转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 81 / 120 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003901 Chr08 NC_080394.1:46308710-46308728promoter 内 2489-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 46304857-46307216(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTACAGAAAAC
SmilChr03G001308 Chr03 NC_080389.1:15367853-15367871promoter 内 2461-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15369393-15370731(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr06G001758 Chr06 NC_080392.1:20556516-20556534promoter 内 2439-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20558078-20564271(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr04G002062 Chr04 NC_080390.1:33361586-33361604promoter 内 2402-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33363185-33367784(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr01G002626 Chr01 NC_080387.1:44546615-44546633promoter 内 2385-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44548231-44549162(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr01G003499 Chr01 NC_080387.1:53591966-53591984promoter 内 2369-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53588664-53590352(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr08G004588 Chr08 NC_080394.1:55462130-55462148promoter 内 2353-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55458283-55460500(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr03G003804 Chr03 NC_080389.1:57125097-57125115promoter 内 2338-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57120685-57123452(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr02G001101 Chr02 NC_080388.1:19844661-19844679promoter 内 2317-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19836284-19842995(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr04G001248 Chr04 NC_080390.1:19655092-19655110promoter 内 2312-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19651376-19653421(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGCGTCT
SmilChr01G003917 Chr01 NC_080387.1:57441063-57441081promoter 内 2310-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57442754-57447133(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr08G004693 Chr08 NC_080394.1:56357126-56357144promoter 内 2297-2315 bp - 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56353380-56355440(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr04G003142 Chr04 NC_080390.1:47991420-47991438promoter 内 2270-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47993151-48004402(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr02G005267 Chr02 NC_080388.1:73756665-73756683promoter 内 2260-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 73752593-73754942(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr05G001450 Chr05 NC_080391.1:13247560-13247578promoter 内 2256-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13249305-13251886(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr07G000562 Chr07 NC_080393.1:3860353-3860371promoter 内 2213-2231 bp - 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3858388-3858583(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr01G003989 Chr01 NC_080387.1:58312412-58312430promoter 内 2206-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58314207-58315187(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr08G004695 Chr08 NC_080394.1:56357126-56357144promoter 内 2187-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56358940-56361363(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr02G000380 Chr02 NC_080388.1:4774082-4774100promoter 内 2176-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4770260-4772275(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr03G003785 Chr03 NC_080389.1:56972515-56972533promoter 内 2174-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56965623-56970706(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr05G000486 Chr05 NC_080391.1:3805522-3805540promoter 内 2162-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3807361-3811638(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr03G003787 Chr03 NC_080389.1:56972515-56972533promoter 内 2150-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56969406-56970682(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr05G000846 Chr05 NC_080391.1:6680950-6680968promoter 内 2126-2144 bp - 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6682825-6684999(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr07G002448 Chr07 NC_080393.1:23024024-23024042promoter 内 2106-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 23025919-23026552(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr04G003565 Chr04 NC_080390.1:52022133-52022151promoter 内 2091-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52024043-52024115(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr08G001802 Chr08 NC_080394.1:15190037-15190055promoter 内 2091-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15184249-15188145(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTCCCAAAAAAAGTAAA
SmilChr08G003275 Chr08 NC_080394.1:33861817-33861835promoter 内 2082-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33863736-33866465(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGATGCC
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56259662-56259680promoter 内 2051-2069 bp + 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr05G001973 Chr05 NC_080391.1:20370286-20370304promoter 内 1906-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20372381-20374936(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr05G000095 Chr05 NC_080391.1:555525-555543promoter 内 1899-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 557627-558726(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr08G002575 Chr08 NC_080394.1:25084631-25084649promoter 内 1847-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25086785-25090408(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr07G000561 Chr07 NC_080393.1:3860353-3860371promoter 内 1844-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3856482-3858214(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr08G004651 Chr08 NC_080394.1:56032995-56033013promoter 内 1790-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56035206-56037327(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGGGACGTC
SmilChr07G001783 Chr07 NC_080393.1:15132627-15132645promoter 内 1767-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15129416-15130411(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11322355-11322373promoter 内 1738-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11318754-11320110(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAG
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