080387.1:37240504-37240517promoter 内 3364-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 37236574-37239880(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATTTGACTTTTA
SmilChr04G000166 Chr04 NC_080390.1:1498462-1498475promoter 内 3283-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 1491872-1497757(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACTAAGTCAACCTA
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