转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 80 / 134 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004540 Chr02 NC_080388.1:67973199-67973211promoter 内 3145-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67966612-67972355(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCTTTCT
SmilChr01G004213 Chr01 NC_080387.1:60546272-60546284promoter 内 3140-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60547133-60549473(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGGGGATAAGA
SmilChr02G004656 Chr02 NC_080388.1:68974528-68974540promoter 内 3132-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68975397-68976452(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr01G003651 Chr01 NC_080387.1:54971754-54971766promoter 内 3124-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54972631-54975991(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCAATAT
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35168367-35168379promoter 内 3091-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35163307-35167469(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTTGGATAATA
SmilChr01G005494 Chr01 NC_080387.1:71858384-71858396promoter 内 3042-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71853840-71857437(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCAGAAT
SmilChr02G001910 Chr02 NC_080388.1:34395693-34395705promoter 内 3039-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34388363-34394743(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTGGGATAAGA
SmilChr02G003114 Chr02 NC_080388.1:52135571-52135583promoter 内 3015-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52132638-52134597(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTTGG
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29919697-29919709promoter 内 3005-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGATGGATAAGA
SmilChr02G004477 Chr02 NC_080388.1:67169240-67169252promoter 内 3005-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67170236-67180519(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAA
SmilChr02G000099 Chr02 NC_080388.1:1278779-1278791promoter 内 2962-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1279818-1284135(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GACATGGATAACG
SmilChr02G000121 Chr02 NC_080388.1:1636499-1636511promoter 内 2940-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1631201-1635450(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GACATGGATAACG
SmilChr03G001288 Chr03 NC_080389.1:15096306-15096318promoter 内 2927-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15089338-15095244(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCATTTC
SmilChr02G002573 Chr02 NC_080388.1:44735342-44735354promoter 内 2887-2899 bp + 1102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44733032-44734240(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25316213-25316225promoter 内 2832-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25306259-25315056(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTCGGGATAAGA
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22980618-22980630promoter 内 2831-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22978984-22979460(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTCGGGATAAGA
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74598527-74598539promoter 内 2746-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74595786-74597284(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCATGTC
SmilChr01G001133 Chr01 NC_080387.1:23020806-23020818promoter 内 2599-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23022208-23026034(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTGAT
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73950880-73950892promoter 内 2576-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73948425-73949467(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACA
SmilChr02G001602 Chr02 NC_080388.1:29870536-29870548promoter 内 2554-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29868515-29869101(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38042439-38042451promoter 内 2540-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30258883-30258895promoter 内 2513-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTTGGATAATA
SmilChr03G001040 Chr03 NC_080389.1:12129626-12129638promoter 内 2498-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12127188-12128135(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GACATGGATAACG
SmilChr03G000212 Chr03 NC_080389.1:2470590-2470602promoter 内 2489-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2472102-2472657(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr01G003286 Chr01 NC_080387.1:51547833-51547845promoter 内 2436-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51549398-51550352(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACA
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51711306-51711318promoter 内 2419-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51712888-51716962(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTTGGATAACA
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46154947-46154959promoter 内 2413-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46156535-46157296(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAGGGGGATAAGA
SmilChr01G005868 Chr01 NC_080387.1:74622612-74622624promoter 内 2319-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74618551-74620942(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCAAGGGATAAGG
SmilChr01G000747 Chr01 NC_080387.1:16549556-16549568promoter 内 2275-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16551282-16555327(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCATTACC
SmilChr01G002351 Chr01 NC_080387.1:40651225-40651237promoter 内 2260-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40644255-40649496(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCAAATG
SmilChr01G005323 Chr01 NC_080387.1:70443800-70443812promoter 内 2215-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70445586-70457056(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATTCTGGATAAGT
SmilChr01G004322 Chr01 NC_080387.1:61389008-61389020promoter 内 2175-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61390834-61391673(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTTGGATAATA
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35257373-35257385promoter 内 2171-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGATGGATAAGA
SmilChr02G000411 Chr02 NC_080388.1:5158472-5158484promoter 内 2112-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5160361-5161098(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTTGG
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30571476-30571488promoter 内 2075-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30568957-30569562(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATC
SmilChr01G002254 Chr01 NC_080387.1:39196105-39196117promoter 内 2062-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39192654-39194178(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCAAGTG
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