转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 82 / 123 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006120 Chr01 NC_080387.1:76733820-76733834promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 76734659-76756527(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTTAAGTCAAAGTC
SmilChr02G002058 Chr02 NC_080388.1:37065193-37065207promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37062808-37064210(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACTAAGTCAAAATC
SmilChr01G002072 Chr01 NC_080387.1:36627418-36627432promoter 内 2834-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36628585-36629689(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTATCGGTCAACGGC
SmilChr01G004078 Chr01 NC_080387.1:59211174-59211188promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59207508-59210009(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAATAGTCAACTTC
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73767705-73767719promoter 内 2725-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73768981-73771115(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTGAAAGTCAAAATG
SmilChr01G004230 Chr01 NC_080387.1:60686170-60686184promoter 内 2717-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60683153-60684900(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTCTTG
SmilChr02G001332 Chr02 NC_080388.1:24771787-24771801promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24773071-24777840(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTTTTGACTTCTTG
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27036947-27036961promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27038267-27040377(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCATAAGTCAATGTC
SmilChr01G001763 Chr01 NC_080387.1:32413506-32413520promoter 内 2652-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32414855-32420349(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACAAAGTCAAATCG
SmilChr01G000257 Chr01 NC_080387.1:4919948-4919962promoter 内 2622-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4921327-4923894(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCATTGACTTACTC
SmilChr01G004079 Chr01 NC_080387.1:59211174-59211188promoter 内 2576-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59212599-59214259(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAGTTGACTATTAA
SmilChr02G000230 Chr02 NC_080388.1:2979509-2979523promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2981043-2982776(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGAAGTCAACTTT
SmilChr01G005374 Chr01 NC_080387.1:70966345-70966359promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 70968028-70970769(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCATAGTCAACTAA
SmilChr02G002736 Chr02 NC_080388.1:47297928-47297942promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47299711-47301460(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAACAAGTCAAATTC
SmilChr01G001416 Chr01 NC_080387.1:27751411-27751425promoter 内 2140-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27748842-27749564(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTCAAGTCAAAGGA
SmilChr01G003204 Chr01 NC_080387.1:50805369-50805383promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50807252-50810251(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCGAAGTCAAACTC
SmilChr02G002392 Chr02 NC_080388.1:41834762-41834776promoter 内 2060-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41831477-41832835(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTTCAA
SmilChr01G002117 Chr01 NC_080387.1:37195327-37195341promoter 内 1923-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37189801-37193263(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACGTTGACTAATGT
SmilChr02G003075 Chr02 NC_080388.1:51655228-51655242promoter 内 1785-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51645944-51653026(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACCAAGTCAAGAAG
SmilChr02G000100 Chr02 NC_080388.1:1290163-1290177promoter 内 1558-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1292606-1292941(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACCTTGACTTAGAT
SmilChr02G001547 Chr02 NC_080388.1:28762399-28762413promoter 内 1550-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28764850-28769645(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACAAAAGTCAATATA
SmilChr01G000328 Chr01 NC_080387.1:6696965-6696979promoter 内 1532-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6699434-6701465(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACTAGAAC
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26235856-26235870promoter 内 1446-1460 bp + 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26190173-26233315(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACAAAAGTCAAGTAT
SmilChr01G003528 Chr01 NC_080387.1:53918672-53918686promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53913710-53916102(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAATTTGACTTTGTT
SmilChr01G003472 Chr01 NC_080387.1:53260011-53260025promoter 内 1413-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53255097-53257437(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAATTTGACTTTGTT
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67873665-67873679promoter 内 1366-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67876300-67879157(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATTTTGACTTATCA
SmilChr02G000903 Chr02 NC_080388.1:15570418-15570432promoter 内 1340-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15541002-15567771(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTCTTGACTTGTAT
SmilChr02G003382 Chr02 NC_080388.1:54936875-54936889promoter 内 1304-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54934086-54934192(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTCTTGACTTGATC
SmilChr01G000236 Chr01 NC_080387.1:4435563-4435577promoter 内 1230-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4438334-4440559(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTGTAT
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3527432-3527446promoter 内 1181-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATACTTGACTTTTGT
SmilChr02G004180 Chr02 NC_080388.1:64103589-64103603promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64095297-64100643(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAATTGACTTTGCC
SmilChr01G001768 Chr01 NC_080387.1:32510023-32510037promoter 内 703-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32513321-32516105(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACAAAGTCAAATCG
SmilChr01G003123 Chr01 NC_080387.1:50042873-50042887promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50046181-50047176(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAATAAGTCAATGCA
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38959423-38959437promoter 内 618-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACCGATAA
SmilChr02G000708 Chr02 NC_080388.1:11399517-11399531promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11393227-11396038(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACAAAAGTCAAGTAT
SmilChr02G000706 Chr02 NC_080388.1:11356114-11356128promoter 内 466-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11351622-11352593(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACTAGAAC
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15586687-15586701promoter 内 374-388 bp - 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15590314-15592030(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCAGAGTCAACAAC
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SmilChr02G004279 Chr02 NC_080388.1:64987394-64987408promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64982505-64983628(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATTTTGACTTGGGG
SmilChr01G002748 Chr01 NC_080387.1:45807645-45807659promoter 内 181-195 bp - 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45802255-45803839(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTTCTTGACTTCTTC
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SmilChr01G004794 Chr01 NC_080387.1:66172619-66172633promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 66175187-66177862(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGAAAGTCAAACTT