转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 80 / 167 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002237 Chr04 NC_080390.1:36094677-36094697promoter 内 3630-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36095048-36120297(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTGTTTATCCATAATTCT
SmilChr03G003969 Chr03 NC_080389.1:58728684-58728704promoter 内 3624-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58727566-58728327(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAACCTCATCCAATAATTT
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48036849-48036869promoter 内 3617-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr02G000020 Chr02 NC_080388.1:162747-162767promoter 内 3611-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 161505-162377(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAATATAGATAAGGAAGCA
SmilChr07G002672 Chr07 NC_080393.1:26007806-26007826promoter 内 3579-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26003144-26007404(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTGTTTATCCATAATTCT
SmilChr05G002650 Chr05 NC_080391.1:29983817-29983837promoter 内 3548-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29980698-29983384(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr01G000628 Chr01 NC_080387.1:14051805-14051825promoter 内 3533-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14052273-14053478(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTATCTTATCCTCAACTGT
SmilChr05G001617 Chr05 NC_080391.1:14943109-14943129promoter 内 3526-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14943584-14949133(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTCTGTTTAGATAAGGGTGCG
SmilChr06G000586 Chr06 NC_080392.1:5038928-5038948promoter 内 3504-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5039425-5044323(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAAATAGGATAAGAAAGCG
SmilChr07G000064 Chr07 NC_080393.1:295729-295749promoter 内 3484-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 296246-299283(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAACTTATCCAGTTCAAT
SmilChr02G000349 Chr02 NC_080388.1:4523631-4523651promoter 内 3478-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4519587-4523128(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTCTTCTTCTCCAATTTTTC
SmilChr03G003665 Chr03 NC_080389.1:55496435-55496455promoter 内 3458-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55493349-55495912(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAGTCTTATCCTCACTGCC
SmilChr08G002064 Chr08 NC_080394.1:18510606-18510626promoter 内 3417-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18511190-18514325(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAATCTGGATAACATGAGG
SmilChr05G003940 Chr05 NC_080391.1:53171077-53171097promoter 内 3416-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53171662-53178336(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTGTTTATCCATAATTCT
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46174640-46174660promoter 内 3402-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTGATAGGATAAGAGAGAT
SmilChr03G004266 Chr03 NC_080389.1:61143537-61143557promoter 内 3360-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61138318-61142916(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCTAATGCCTA
SmilChr01G001923 Chr01 NC_080387.1:34377505-34377525promoter 内 3356-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34378150-34381522(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCACGTTTATCCATACTACG
SmilChr03G002658 Chr03 NC_080389.1:42259789-42259809promoter 内 3354-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42256872-42259162(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGTAATTGATAAGGTAAGG
SmilChr04G003719 Chr04 NC_080390.1:53539844-53539864promoter 内 3352-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53540493-53543900(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTGTTTATCCATAATTCT
SmilChr06G000884 Chr06 NC_080392.1:8395351-8395371promoter 内 3347-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8389397-8394717(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCATCTTATCCTTTATCAT
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5905760-5905780promoter 内 3325-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5906436-5914549(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTTTTTTTATCCATTATTGT
SmilChr01G000650 Chr01 NC_080387.1:14493341-14493361promoter 内 3316-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14491531-14492676(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTATCTTATCCTCAACTGT
SmilChr04G003818 Chr04 NC_080390.1:54333874-54333894promoter 内 3314-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54329480-54333207(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACATATTTATCCATTTTCAT
SmilChr05G001559 Chr05 NC_080391.1:14296856-14296876promoter 内 3281-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14288871-14296156(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGATAAAGGATAAGATGATG
SmilChr08G000878 Chr08 NC_080394.1:6496170-6496190promoter 内 3275-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6494117-6495464(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATAATAGGATAAGGGAAAT
SmilChr06G000055 Chr06 NC_080392.1:442705-442725promoter 内 3274-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 443432-445535(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATTTGGATAAGAAATTT
SmilChr03G000220 Chr03 NC_080389.1:2540470-2540490promoter 内 3272-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2541199-2544308(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39213528-39213548promoter 内 3268-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39211130-39212815(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTAATAAAGATAAGGAGAAA
SmilChr02G005230 Chr02 NC_080388.1:73503711-73503731promoter 内 3256-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73497171-73502986(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCGTTACGGATAAGCCTAGT
SmilChr02G005174 Chr02 NC_080388.1:73040972-73040992promoter 内 3248-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73041725-73043570(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATCCTTATCCGTTTAGAT
SmilChr04G001604 Chr04 NC_080390.1:26748061-26748081promoter 内 3248-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26744438-26747328(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTATATGGATAAAAATGTT
SmilChr07G004712 Chr07 NC_080393.1:59983116-59983136promoter 内 3230-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59980028-59982365(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr06G001878 Chr06 NC_080392.1:22369523-22369543promoter 内 3228-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22370296-22374015(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr08G000179 Chr08 NC_080394.1:1226095-1226115promoter 内 3202-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1226894-1229018(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTGTTTATCCATAATTCT
SmilChr02G001882 Chr02 NC_080388.1:34140015-34140035promoter 内 3190-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34137767-34139224(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTATGGATAAACACGAT
SmilChr02G004094 Chr02 NC_080388.1:63258908-63258928promoter 内 3176-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63253781-63258103(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATAAGGATAAGAAGTTT
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