靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008897-RA_Salv |
SmilChr01G000943 |
MIKC_MADS | XP_057790035.1 |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTTGGAAAGT |
7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 81 / 120 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G003901 |
Chr08 | NC_080394.1:46308710-46308728promoter 内 2489-2507 bp |
- | 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 46304857-46307216(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTACAGAAAAC |
SmilChr03G001308 |
Chr03 | NC_080389.1:15367853-15367871promoter 内 2461-2479 bp |
+ | 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 15369393-15370731(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr06G001758 |
Chr06 | NC_080392.1:20556516-20556534promoter 内 2439-2457 bp |
+ | 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 20558078-20564271(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr04G002062 |
Chr04 | NC_080390.1:33361586-33361604promoter 内 2402-2420 bp |
- | 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 33363185-33367784(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr01G002626 |
Chr01 | NC_080387.1:44546615-44546633promoter 内 2385-2403 bp |
- | 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 44548231-44549162(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr01G003499 |
Chr01 | NC_080387.1:53591966-53591984promoter 内 2369-2387 bp |
+ | 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 53588664-53590352(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr08G004588 |
Chr08 | NC_080394.1:55462130-55462148promoter 内 2353-2371 bp |
- | 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 55458283-55460500(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr03G003804 |
Chr03 | NC_080389.1:57125097-57125115promoter 内 2338-2356 bp |
+ | 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 57120685-57123452(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr02G001101 |
Chr02 | NC_080388.1:19844661-19844679promoter 内 2317-2335 bp |
- | 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 19836284-19842995(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr04G001248 |
Chr04 | NC_080390.1:19655092-19655110promoter 内 2312-2330 bp |
- | 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 19651376-19653421(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGCGTCT |
SmilChr01G003917 |
Chr01 | NC_080387.1:57441063-57441081promoter 内 2310-2328 bp |
- | 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 57442754-57447133(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr08G004693 |
Chr08 | NC_080394.1:56357126-56357144promoter 内 2297-2315 bp |
- | 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56353380-56355440(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr04G003142 |
Chr04 | NC_080390.1:47991420-47991438promoter 内 2270-2288 bp |
+ | 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 47993151-48004402(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr02G005267 |
Chr02 | NC_080388.1:73756665-73756683promoter 内 2260-2278 bp |
+ | 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 73752593-73754942(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr05G001450 |
Chr05 | NC_080391.1:13247560-13247578promoter 内 2256-2274 bp |
+ | 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 13249305-13251886(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr07G000562 |
Chr07 | NC_080393.1:3860353-3860371promoter 内 2213-2231 bp |
- | 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 3858388-3858583(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr01G003989 |
Chr01 | NC_080387.1:58312412-58312430promoter 内 2206-2224 bp |
- | 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 58314207-58315187(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr08G004695 |
Chr08 | NC_080394.1:56357126-56357144promoter 内 2187-2205 bp |
- | 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56358940-56361363(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr02G000380 |
Chr02 | NC_080388.1:4774082-4774100promoter 内 2176-2194 bp |
- | 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 4770260-4772275(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr03G003785 |
Chr03 | NC_080389.1:56972515-56972533promoter 内 2174-2192 bp |
- | 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56965623-56970706(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr05G000486 |
Chr05 | NC_080391.1:3805522-3805540promoter 内 2162-2180 bp |
+ | 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 3807361-3811638(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr03G003787 |
Chr03 | NC_080389.1:56972515-56972533promoter 内 2150-2168 bp |
- | 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56969406-56970682(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr05G000846 |
Chr05 | NC_080391.1:6680950-6680968promoter 内 2126-2144 bp |
- | 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 6682825-6684999(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr07G002448 |
Chr07 | NC_080393.1:23024024-23024042promoter 内 2106-2124 bp |
+ | 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 23025919-23026552(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr04G003565 |
Chr04 | NC_080390.1:52022133-52022151promoter 内 2091-2109 bp |
+ | 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 52024043-52024115(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr08G001802 |
Chr08 | NC_080394.1:15190037-15190055promoter 内 2091-2109 bp |
+ | 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 15184249-15188145(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
ACTTCCCAAAAAAAGTAAA |
SmilChr08G003275 |
Chr08 | NC_080394.1:33861817-33861835promoter 内 2082-2100 bp |
+ | 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 33863736-33866465(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
TTTTCCTTTTTGGGATGCC |
SmilChr03G003724 |
Chr03 | NC_080389.1:56259662-56259680promoter 内 2051-2069 bp |
+ | 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56261612-56264124(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr05G001973 |
Chr05 | NC_080391.1:20370286-20370304promoter 内 1906-1924 bp |
- | 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 20372381-20374936(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr05G000095 |
Chr05 | NC_080391.1:555525-555543promoter 内 1899-1917 bp |
- | 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 557627-558726(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr08G002575 |
Chr08 | NC_080394.1:25084631-25084649promoter 内 1847-1865 bp |
+ | 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 25086785-25090408(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr07G000561 |
Chr07 | NC_080393.1:3860353-3860371promoter 内 1844-1862 bp |
- | 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 3856482-3858214(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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Chr08 | NC_080394.1:56032995-56033013promoter 内 1790-1808 bp |
+ | 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 56035206-56037327(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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Chr07 | NC_080393.1:15132627-15132645promoter 内 1767-1785 bp |
+ | 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 15129416-15130411(-) |
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MP00508 |
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Chr03 | NC_080389.1:11322355-11322373promoter 内 1738-1756 bp |
+ | 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 11318754-11320110(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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Chr02 | NC_080388.1:20916579-20916597promoter 内 1711-1729 bp |
- | 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 20918869-20924304(+) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr04G003096 |
Chr04 | NC_080390.1:47572345-47572363promoter 内 1684-1702 bp |
- | 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 47574662-47576809(+) |
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MP00508 |
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- | 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 17430410-17432250(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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- | 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 52065880-52068609(-) |
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+ | 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 24572855-24575792(+) |
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MP00508 |
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+ | 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 3727964-3729763(+) |
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MP00508 |
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- | 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 58464643-58468720(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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- | 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 710729-713875(+) |
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MP00508 |
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SmilChr04G002669 |
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- | 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 42070498-42074614(-) |
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MP00508 |
CTTTCCTTTTTGGGACGTC |
SmilChr04G003684 |
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+ | 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 53261147-53264416(-) |
SMil_00008897-RA_Salv |
MP00508 |
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SmilChr07G000093 |
Chr07 | NC_080393.1:513654-513672promoter 内 1603-1621 bp |
- | 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 505130-511274(-) |
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MP00508 |
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- | 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 1820479-1822311(+) |
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MP00508 |
GACGTCCCAAAAAGGAAAG |
SmilChr01G005405 |
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+ | 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 19662611-19664060(+) |
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+ | 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 92.0/ 100 | 1 | 3721442-3723143(-) |
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