转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 76 / 142 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001237 Chr08 NC_080394.1:9906570-9906584promoter 内 1446-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9909125-9909196(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCAGT
SmilChr02G004366 Chr02 NC_080388.1:65947418-65947432promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 65950002-65951101(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAATTGGTAGGTGCA
SmilChr04G002869 Chr04 NC_080390.1:44819378-44819392promoter 内 1413-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44809461-44816804(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACAACTACCACTCG
SmilChr08G003899 Chr08 NC_080394.1:46297553-46297567promoter 内 1403-1417 bp + 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46300151-46301027(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCGTCTT
SmilChr06G002793 Chr06 NC_080392.1:40619043-40619057promoter 内 1374-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40621670-40623770(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCTTAT
SmilChr06G003189 Chr06 NC_080392.1:44794462-44794476promoter 内 1340-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44787129-44791815(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G001214 Chr07 NC_080393.1:9282306-9282320promoter 内 1269-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9273841-9279588(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAATGGTAGGTGTT
SmilChr06G000875 Chr06 NC_080392.1:8282940-8282954promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8277932-8280217(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCGGAGTAGGTGAG
SmilChr08G001919 Chr08 NC_080394.1:16718270-16718284promoter 内 1010-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16712997-16715293(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCAAT
SmilChr01G000190 Chr01 NC_080387.1:3260541-3260555promoter 内 861-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3263681-3265926(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCGATCT
SmilChr08G002156 Chr08 NC_080394.1:19481809-19481823promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 19485035-19485142(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGTTAGTAGGTGGT
SmilChr04G000188 Chr04 NC_080390.1:1679450-1679464promoter 内 756-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1664960-1676219(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCATTTG
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50006298-50006312promoter 内 745-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50001144-50003056(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49156279-49156293promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 49151594-49152907(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr05G001653 Chr05 NC_080391.1:15606624-15606638promoter 内 562-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15610063-15611712(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCCGCC
SmilChr06G002253 Chr06 NC_080392.1:31973320-31973334promoter 内 525-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 31968864-31969858(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGAGAGTAGGTGGG
SmilChr03G001323 Chr03 NC_080389.1:15466259-15466273promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15469754-15470548(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCATGGTAGGTGCA
SmilChr07G001415 Chr07 NC_080393.1:11010751-11010765promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11014252-11015211(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGTGGTAGTTGCA
SmilChr02G005422 Chr02 NC_080388.1:74686854-74686868promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74681555-74683297(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCATACT
SmilChr02G001578 Chr02 NC_080388.1:29376202-29376216promoter 内 429-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29379774-29381798(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGGAGTAGGTGGA
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31303360-31303374promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 31294926-31299778(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr06G002019 Chr06 NC_080392.1:26010468-26010482promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26006024-26006886(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAATGTTAGGTGGT
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24134582-24134596promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 24130922-24130994(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGGG
SmilChr01G005061 Chr01 NC_080387.1:68523384-68523398promoter 内 384-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 68527001-68528110(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAGCGGTAGGTATG
SmilChr03G001156 Chr03 NC_080389.1:13348922-13348936promoter 内 368-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13343876-13345303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCCGGC
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16904588-16904602promoter 内 365-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16900895-16900966(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCATGGTAGGTGCA
SmilChr08G001238 Chr08 NC_080394.1:9906570-9906584promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9910284-9910355(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCTCAGT
SmilChr07G004155 Chr07 NC_080393.1:53403182-53403196promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53398052-53399319(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCCCAAT
SmilChr05G001133 Chr05 NC_080391.1:9459168-9459182promoter 内 81-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9463088-9465615(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGTTATG
SmilChr02G005554 Chr02 NC_080388.1:75502591-75502605promoter 内 31-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75506561-75509709(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCCACCACCAC
SmilChr08G003900 Chr08 NC_080394.1:46297553-46297567promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46301541-46302419(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCGTCTT
SmilChr01G005721 Chr01 NC_080387.1:73388318-73388332promoter 内 3826-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 14 73388493-73389101(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr02G002716 Chr02 NC_080388.1:47007433-47007447promoter 内 2848-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 47008586-47011369(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12525345-12525359promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 12517283-12521789(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr04G004073 Chr04 NC_080390.1:55823965-55823979promoter 内 2993-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 55824973-55827185(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr05G004181 Chr05 NC_080391.1:55722105-55722119promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 55717150-55722067(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
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