转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 79 / 136 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004194 Chr03 NC_080389.1:60605922-60605932promoter 内 1321-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60602560-60603252(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCG
SmilChr07G000724 Chr07 NC_080393.1:5041919-5041929promoter 内 1314-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5037956-5039242(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAC
SmilChr07G000349 Chr07 NC_080393.1:2362221-2362231promoter 内 1233-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2364989-2366452(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr02G003872 Chr02 NC_080388.1:60753954-60753964promoter 内 1226-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60756729-60759180(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGG
SmilChr02G000210 Chr02 NC_080388.1:2743248-2743258promoter 内 1218-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2746031-2749058(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGGA
SmilChr06G000033 Chr06 NC_080392.1:315277-315287promoter 内 1129-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 309200-312415(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGG
SmilChr01G000008 Chr01 NC_080387.1:177398-177408promoter 内 1116-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 170625-174523(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACC
SmilChr08G004954 Chr08 NC_080394.1:58378752-58378762promoter 内 1101-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58381652-58389597(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr02G000360 Chr02 NC_080388.1:4640551-4640561promoter 内 1079-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4643473-4647673(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCT
SmilChr08G000726 Chr08 NC_080394.1:5394628-5394638promoter 内 1078-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5389767-5391715(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGG
SmilChr01G004733 Chr01 NC_080387.1:65508630-65508640promoter 内 1039-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65511592-65513149(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTC
SmilChr03G004151 Chr03 NC_080389.1:60317200-60317210promoter 内 1008-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60320193-60328061(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5827842-5827852promoter 内 988-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5830855-5833154(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCG
SmilChr04G002723 Chr04 NC_080390.1:42846811-42846821promoter 内 970-980 bp + 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42842831-42843790(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr06G003127 Chr06 NC_080392.1:44129052-44129062promoter 内 946-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44125311-44126007(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGG
SmilChr04G001065 Chr04 NC_080390.1:15226576-15226586promoter 内 906-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15219369-15223491(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr08G000862 Chr08 NC_080394.1:6390306-6390316promoter 内 895-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6381251-6387210(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr04G000293 Chr04 NC_080390.1:2726698-2726708promoter 内 856-866 bp + 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2729843-2733988(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTG
SmilChr01G004480 Chr01 NC_080387.1:62912468-62912478promoter 内 824-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62908174-62909301(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29582450-29582460promoter 内 804-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29585647-29590303(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTC
SmilChr02G004757 Chr02 NC_080388.1:69759345-69759355promoter 内 799-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 69749881-69756153(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCT
SmilChr05G000499 Chr05 NC_080391.1:3896898-3896908promoter 内 794-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3900105-4820659(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGTT
SmilChr04G000791 Chr04 NC_080390.1:9770000-9770010promoter 内 752-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9773249-9773354(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr02G001929 Chr02 NC_080388.1:34704152-34704162promoter 内 719-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34697622-34700880(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGGC
SmilChr04G003930 Chr04 NC_080390.1:54961480-54961490promoter 内 591-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54954381-54958080(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGACGT
SmilChr07G004292 Chr07 NC_080393.1:55472433-55472443promoter 内 551-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55475883-55484554(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr01G002822 Chr01 NC_080387.1:46762012-46762022promoter 内 542-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46765471-46765940(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr06G000680 Chr06 NC_080392.1:6016513-6016523promoter 内 530-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6012147-6013052(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACC
SmilChr06G001791 Chr06 NC_080392.1:20958223-20958233promoter 内 517-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20961707-20969620(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTGCTGAGCT
SmilChr01G005099 Chr01 NC_080387.1:68829216-68829226promoter 内 497-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68806204-68825722(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGGA
SmilChr03G001201 Chr03 NC_080389.1:13848932-13848942promoter 内 484-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13852449-13853402(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr03G002240 Chr03 NC_080389.1:35292765-35292775promoter 内 471-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35288443-35289245(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr03G003609 Chr03 NC_080389.1:54725215-54725225promoter 内 458-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54718005-54721682(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGA
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51770316-51770326promoter 内 437-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAACT
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61283573-61283583promoter 内 434-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61277665-61280016(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGACGA
SmilChr08G004624 Chr08 NC_080394.1:55786998-55787008promoter 内 401-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55783025-55783408(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr01G004403 Chr01 NC_080387.1:62147255-62147265promoter 内 397-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62138438-62143661(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT
SmilChr05G000562 Chr05 NC_080391.1:4221944-4221954promoter 内 383-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4217629-4218336(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAC
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1104443-1104453promoter 内 367-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGGC
SmilChr01G004834 Chr01 NC_080387.1:66475832-66475842promoter 内 356-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 66466249-66472197(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCGC
SmilChr04G003875 Chr04 NC_080390.1:54632955-54632965promoter 内 339-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54626923-54629303(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr07G001316 Chr07 NC_080393.1:10123558-10123568promoter 内 335-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 10118784-10119902(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr01G000711 Chr01 NC_080387.1:15871001-15871011promoter 内 301-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15866172-15867311(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr04G000290 Chr04 NC_080390.1:2704197-2704207promoter 内 297-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2707901-2710966(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCCTG
SmilChr06G000118 Chr06 NC_080392.1:830626-830636promoter 内 297-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 824868-826932(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACC
SmilChr01G001795 Chr01 NC_080387.1:32817307-32817317promoter 内 296-306 bp - 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32821012-32823779(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr08G002828 Chr08 NC_080394.1:28127294-28127304promoter 内 288-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28131007-28136192(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCCCAGCGCG
SmilChr08G003483 Chr08 NC_080394.1:37483828-37483838promoter 内 276-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37487553-37488491(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGTGCTGAGCT
SmilChr06G002560 Chr06 NC_080392.1:36765117-36765127promoter 内 273-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36768845-36773908(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCGC
SmilChr04G002931 Chr04 NC_080390.1:45582436-45582446promoter 内 271-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45575146-45578716(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCGGCTGAGCT